我希望开始在我的 ubuntu 安装上使用 R 和 RStudio。
我在更新/安装我的软件包 sudh 作为 DESeq2 时遇到问题。根据 this 帖子，这是因为 r-base 将软件包安装到受保护的操作系统文件中。
我已遵循此帖子的建议，但尚未成功。其他人建议 chmodding 相对路径...
我真的很惊讶 r-base 安装有这个问题。我似乎找不到可以避免该问题的更新安装方法。我想问是否有人有任何进一步的建议来克服这个问题？
我也在使用conda环境，但是我已经将R和RStudio安装到基础环境中以避免出现问题，我认为它不支持通过conda环境运行。
我已经使用 ubuntu 一年了，我不想因为 R 安装速度太慢而导致头痛。
将不胜感激所有的见解。
干杯。
您可以将 Ubuntu 23.04（我在笔记本电脑和服务器上运行）与 r2u 结合起来，为您提供 20,000 个具有完整依赖项解析的二进制 (!!) 包。它还具有通过这些包推断出的大约 250 个 BioConductor 包。
您也可以在 Docker 中尝试。我刚刚通过
docker run --rm -ti rocker/r2u # launches r2u for 22.04
随后（现在在容器内）
Rscript -e 'system.time(install.packages("DESeq2"))'
它在 15.8 秒内安装了 52 个（二进制）包。现在我们有了
DESeq2aptapt