用于根据不存在数据的总和来更改geom_point中点的大小的函数

Question

我正在使用存在/不存在格式集的物种数据，其中在几天的时间内每天多次采样。

这里是数据的虚拟版本：

dummy = structure(list(Sample = c("A1", "A1", "A1", "A2", "A2", "A2", 
"B1", "B1", "B1", "B2", "B2", "B2"), Species = c("snuffles1", 
"snuffles2", "snuffles3", "snuffles1", "snuffles2", "snuffles3", 
"snuffles1", "snuffles2", "snuffles3", "snuffles1", "snuffles2", 
"snuffles3"), Presence = c(1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1
), Day = c("A", "A", "A", "A", "A", "A", "B", "B", "B", "B", 
"B", "B")), row.names = c(NA, -12L), class = c("tbl_df", "tbl", 
"data.frame"))

ggplot(dummy[which(dummy$Presence>0),], aes(x = Day, y = Species, color = Species)) +
  geom_point(alpha=0.5) +
  geom_count(aes(size = sum(dummy$Presence))) 

我想在ggplot中绘制数据，其中每个点的大小取决于该组内观察次数的总和（即，如果在A天，snuffles1被观察2次，则该点应为大小2 ，而如果在B天，发现snuffles1一次，则该点将为大小1）。我希望这是有道理的？这个counting presence/absence based on group很相似，但不是我所需要的。

我的猜测是，我必须使用某种函数来计算每种物种的观测数，这取决于我正在考虑的变量，但是我不够聪明，无法思考如何做到这一点。

感谢您提供所有建议。

Answer 1

按组进行其他计数。然后使用geom_point

将此数据帧绘制为额外图层

我在scale_size中添加中断以仅显示现有大小

library(tidyverse)

count_dum <- dummy %>% group_by(Day, Species) %>% summarise(count = sum(Presence))

ggplot(dummy[which(dummy$Presence > 0), ], aes(x = Day, y = Species, color = Species)) +
  geom_point(data = count_dum, aes(size = count), alpha = 0.5) +
  scale_size_continuous(breaks = unique(count_dum$count))