我想在R中建立一个相关值矩阵。但是,我没有将参数与其自身进行比较,因此,不是典型的Corrplot是三角形并镜像到对角线轴上。我实际上已经有相关值。
我只是希望招募corrplot
函数(来自corrplot package),该函数会生成如下图像:
我的数据已经包含要绘制的相关值,是:
X animal.1 animal.2 animal.3 animal.4 animal.5
1 parameter 1 0.10258087 0.3338782 0.150246554 0.07295133 0.2484152
2 parameter 2 0.04205748 0.4062727 -0.002101464 0.12068818 0.2951127
3 parameter 3 0.11264488 0.4114954 0.067145776 0.13361071 0.3246052
4 parameter 4 -0.02261649 -0.2426341 0.108042167 -0.12820517 -0.2005686
5 parameter 5 -0.01576384 -0.2300852 0.112941655 -0.12391976 -0.1906473
6 parameter 6 -0.09749030 -0.3110920 0.021994297 -0.13570257 -0.2557532
我希望该图看起来像Corrplot,但是它将是一个完整的矩形。我想要直径变化的圆,正值或负值的两种不同颜色,以及绘图侧面的颜色渐变。本质上,我想要矩形值表的corrplot主题。
我还要求查看是否可以在具有p值显着(p <0.05)的网格正方形上放置星号。我现在正在附上p值矩阵的dput文件
structure(list(X = structure(1:6, .Label = c("parameter 1", "parameter 2",
"parameter 3", "parameter 4", "parameter 5", "parameter 6"), class = "factor"),
Animal.1 = c(0.2454906, 0.63471, 0.2019519, 0.7984066, 0.8587147,
0.2698293), Animal.2 = c(0.000103586, 1.62e-06, 1.15e-06,
0.005412082, 0.008451775, 0.000315107), Animal.3 = c(0.08796553,
0.9810688, 0.447827, 0.2211191, 0.2007585, 0.8038392), Animal.4 = c(0.4094627,
0.1713835, 0.1296492, 0.1460429, 0.1601174, 0.1236984), Animal.5 = c(0.004374306,
0.000653099, 0.00016464, 0.02213469, 0.0298038, 0.003315349
)), .Names = c("X", "animal.1", "animal.2", "animal.3", "animal.4",
"animal.5"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -6L))
[当您用ggplot2
标记此问题时,我正在为您提供一种使用ggplot2
进行此操作的方法。
首先,您需要重塑包含相关值的数据框(在此命名为df
)和具有pvalue的数据框(在此命名为df_pval
)。为此,例如,您可以使用pivot_longer
程序包(也是tidyr
程序包的一部分)中的tidyverse
功能。
在包含p值的数据帧上,我们将添加一列Label
,以便用星号标记所有低于0.05的值。
library(tidyr)
library(dplyr)
library(ggplot2)
corr_values <- df %>% pivot_longer(-X, names_to = "Animal", values_to = "value")
# Here an extract of the dataframe with correlation values after reshaping it:
X Animal value
<fct> <chr> <dbl>
1 parameter 1 animal.1 0.103
2 parameter 1 animal.2 0.334
3 parameter 1 animal.3 0.150
4 parameter 1 animal.4 0.0730
5 parameter 1 animal.5 0.248
6 parameter 2 animal.1 0.0421
corr_pval <- df_pval %>%
pivot_longer(-X, names_to = "Animal", values_to = "p.value") %>%
mutate(Label = ifelse(p.value < 0.05, "*",NA))
# Here an extract of the dataframe obtained
X Animal p.value Label
<fct> <chr> <dbl> <chr>
1 parameter 1 animal.1 0.245 NA
2 parameter 1 animal.2 0.000104 *
3 parameter 1 animal.3 0.0880 NA
4 parameter 1 animal.4 0.409 NA
5 parameter 1 animal.5 0.00437 *
6 parameter 2 animal.1 0.635 NA
然后,您可以使用geom_point
和geom_tile
获取热图。您还可以通过传递各种功能(例如scale_size_continuous
和scale_color_gradient
)来定制图的颜色,大小等。
最后,可以通过在pvalues
中调用新的数据帧corr_pval
并指定适当的geom_text
参数来为aesthetic
添加星号:
library(ggplot2) ggplot(corr_values, aes(x = X, y = Animal))+ geom_tile(color = "black", fill = "white")+ geom_point(aes(color = value, size = abs(value)))+ scale_color_gradient2(low = "green", mid = "white", midpoint = 0, high = "red", name = "")+ scale_size_continuous(range = c(5,15), name = "")+ geom_text(data = corr_pval, aes(label = Label), size = 8, vjust = 0.7, hjust = 0.5)
所以,您应该得到类似的东西: