ViSEAGO教程：可视化topGO对象

Question

[以前，我拥有posted a question，能够成功加载数据并在获得帮助后创建topGO对象。我正在尝试可视化与我从小鼠RNA序列数据中获得的差异表达基因列表有显着关联的GO术语。

现在，我想引起对ViSEAGO's tutorial的关注。本教程最初指定了加载两个文件：“ selection.txt”和“ background.txt”。这些文件的来源没有明确说明。但是，在深入研究topGO的文档之后，我能够找到每个文件的数据类型。但是，即使遵循了这些规则，我仍然无法运行以下代码。有没有人可以分享任何见解？

工作代码：

mysampleGOdata <- new("topGOdata",
                      description = "my Simple session",
                      ontology = "BP",
                      allGenes = geneList_new,
                      nodeSize = 1,
                      annot = annFUN.org,
                      mapping="org.Mm.eg.db", 
                      ID = "SYMBOL")

resultFisher <- runTest(mysampleGOdata, algorithm = "classic", statistic = "fisher")

head(GenTable(mysampleGOdata,fisher=resultFisher),20)

myNewBP<-GenTable(mysampleGOdata,fisher=resultFisher)

问题：

> head(myNewBP,2)
       GO.ID                      Term Annotated Significant Expected  fisher
1 GO:0006006 glucose metabolic process       194          12     0.19 1.0e-19
2 GO:0019318  hexose metabolic process       223          12     0.22 5.7e-19

> ###################
> # merge results
> myBP_sResults<-ViSEAGO::merge_enrich_terms(
+   Input=list(
+     condition=c("mysampleGOdata","resultFisher")
+   )
+ )
Error in setnames(x, value) : 
  Can't assign 3 names to a 2 column data.table
> myNewBP<-GenTable(mysampleGOdata,fisher=resultFisher)
> ###################
> # display the merged table
> ViSEAGO::show_table(myNewBP)
Error in ViSEAGO::show_table(myNewBP) : 
  object must be enrich_GO_terms, GO_SS, or GO_clusters class objects

根据本教程，打印的表格包含每个丰富的GO术语，另外的列包括重要基因列表和通过比较评估的频率（重要基因数与背景基因数之比）。我想我有，但是绝对不能正常工作。

有人可以看到原因吗？我对此不太清楚。谢谢！

Answer 1

我也遇到同样的问题。也许需要操纵setnames（）的扩充功能。 ViSEAGO社区的任何帮助都可以发布确切的答案。