在Brainrender中，有一种方法可以使标签停滞并阻止大脑上下颠簸？

Question

我正在使用brainrender显示放置电极的位置。然而，每当我进行脑部渲染时，我的大脑总是颠倒过来：

brainrender

是否有解决此问题的方法？还是我每次都必须手动翻转它？

我还想知道是否有人知道一种方法来显示或添加文本标签到人工渲染的3D图像上？我确实看过这些功能，但据我所知，没有人在大脑区域上实际贴过标签。

标签：

Answer 1

下面，我复制了如何解决此处发布的问题的重要部分。该问题的答案全部归功于BrainRender（GitHub上的FedeClaudi）的开发人员。我正在复制他提供给我的团队的关键信息，以防以下指向开发人员答案的链接停止工作：https://github.com/BrancoLab/BrainRender/issues/70

BrainRender工具的开发人员将该工具更新为版本0.4.0.0，该版本允许用户将标签永久添加到大脑区域：

pip install -U brainrender

您还应使用以下内容进行更新：

https://github.com/BrancoLab/BrainRender.git

关于标签如何工作的一些关键知识：

• 标签默认显示在右半球

• 添加了xoffset，yoffset和zoffset以手动更改标签的位置

• 将彩色球体添加到网格上与标签位置相对应的点[可选]

这是我们解决大脑颠倒的方式，原来这只是Jupyter笔记本电脑出现的问题：

from vtkplotter import embedWindow

from brainrender.scene import Scene



# Change 1 Disable scene embedding with k3d in vtkplotter

embedWindow(False) 



# Change 2 set jupyter to False when creating the scene

scene = Scene(jupyter=False)



# Populate and render 

scene.add_brain_regions(['MOp', 'MOs', 'VISl', 'VISp', 'RSPagl'], add_labels=True)

scene.add_text('title')

scene.render(camera='top')

开发人员还警告“避免使用import vtkplotter as vtk，因为还有另一个名为vtk的程序包”。