我正在尝试将这个 .csv 文件读入 R。当我使用 read.csv 时,我要么收到与 row.names 相关的错误,要么列名偏离其原始列。根据这篇文章,我认为问题与每行末尾有一个额外的逗号有关。我在上一个问题的回答中找不到的是如何去掉行尾逗号。
我的解决方法是执行以下操作:
pmr <-read.csv("pubmed_result.csv", header = T, row.names = NULL)
colnames(pmr) <- c(colnames(pmr)[2:ncol(pmr)], "blank")
pmr <- pmr[1:ncol(pmr)-1]
这提供了所需的结果,但似乎有点不优雅。有没有办法让 read.csv 或 read.table 忽略最后一个逗号?或者有没有办法使用 gsub 来修复 csv?
您的评估是正确的,即尾随的
","
导致了问题。准确地说,事实是数据行中有一个尾随 ","
,但声明列名的行中却没有。
如果您不想像上面的代码那样手动修复问题,您可以使用
readr::read_csv
library(tidyverse);
df <- read_csv("pubmed_result.csv");
df;
## A tibble: 375 x 11
# Title URL Description Details ShortDetails Resource Type Identifiers
# <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr>
# 1 Myoedi… /pubm… Zhang Y, Lo… Physiol… Physiol Rev… PubMed cita… PMID:29717…
# 2 Cullin… /pubm… Papizan JB,… J Biol … J Biol Chem… PubMed cita… PMID:29653…
# 3 Fusoge… /pubm… Bi P, McAna… Proc Na… Proc Natl A… PubMed cita… PMID:29581…
# 4 Correc… /pubm… Long C, Li … Sci Adv… Sci Adv. 2… PubMed cita… PMID:29404…
# 5 Single… /pubm… Amoasii L, … Sci Tra… Sci Transl … PubMed cita… PMID:29187…
# 6 Requir… /pubm… Shi J, Bi P… Proc Na… Proc Natl A… PubMed cita… PMID:29078…
# 7 Consid… /pubm… Carroll KJ,… Circ Re… Circ Res. … PubMed cita… PMID:29074…
# 8 ZNF281… /pubm… Zhou H, Mor… Genes D… Genes Dev. … PubMed cita… PMID:28982…
# 9 Functi… /pubm… Kyrychenko … JCI Ins… JCI Insight… PubMed cita… PMID:28931…
#10 Defici… /pubm… Papizan JB,… J Clin … J Clin Inve… PubMed cita… PMID:28872…
## ... with 365 more rows, and 3 more variables: Db <chr>, EntrezUID <int>,
## Properties <chr>
这将引发一堆警告,这些警告源自丢失/附加的尾随“,”,在这种情况下您可以忽略它们。请注意,列名称已正确分配。
对于 readr 2.1.4,这不起作用。结束逗号与最后一个数据列合并,而不是被忽略