如何在sklearn dbscan中使用多个内核？

Question

我正在尝试通过dbscan处理大量数据，并希望使用计算机上可用的所有内核来加快计算速度。我正在使用自定义距离度量，但是距离矩阵未预先计算。

我尝试了许多不同的实现，但是没有取得太大的成功。我在下面列出了它们，以及在终端窗口中使用top跟踪性能时观察到的结果。

1. 使用内置的n_jobs输入：

model = DBSCAN(eps=eps, min_samples=min_samps,metric=distance_sphere_and_time, n_jobs=-1)
model.fit(X)

CPU仅达到2％的使用率。看起来计算中仅包括了可能的48个核心中的一个。

2. 与算法n_jobs一起使用内置的Brute输入。

model = DBSCAN(eps=eps, min_samples=min_samps,metric=distance_sphere_and_time, algorithm=`Brute`, n_jobs=-1)
model.fit(X)

[这里建议dbscan是并行处理的唯一方法：https://github.com/scikit-learn/scikit-learn/pull/8039，尽管有警告，但Brute可能会降低它的速度。 CPU使用率达到100％，但并没有提高。

3. 使用dask进行并行处理。

client = Client(processes=False, n_workers=8)
    model = DBSCAN(eps=eps, min_samples=min_samps,metric=distance_sphere_and_time)
    with parallel_backend('dask'):
        model.fit(X)

这里建议了这种实现方式：https://github.com/dask/dask-tutorial/issues/80。但是，CPU利用率仍为2％，表明仅使用了一个内核。

任何建议将不胜感激。

Answer 1

您的问题是python。在其他工具（例如ELKI）中尝试相同的操作（请不要忘记添加例如覆盖树索引），您会看到巨大的速度差异。

原因是您的距离是一个用户函数ufunc。 sklearn用于搜索邻居的球树是Cython，对于每次距离计算，都需要返回解释器。它甚至会在每次距离计算时copy点数据。这些回调可能涉及臭名昭著的Python GIL，因此破坏了任何并行化工作。