我有一个名为foo.R的脚本，其中包含另一个脚本other.R，它位于同一目录中：
#!/usr/bin/env Rscript
message("Hello")
source("other.R")
但我希望R找到other.R，无论当前的工作目录是什么。
换句话说，foo.R需要了解自己的道路。我怎样才能做到这一点？
我喜欢steamer25的解决方案，因为它似乎对我来说最强大。但是，在RStudio（在Windows中）进行调试时，路径将无法正确设置。原因是如果在RStudio中设置断点，则获取文件使用备用“调试源”命令，该命令将脚本路径设置为略有不同。以下是我目前使用的最终版本，它在调试时考虑了RStudio中的这种替代行为：
# @return full path to this script
get_script_path <- function() {
cmdArgs = commandArgs(trailingOnly = FALSE)
needle = "--file="
match = grep(needle, cmdArgs)
if (length(match) > 0) {
# Rscript
return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match])))
} else {
ls_vars = ls(sys.frames()[[1]])
if ("fileName" %in% ls_vars) {
# Source'd via RStudio
return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$fileName))
} else {
# Source'd via R console
return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
}
}
}
我把这个问题的答案结束并扩展到thisfile()中的新函数rprojroot。也适用于与knitr编织。
我尝试了几乎所有问题，Getting path of an R script，Get the path of current script，Find location of current .R file和R command for setting working directory to source file location in Rstudio，但最后发现自己手动浏览CRAN表并找到了
scriptName图书馆
它提供current_filename()函数，当在RStudio中获取时以及通过R或RScript可执行文件调用时返回脚本的正确完整路径。
我自己就是这样做的。要确保脚本的可移植性，请始终使用以下命令：
wd <- setwd(".")
setwd(wd)
它起作用是因为“。”像Unix命令$ PWD一样翻译。将此字符串分配给字符对象允许您将该字符对象插入到setwd（）和Presto中，您的代码将始终以其当前目录作为工作目录运行，无论它在哪个机器上或在文件结构中它在哪里位于。 （额外的好处：wd对象可以与file.path（）一起使用（即file.path（wd，“output_directory”），以允许创建标准输出目录，而不管通往命名目录的文件路径如何。这确实需要您在以这种方式引用之前创建新目录，但这也可以使用wd对象进行帮助。
或者，以下代码执行完全相同的操作：
wd <- getwd()
setwd(wd)
或者，如果您不需要对象中的文件路径，您可以简单地：
setwd(".")
您可以将r脚本包装在bash脚本中，并将脚本的路径检索为bash变量，如下所示：
#!/bin/bash
# [environment variables can be set here]
path_to_script=$(dirname $0)
R --slave<<EOF
source("$path_to_script/other.R")
EOF
我喜欢这种方法：
this.file <- sys.frame(tail(grep('source',sys.calls()),n=1))$ofile
this.dir <- dirname(this.file)
请注意，getopt包提供了get_Rscript_filename函数，它只使用此处提供的相同解决方案，但已经在标准R模块中为您编写，因此您不必将“get script path”函数复制并粘贴到每个你写的脚本。
参见findSourceTraceback()包装的R.utils
在所有调用帧中查找source（）生成的所有'srcfile'对象。这使得可以找出source（）当前编写的文件。
我的上述实现存在问题，因为我的脚本是从符号链接的目录中运行的，或者至少这就是我认为上述解决方案对我不起作用的原因。按照@ ennuikiller的回答，我把我的Rscript包裹在bash中。我使用pwd -P设置路径变量，它解析了符号链接的目录结构。然后将路径传递给Rscript。
bash.是
#!/bin/bash
# set path variable
path=`pwd -P`
#Run Rscript with path argument
Rscript foo.R $path
foo.R
args <- commandArgs(trailingOnly=TRUE)
setwd(args[1])
source(other.R)
我会使用@ steamer25方法的变体。关键是我更喜欢获取最后一个源脚本，即使我的会话是通过Rscript启动的。以下代码段包含在文件中时，将提供包含脚本规范化路径的变量thisScript。我承认（ab）使用source'ing，所以有时我调用Rscript并在--file参数中提供的脚本来源另一个脚本来源另一个...有一天我会投入使我的凌乱代码变成一个包。
thisScript <- (function() {
lastScriptSourced <- tail(unlist(lapply(sys.frames(), function(env) env$ofile)), 1)
if (is.null(lastScriptSourced)) {
# No script sourced, checking invocation through Rscript
cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
needle <- "--file="
match <- grep(needle, cmdArgs)
if (length(match) > 0) {
return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match]), winslash=.Platform$file.sep, mustWork=TRUE))
}
} else {
# 'source'd via R console
return(normalizePath(lastScriptSourced, winslash=.Platform$file.sep, mustWork=TRUE))
}
})()
您可以使用commandArgs函数获取Rscript传递给实际R解释器的所有选项，并搜索--file=。如果您的脚本是从路径启动的，或者它是以完整路径启动的，那么下面的script.name将以'/'开头。否则，它必须相对于cwd，您可以连接两条路径以获得完整路径。
编辑：听起来你只需要上面的script.name并剥离路径的最后一个组成部分。我删除了不需要的cwd()样本并清理了主脚本并发布了我的other.R。只需将此脚本和other.R脚本保存到同一目录chmod +x中，然后运行主脚本即可。
main.R：
#!/usr/bin/env Rscript
initial.options <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
file.arg.name <- "--file="
script.name <- sub(file.arg.name, "", initial.options[grep(file.arg.name, initial.options)])
script.basename <- dirname(script.name)
other.name <- file.path(script.basename, "other.R")
print(paste("Sourcing",other.name,"from",script.name))
source(other.name)
other.R：
print("hello")
输出：
burner@firefighter:~$ main.R
[1] "Sourcing /home/burner/bin/other.R from /home/burner/bin/main.R"
[1] "hello"
burner@firefighter:~$ bin/main.R
[1] "Sourcing bin/other.R from bin/main.R"
[1] "hello"
burner@firefighter:~$ cd bin
burner@firefighter:~/bin$ main.R
[1] "Sourcing ./other.R from ./main.R"
[1] "hello"
这就是我认为德曼正在寻找的东西。
您可能只使用99％的案例：
sys.calls()[[1]] [[2]]
它不适用于脚本不是第一个参数的疯狂调用，即source(some args, file="myscript")。在这些奇特的案例中使用@ hadley's。
#!/usr/bin/env Rscript
print("Hello")
# sad workaround but works :(
programDir <- dirname(sys.frame(1)$ofile)
source(paste(programDir,"other.R",sep='/'))
source(paste(programDir,"other-than-other.R",sep='/'))
Steamer25的方法有效，但前提是路径中没有空格。在macOS上，至少cmdArgs[match]为/base/some~+~dir~+~with~+~whitespace/返回类似/base/some\ dir\ with\ whitespace/的东西。
我通过在返回之前用简单的空格替换“〜+〜”来解决这个问题。
thisFile <- function() {
cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
needle <- "--file="
match <- grep(needle, cmdArgs)
if (length(match) > 0) {
# Rscript
path <- cmdArgs[match]
path <- gsub("\\~\\+\\~", " ", path)
return(normalizePath(sub(needle, "", path)))
} else {
# 'source'd via R console
return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
}
}
显然你仍然可以像aprstar那样扩展else块。
令人惊讶的是，R中没有'$ 0'类型的结构！您可以使用system（）调用以R编写的bash脚本来执行此操作：
write.table(c("readlink -e $0"), file="scriptpath.sh",col=F, row=F, quote=F)
thisscript <- system("sh scriptpath.sh", intern = TRUE)
然后只需为other.R拆分scriptpath.sh名称
splitstr <- rev(strsplit(thisscript, "\\/")[[1]])
otherscript <- paste0(paste(rev(splitstr[2:length(splitstr)]),collapse="/"),"/other.R")
如果不是脚本，foo.R，知道它的路径位置，如果你可以改变你的代码总是从一个常见的source引用所有root'd路径，那么这些可能是一个很大的帮助：
特定
/app/deeply/nested/foo.R/app/other.R这会奏效
#!/usr/bin/env Rscript
library(here)
source(here("other.R"))
有关如何定义项目根的信息，请参阅https://rprojroot.r-lib.org/。
当从R控制台'源'时，我无法让Suppressingfire的解决方案工作。 使用Rscript时，我无法让hadley的解决方案工作。
两全其美？
thisFile <- function() {
cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
needle <- "--file="
match <- grep(needle, cmdArgs)
if (length(match) > 0) {
# Rscript
return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match])))
} else {
# 'source'd via R console
return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
}
}
frame_files <- lapply(sys.frames(), function(x) x$ofile)
frame_files <- Filter(Negate(is.null), frame_files)
PATH <- dirname(frame_files[[length(frame_files)]])
不要问我它是如何工作的，因为我忘记了：/
来自rakensi的Getting path of an R script的答案是最正确和最精彩的恕我直言。然而，它仍然是一个包含虚拟功能的黑客。我在这里引用它，以便让别人更容易找到它。
sourceDir < - getSrcDirectory（function（dummy）{dummy}）
这给出了放置语句的文件的目录（定义了伪函数的位置）。然后它可以用于设置工作目标并使用相对路径，例如
setwd(sourceDir)
source("other.R")
或创建绝对路径
source(paste(sourceDir, "/other.R", sep=""))
这适合我
library(rstudioapi)
rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path
Supressingfire的答案的缩小版本：
source_local <- function(fname){
argv <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
base_dir <- dirname(substring(argv[grep("--file=", argv)], 8))
source(paste(base_dir, fname, sep="/"))
}
我的一体！ （ - 01/09/2011更新以处理RStudio控制台）
#' current script file (in full path)
#' @description current script file (in full path)
#' @examples
#' works with Rscript, source() or in RStudio Run selection, RStudio Console
#' @export
ez.csf <- function() {
# http://stackoverflow.com/a/32016824/2292993
cmdArgs = commandArgs(trailingOnly = FALSE)
needle = "--file="
match = grep(needle, cmdArgs)
if (length(match) > 0) {
# Rscript via command line
return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match])))
} else {
ls_vars = ls(sys.frames()[[1]])
if ("fileName" %in% ls_vars) {
# Source'd via RStudio
return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$fileName))
} else {
if (!is.null(sys.frames()[[1]]$ofile)) {
# Source'd via R console
return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
} else {
# RStudio Run Selection
# http://stackoverflow.com/a/35842176/2292993
pth = rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path
if (pth!='') {
return(normalizePath(pth))
} else {
# RStudio Console
tryCatch({
pth = rstudioapi::getSourceEditorContext()$path
pth = normalizePath(pth)
}, error = function(e) {
# normalizePath('') issues warning/error
pth = ''
}
)
return(pth)
}
}
}
}
}
这适合我。只需从命令行参数中获取它，剥离不需要的文本，执行一个dirname，最后从中获取完整路径：
args <- commandArgs(trailingOnly = F)
scriptPath <- normalizePath(dirname(sub("^--file=", "", args[grep("^--file=", args)])))