bioinformatics 相关问题

仅将此标记用于与生物信息学相关的编程相关问题。其他问题不属于此处，但可能是https://bioinformatics.stackexchange.com/上的主题。有关更多信息，请参阅标记维基。

我有一个从 stringtie 生成的计数矩阵（从 FPKM 到 readcount 使用 stringtie 的 prepDE.py3）。我想创建跨样本的目标基因热图。我的问题是：之前...

statistics heatmap bioinformatics

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由于 URI::Escape 模块，我无法使用 TransDecoder，但它已经安装了

我正在尝试使用 TransDecoder，但出现此错误： TransDecoder.LongOrfs -h 在@INC 中找不到 URI/Escape.pm（您可能需要安装 URI::Escape 模块）（@INC 包含：/opt/anaconda...

perl uri bioinformatics cds

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如何计算每个样本映射到每个基因的读数数？ [关闭]

我有一个 .sam 文件目录（例如 ERR250731.ATP6.sam），我正在尝试打印映射到数据库基因组中每个基因的读取数。入藏号很可怕……

linux terminal bioinformatics

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有没有办法使用 Python 从 UniProt 中获取蛋白质序列？

我正在寻找一种通过在输入中指定蛋白质 UniProt ID 从 UniProt 检索 FASTA 文件的方法。我的目标是创建一个能够创建 FASTA 文件的 Google Colab，我可以在其中指定...

python google-colaboratory bioinformatics fasta

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如何从 DataFrame 中提取前馈循环？

在此数据框中，列名也在行名中。列是调节器，它们的调节显示为 1 调节和 0 不调节。行名类别 1 六类类别 2 5类猫0 0 1个 0 1个 cat1...

python pandas dataframe function bioinformatics

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使用grep（或awk）提取两个连续的单词

我有一个 BAM 文件，我需要从中提取以“PL:Z...”开头的两个词，然后是“PR:Z...” 我开始尝试第一个词，但没有成功： samtools 查看 -h ...

awk grep bioinformatics

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how to visualize alignment tree .dnd done with t coffee

我在 R 中尝试了 2 个解释包，但输出是相同的：Null device 1 我在与 resul.dnd 相同的目录中工作安装.packages（“猿”）图书馆（猿）我的树<- read.tr...

r tree bioinformatics

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如何将使用旧版本的 R 及其包生成的 RData 文件更新为当前版本的 R？

你好我的 R 社区伙伴，我有一个“.RData”文件，由某人在 2014-2016 年间生成。这与他之前的RNASeq项目的差异表达分析有关。

r bioinformatics genetics rna-seq

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Sapply Function in R: NA 强制引入，但我只有数值

对于我的项目，我应该对这个数据集进行差异表达分析，其中行表示患者，列表示基因。第一列 os event 表示 sur ...

r bioinformatics na sapply

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Biopython python3.11: urllib.error.HTTPError: HTTP Error 400: Bad Request

我有一些代码如下所示：我使用 esearch 的第一段代码有效，但在使用 efetch 时我的错误消息开始出现。从 Bio 导入 Entrez Entrez.email = "我的

bioinformatics biopython ncbi

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指定 Groovy 转置输出

我目前正在为 cDNA 构建一个处理管道，我的管道中的一个进程在一个数组中输出 7 个不同的 fastq 文件，其中有 7 个 id 项是元数据，我需要它在一个人中格式化......

groovy bioinformatics nextflow

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如何解决“不一致的染色体块错误？

我正在尝试使用 bowtie2 和 samtools 将读取对齐到 hg38。获取 bam 文件并尝试为它们编制索引后，出现错误： E::hts_idx_push\] 染色体块不连续 \[E::sam...

bioinformatics samtools

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在紫杉醇耐药乳腺癌细胞系中使用基因表达分析基因数据框的想法

我有一个乳腺癌紫杉醇抗性细胞系的基因表达分析数据集，你可以在这个链接中看到。我很想知道你在人工中使用这些数据的想法

python machine-learning artificial-intelligence bioinformatics

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从维恩图的每个区域提取值

维恩图图像我有 6 个列表。每个都包含来自给定条件的感兴趣基因。然后使用这六个列表使用 venn 包在 r 中制作维恩图。维恩图是...

r bioinformatics venn-diagram rna-seq venn

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Mac 终端上的基因组序列修整流水线

我正在寻找一个流水线来自动对 ~60 个基因组的集合进行序列修剪。程序代码为： trimmomatic PE -phred33 SA*_1.fastq SA*_2.fastq SA_*_forward_paired.fastq SA_*

macos terminal bioinformatics

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使用 PowerShell 为多个 .faa 文件将文件名添加到以“>”开头的字符行

我有 100 个包含蛋白质序列的 FASTA 存储在一个目录中。我需要将它们各自的文件名添加到每个 FASTA 标头中（字符串字符串以“...

powershell bioinformatics fasta

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从 bioconductor 和用于生物信息学的 ubuntu 18.04 docker 容器制作 docker 容器

这是我关于stackoverflow的第一个问题。我想同时使用 ubuntu:18.04 和 bioconductor/bioconductor_docker docker 镜像来使用 b...

docker bioinformatics multistage

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rcdk R 包无法从 SMILES 代码计算指纹

我正在为 chEMBL 22 数据库中可用的 FDA 批准药物使用微笑代码。我正在使用包 rcdk 并且我正在使用此代码：库（rcdk）数据1<-read.csv("chembl_22_drug_export.txt...

r bioinformatics cheminformatics

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使用PEAKachu进行峰值调用时出错

我正在尝试使用 PEAKachu 调用 RNA eclip pair-end 数据的峰值。我通过从源代码构建在 slurm 上安装了 PEAKachu：使 readme_rst 制作包裹 pip3 install --user dist/PEAKachu-0.2....

python bioinformatics

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生成随机 DNA 序列并找出 CpG 岛

我正在尝试生成具有给定数量的 A、G、T 和 C 的随机 DNA 序列；使用 Python 中的随机函数。我怎样才能在列表中随机排列这些单独的字符串？我要迭代

python random sequence bioinformatics shuffle

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