bioinformatics 相关问题

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如何在 COVID 输入 fasta 上运行最新的 Docker 版本的 Nextclade？

我尝试运行以下 Shell 代码： sudo docker run -it --rm nextstrain/nextclade:latest nextclade run --dataset-name 'sars-cov-2' - -output-all covid19.fasta # fasta 文件有我想要的数据...

docker bioinformatics google-genomics nextstrain

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核苷酸比较程序卡方部分的KeyError问题

前言：我添加的照片不是真实的患者数据，只是用于测试的示例我正在创建一个生物信息学程序，它将获取患者核苷酸调用的结果并将其与

python numpy scipy statistics bioinformatics

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如何在Cytoscape中按氨基酸类型自动化或快速设置表格样式（细胞背景油漆）？

我正在 Cytoscape 中可视化相关肽序列的网络。氨基酸序列被分成几列（即 Col1：氨基酸 1，Col2，氨基酸 2，Col3：氨基酸 3，等等），我想......

java bioinformatics cytoscape

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计算不包含特定单词的特定行数。

请问我有个问题，我有一个文件是这样的@HWI-ST273:296:C0EFRACXX:2:2101:17125:1453251 TTAATACCCAACCAGAAGTTAGCTCCTCCT 我有一个文件是这样的 @HWI-ST273:296:C0EFRACXX:2:2101:17125:1453251 TTAATACACCCAACCAGAAGTTAGCTCCTTCACTTTCAGCTAAATAAAAG + 8?8A;DDDDD;@?++8A?;C;F92+2A@19:1*1?DDDECDE?B4:BDEEI ...。

grep bioinformatics biopython

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Bcbio-gff 文件创建问题

当使用GFF.write()创建文件时，我得到了一个以 "注释备注 "为源的新行，后面是序列区域的ASCII编码。##gff-version 3 ##sequence-region NC_011594.1 1 16779 ... ...

python bioinformatics biopython gff

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在Python中匹配字典值并生成一个输出，无论它们是否匹配。

我现在的情况是，我组装了一个5个DNA序列的列表。我写了一个小的循环，一次一个地通过密码子位点。从这里我生成了一个字典，告诉我什么... ...

python python-3.x dictionary pattern-matching bioinformatics

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如何从GEO数据库中提取单细胞RNA测序数据？

我是R和计算生物学的新手。我正试图通过一个已发布的数据集来检查我自己的项目的基因表达。我很难找到材料来教我如何 ...

r bioinformatics bioconductor ncbi

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永无止境的循环？无法让python停止运行

当我试着运行这段代码时，它从来没有完成过，我认为它卡在某个地方，但我不太确定，因为我是python新手。 import re codon = [] rcodon = [] dataset = "...

python loops bioinformatics biopython

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利用R计算特定域区域的基因频率

我正在研究植物的基因组拓扑学，以便了解核基因组的组织比较化。我想知道一种快速计算基因密度的方法，在特定的 ...

r ggplot2 methods bioinformatics density-plot

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如何使用sys.args[]或getopts通过Python运行对齐命令？

我如何通过python使用sys.args[]或getopts运行 "MAFFT "对齐？我想通过python自动完成一个对齐，这样我就不用使用独立的命令行MAFFT多 ...

python alignment bioinformatics seq

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在Python和Biopython中运行BLAST来检测SARS病毒。我的输出根本没有显示出来! 有人检查我的代码吗？

以下是我的代码： from Bio.Blast import NCBIWWW result = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt",r "C:\Users\video\Documents\sars.fasta") save_file = open("blast4.xml", "w") save_file.write(result......)

xml bioinformatics biopython blast sparse-file

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如何删除每行变量数字前后的所有内容？

我是真正的新手，我需要重命名文件中的所有序列头，如下所示：从这个格式：>D915_04184转录本=D915_04184基因=D915_04184只包含序列ID在......

sed replace bioinformatics

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Field ...

我得到的是：我所期望的。

mysql sql linux unix bioinformatics

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如何在r中删除一列中的特定字符？

我有一个ID的数据集： VARIANT_ID 01_1254436_A_G_1 02_2254436_A_G_1 03_3255436_A_G_1 10_10344745_A_G_1 11_11256437_A_G_1 11_11343426_A_G_1 12_12222431_A_G_1 14_14200436_A_G_1 ...。

r string dataframe bioinformatics

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错误地删除了过度代表的序列。TypeError: coercing to Unicode: need string or buffer, NoneType found.

Hi I am running this python script to remove over-representative sequences from my fastq files, but I keep getting the error. 我是新来的bioinfomatics，一直按照一套固定的流水线......。

bioinformatics genome

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如何在R中根据另一个数据集的条件替换特定的行？

我有2个遗传数据集，看起来像： dataset1: ID Chr Ref Alt 1:10000476 NA NA 1:10081736 NA NA 1:100829685 NA NA 1:100829720 NA NA NA 10:1008338 NA NA NA ...。

r dataframe data.table bioinformatics

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如何在数据框架的单元格中使用R发现短语？

有一个像'df'这样的data.frame，我想在列'bio_process'的每个单元格中发现这个确切的短语 "角质化[GO:0031424]"。之后，我想用'ID'创建一个新的向量...。

r bioinformatics

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在PHP中为外部URL添加变量

我想把我设置的变量添加到外部链接中。例如，我想把我设置的变量添加到外部链接中。这是外部链接 https:/genome.ucsc.educgi-binhgTracks?hgsid=836970973_rJGr4Hntud9tPwgMncRaiAnedvci&org=D.+... ...

php html url phpmyadmin bioinformatics

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如何解决Java Not-class-found Exception？

I'm new in bioinformatics and I'm trying to run a pipeline that uses the program FastQC v0.11.3. I downloaded the program locally on linux. 我把程序下载到本地的linux服务器上（没有sudo权限）。据我所知，FastQC是一个 ...

java python bioinformatics fastq

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有没有一个函数可以计算给定对齐参数的对齐序列的得分？

我尝试对已经对齐的序列进行打分。

python bioinformatics biopython

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