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将hmmer --tblout输出转换为pandas数据框。
有没有办法把hmmer的输出转换成pandas的数据框？我也不知道如何通过Bio模块将hmmer tblout表加载到python中。我相信你可以用SeqIO调用hmmer格式......。
我的python脚本遇到了一个问题。我在我的机器上使用Ubuntu作为第二个操作系统，我已经写了一个python代码来输出关于一些蛋白质的不同信息。
使用beautifulsoup和Python3进行网络搜刮(蛋白质数据库)高度嵌套标签。
我想根据RSPB上的高级搜索查询，创建一个CSV文件，其中包括所有蛋白质的名称，它们的PDB（蛋白质数据库）Ids，以及实验方法。搜索URL的链接是这样的。URL ...
我正在使用python来分析和编辑我从一个蛋白质数据库中得到的一些信息，我的数据库里有这样的输出：NC_018142.1_1102_ID=1_1102 (**1277003**, 1279534, 4, 'CAS-II-C 0.64'. 有一个字典的输出：NC_018142.1_1102_ID=1_1102 (**1277003**, 1279534, 4, 'CAS-II-C 0.64'...
如何将列L1中的项目即R上的1,2,3,4,5,6,7重命名为A,B,C,D,E,F,G，logFC变量值L1 17 0.6629950 geneID ftsE 1 39 1.1672554 geneID ftsE 2 61 -0.3932697 geneID ...
我想创建一个程序，从我对集合的计算结果中计算出一个距离矩阵。这些集合的数据来自一个文件。这是Marczewski-Steinhaus记录。I ...
我最近开始使用Snakemake。我想实现的是这样的目标。我有一些需要独立修改的样本（规则index_vcf）。然后，样本组是输入 ...
我有一个基因的数据集，我将其映射到蛋白质ID的类型。然后，我试图在另一个第2个数据集中找到这些蛋白质ID。第2个数据集相当大，有11759454行。我试图找到我的匹配...
如何使用Conda在Google Colab中为antiSMASH创建虚拟环境？
我想在Google Colab中使用antiSMASH（https://docs.antismash.secondarymetabolites.org/）。如何设置并运行示例？
如何使用Conda在Google Colab中为BiG-SCAPE创建虚拟环境？
我想在Google Colab中使用BiG-SCAPE（https://git.wageningenur.nl/medema-group/BiG-SCAPE/-/wikis/home）。如何设置并运行示例？
我正在学习python编码，并使用一个函数来计算具有不确定字符N或n的DNA序列中的gc百分比（NAAATTTGGGCCCN），这产生了以下问题。是...
我有一个SNP数据集，没有按照我需要的方式进行编码。除了具有仅“ rsNUMBER”的编码，它们还具有芯片分析的信息。例如：GSA-rsNUMBER或psy-rsNUMBER ...
我有一个实验的时间课程数据，我希望他们能绘制图表以可视化常见和独特的元素。我可以在维恩图中完成此操作，但是我想将细节散布到广阔的环境中。 ...
是否存在经过培训的生物医学名称实体识别框架？谢谢和亲切的问候。
我想创建一个程序，它将根据我对集合的计算结果来构建距离矩阵。带有集合的数据必须从文件中获取。这是Marczewski-Steinhaus的记录。我...
我从软件中收到错误消息，指出标题中不存在contig chr1。是否有人对为什么推断功能可能无法推断重叠群有任何见识？
我有一个大的RNA-seq数据表，由ensembl_gene_id列出，但是我想转换为hgnc_symbol，以便于在热图上可视化。到目前为止，我有以下代码-但...
我正在处理两个文件，一个是基因水平计数文件，另一个是元数据。我在下面的代码行中运行，并收到一条错误消息。 deseqdt = DESeqDataSetFromMatrix（countData = baseinput，...
我一直在使用GATK管道的snakemake实现的修改版本进行基因分型。管道首先将读取映射到参考，并为每个样本调用变体。随后，...