bioinformatics 相关问题

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残留接触图

如何使用Biopython从PDB文件计算蛋白质残基接触图，最终接触图作为.npy文件存储在Numpy数组中。如果可以的话，请给我一些明确的指导或

bioinformatics biopython protein-database

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根据常见子模式对短的同质字符串（DNA）进行聚类并提取类的共识

任务：将大量短 DNA 片段聚类到共享共同子序列模式的类别中，并找到每个类别的共有序列。泳池：约。 300 个序列片段 8 - 20 让...

string cluster-analysis bioinformatics dna-sequence

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创建一个采用 2 个 DNA 序列的函数，检查它们是否具有相同的长度、是否是有效序列以及它们具有什么类型的突变

我正在尝试创建一个函数，它接受 2 个 DNA 序列作为参数并检查 3 件事（按此顺序）：比较它们以查看它们的长度是否相同检查它们是否都有效

python-3.x function jupyter-notebook bioinformatics dna-sequence

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将“DeseqStats”对象转换为 pandas 数据框？

是否可以将 DeseqStats 对象从 PyDESeq2 转换为 Pandas DataFrame？ results_summary = stat_res results_as_html = results_summary.tables[1].as_html() pd.read_html(results_as_html, h...

bioinformatics rna-seq sequencing

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Snakemake 工作流程独立工作，但作为模块导入时失败

我有两条工作管道。第一个管道从配置文件获取输入，然后创建 .csv 输出文件。第二个管道接收前一个管道的 .csv 输出。当我运行这些时

python bioinformatics snakemake

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提交的 Snakemake 规则开始运行并立即失败，没有抛出任何错误，但 Snakemake 继续运行

我为我的项目编写了一个snakemake管道，其中一部分看起来像这样：样本，= glob_wildcards("/absolute/path/to/samples/{sample}.bam") 统治一切：输入：

python bioinformatics snakemake

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估计 SNP 的频率

我成功运行了整个序列比对、SNP 和 INDELS 流程。然而，我想估计识别每个 SNP 的读取频率。我需要频率来正确估计我...

bioinformatics

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从bam文件中提取读取位置

我有一个包含多个 SNP 的 vcf 文件，现在我想看看这些 SNP 是否均匀分布在我从中获取 SNP 的 bam 文件的读取中。具体来说，我想绘制...

r perl bioinformatics bioconductor vcf-variant-call-format

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修改.pdb文件中的值并另存为新文件

对于作业，我必须在 Python 中读取一个小的 .pdb 文件，更改一些值，然后将其另存为新的 .pdb 文件。我的原始文件是这样的： ATOM 19 HD2 TYR 1 26.910 61.717 39.8...

python bioinformatics biopython pdb pdb-files

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RcppExports.o:RcppExports.cpp:(.rdata+0x720)：对“VirFinder_countSeqFeatureCpp”的未定义引用

我正在使用 rstudio 并尝试使用 devtools::load_all() 来加载包，但是，我遇到了未定义的引用错误。（函数（命令 = NULL，args = 字符（），error_on_status =

r bioinformatics r-package

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将 pymol 迭代的结果附加到变量中

我有以下代码： def 抓取（resi）： s1 = f"resi {resi} & 名称 P" s2 = f"resi {resi} & 名称 C4'" s3 = f"resi {int(resi) + 1} & 名称 P" ...

python bioinformatics pymol

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获取基因符号的 ENSEMBL ID

我正在从 NCBI 的基因表达综合网站下载 GSE 文件。恰巧我通过分析数据下载了表达式，文件是GSExxxxx。这些列表中有表达表

r bioinformatics

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Snakemake：处理目录中的配对读取

存在一个包含配对读取的目录，配对的名称和数量未知，可能的文件扩展名是.fastq或.fastq.gz。我需要有关如何最好地在目录中进行配对读取的建议...

bioinformatics snakemake

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大型 Pandas 数据框查找重叠区域

我在 pandas 中有一个 Pandas DataFrame，其基因组区域由其染色体、起始位置和终止位置表示。我正在尝试识别同一染色体内的重叠区域，并且

python pandas dataframe bioinformatics

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在 R 中运行 GDC_prepare 时出现问题

我正在尝试从 GDC 检索并准备一些数据，并且正在运行从 YouTube 视频复制粘贴的以下代码：video。下面是代码：库（TCGAbiolinks）图书馆（tidyver...

r bioinformatics bioconductor

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如何使用 R 查找集合之间重复的内容？

假设我有三个数据集，每个数据集都是差异表达基因的列表。如何使用 R 找到在所有三组中重复的基因？数据集的一个示例是：（会有hun...

r bioinformatics genomics

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跨列查找多个时间报告

我正在尝试评估伤害数据集。数据来自 4 个来源（医院、全科医生、自我报告、死亡），每个来源均以年为单位给出受伤时间（连续变量）。一个人我...

r database bioinformatics

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10x Multiome 数据上的 Cell Ranger Arc 错误：没有 I2 读取 FASTQ，我们无法从 FASTQ 标头读取 16 基条形码

我正在尝试对我的 FASTQ 文件运行 cellranger-arc 计数，这些文件是我在 NovaSeqX 上运行 10 倍多组测序而得到的（我将其提交给核心，他们对它进行了多路分离 - 我已经联系过了，但是

r bioinformatics rna-seq genomics

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在 Python 或 Bash 中计算和显示大文件中残基之间的交互

我有一个大文件，其中包含有关蛋白质中残基之间相互作用的数据。文件中的每一行代表一次交互，第一列指示交互类型（例如...

python bash bioinformatics

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从文件中删除终止密码子并将其替换为NNN

我想编写 Perl 代码来检查终止密码子并将其替换为 NNN。我写的代码如下： #!/usr/bin/perl 使用严格；使用警告； # 检查文件名是否以

perl bioinformatics

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