bioinformatics 相关问题

我正在尝试在openSUSE上安装samtools，我这样做了：cd htslib-1.2.1 ./configure make install工作正常。 bcftools-1.2 ./configure make install工作正常。对于samtools：cd samtools-1.2 ......

makefile install bioinformatics samtools bcftools

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从.bim，.bed和.fam文件创建VCF [关闭]

我有一个.fam，.bed和.bim文件，其中包含少数人的标记。我需要将其转换为VCF文件。有人可以帮助创建一个VCF文件。有没有可以做的开源工具......

bioinformatics genetics

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Linkdatagen中的错误：在串联（。）或字符串中使用未启动的值$ chr

嗨，我试图使用linkdatagen，这是一个基于perl的工具。它需要一个vcf文件（使用SAMtools的mpileup）和hapmap注释文件（提供）。我按照指示但是......

perl syntax-error bioinformatics perl-module bcftools

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在bash中评估表示单个管道命令的两个变量的最佳方法是什么？

我有一个函数产生，它确定文件是否存在，如果没有，它运行以下命令。当命令输出只是写入stdout时，这可以正常工作。但是在命令中......

linux bash pipe bioinformatics pipeline

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使用linux或python从文件中提取特定的列和字符串

处理12 Gb文件时遇到问题。谈到linux，我是新手。我希望有人能帮助我，任何建议都表示赞赏。我有一个名为phase_3.vcf的文件...

python linux string pattern-matching bioinformatics

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具有空变量的Else-If语句不起作用

我正在尝试在shell / bash脚本中编写一个if-else条件，该脚本将用于许多不同的文件，因此它不适合某个结构。我有三个不同的文件，最多三个不同...

bash if-statement bioinformatics bcftools

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使用不同参数两次运行相同规则的最佳方法

我正在使用bcftools共识从vcf文件中提取单倍型。给定输入文件：A.sorted.bam B.sorted.bam创建以下输出文件：A.hap1.fna A.hap2.fna B.hap1.fna B.hap2 ....

python bioinformatics snakemake bcftools

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makefile运行一次执行所有规则

我写了一个准备一些文件的makefile。我创建ORIGINAL目录，然后我使用文件夹中的文件启动其他规则RDIR =。 RFILES：= $（通配符$（RDIR）/ * .vcf）OUTDIR = ...

makefile gnu-make bioinformatics

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在linux中重定向vcftools文件 - 提示

下面是使用tabix从特定区域获取VCF文件的代码，然后使用vcftools中的“keep”选项对特定（欧洲）人口进行过滤。 ####如果[...选择特定人口]

linux bioinformatics genetics sequencing vcftools

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一个在提示符中而不是在脚本中工作的命令行

这是确切的命令bcftools norm -f /path/hg19/ucsc.hg19.fasta -c s ./user1.vcf -o ../fixed/user2.vcf当我直接在shell中运行它时它可以正常工作。当我把它放入bash脚本时...

bash shell bioinformatics bcftools

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在命令行工具（如bcftools）中使用bash变量

我有一个bash脚本接受参数，然后运行程序bcftools：$ infile = $ 1 $ outfile = $ 2 $ pop1 = $ 3 $ pop2 = $ 4我想使用pop1和pop2参数作为参数，所以在......

bash arguments parameter-passing bioinformatics

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