bioinformatics 相关问题

以两个数据帧为例：df1 = data.frame（V1 = c（'JOHN'，'BRIAN'，'KATE'，'ERIC'，'CURT'，'ZACH'），V2 = c（'ABIGAIL'， 'ANDY'，'GEORGE'，'JOHN'，'MARY'，'FRANKLIN'），V3 = seq（1,6,1），V4 = seq（1，...

r bioinformatics

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在Python中聚类相似字符串的算法？

我正在编写一个目前包含多个DNA序列列表的脚本（每个列表都有不同数量的DNA序列），我需要根据Hamming对每个列表中的序列进行聚类...

python string algorithm cluster-analysis bioinformatics

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Python将RNA seq转换成单字母氨基酸序列

在编写将给定的RNA核苷酸序列转换成氨基酸序列的代码时，我需要一些帮助。我目前已经使用了2个字典：氨基酸密码子之一和......

python dictionary bioinformatics biopython dna-sequence

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在python循环中打印来自交替文件的行

我试图使用python在两个单独的文件中找到感兴趣的四行块，然后按受控顺序打印出一些这些行。下面是两个输入文件和一个例子......

python bioinformatics biopython fasta fastq

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如何在Python中打印文件中的某些行

我想帮助弄清楚如何在.txt文件中只打印出给定数量的行。我创建了一个带有2个输入参数的函数文件（x，y），第一个'x'是文件，...

python python-3.x bioinformatics biopython fasta

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Python在上下文后打印行

如何在我对使用python感兴趣的上下文后打印两行。 Example.fastq @ read1 AAAGGCTGTACTTCGTTCCAGTTG +'（''％$'））％**）2 +'。（&&'/ 5- @ read2 CTGAGTTGAGTTAGTGTTGACTC +）（+ - 0 -...

python grep bioinformatics fasta fastq

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如何使用tanimoto距离形成网络

我有这样的列数据-1列Column-2 Similarity_dist化学-1化学-2 0.6化学-1化学-3 0.1化学-1化学-4 0.7化学-1化学-5 0.3化学-2化学-...

r bioinformatics bayesian-networks

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perl从2个数组中提取常见元素（fastq文件中的常见序列）

我有2个文件（paired_end），其中包含来自同一生物体的Fastq格式的读取（File_R1.fastq和File_R2.fastq）。我想用bwa和samtools（生物信息学）确定深度覆盖率，因为......

arrays perl bioinformatics sequences fastq

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如何使用lapply来计算r中列表中的唯一值

关于如何从数据帧中计算唯一值，我之前已经问了一个类似的问题，但是我需要使用“lapply”，因为我之前使用的方法不起作用或者我无法得到它...

r count bioinformatics lapply biomart

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如何使用python或R将三个字母的氨基酸代码转换为一个字母代码？

我有一个fasta文件，如下所示。我想将三个字母的代码转换为一个字母代码。我怎么能用python或R做到这一点？ > 2ppo ARGHISLEULEULYS> 3oot METHISARGARGMET所需...

python r bioinformatics biopython

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