bioinformatics 相关问题

仅将此标记用于与生物信息学相关的编程相关问题。其他问题不属于此处，但可能是https://bioinformatics.stackexchange.com/上的主题。有关更多信息，请参阅标记维基。

替换没有键值对文件的fasta头

尝试以下方法使用bioawk替换没有键值对的fasta标头对于 $(ls *.faa) 中的 infile 做前缀=$(基本名称$infile .faa) bioawk -c fastx '{ print ">&q...

awk bioinformatics fasta

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NLMIXR2：错误 - 无法计算出数字时间

我对基于模型的荟萃分析非常感兴趣，因此对非线性混合效应模型非常感兴趣。我一直在 R 上使用库“nlmixr2”，但我一直在努力确定

r bioinformatics data-modeling nlme

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如何在最新版本的 R 中导入 GTF 文件

我正在尝试将GTF文件上传到R中，但似乎以前的所有方法都失效了。导入（文件.gtf）导入gtf(文件.gtf) 读取.gtf(文件.gtf) 每一个，当我尝试安装 p...

r import bioinformatics

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Python 中反转 DNA/mRNA 序列的问题

我的程序在所有情况下都无法正常运行，任何具有生物学和编码专业知识的人都应该能够告诉我哪里出了问题。我正在尝试创建一个

python bioinformatics reverse dna-sequence

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orthAgogue 错误地处理 BLAST 文件

需要招募潜伏在这里阴影中的任何崭露头角的生物信息学家的帮助。我目前正在格式化一些 .fasta 文件以在一组分组程序中使用......

terminal bioinformatics

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优化 Python 中生物信息学脚本的 __getitem__

我正在用Python编写一个生物信息学应用程序的脚本，该脚本迭代多个序列，寻找特定位置的氨基酸，以计算它们相对于g的频率...

python optimization bioinformatics

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使用 python 包装器并行化 python 脚本

我有一个Python脚本heavy_lifting.py，我已经使用从bash包装器脚本wrapper.sh调用的GNU Parallel对其进行了并行化。我用它来处理 fastq 格式的文件，请参阅下面的 example.fastq。

python parallel-processing bioinformatics joblib fastq

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努力在ggplot中绘制曲线

我正在制作一些 ggplot 图，其中包含一些关于某些细菌的紫外线诱变的数据。我正在尝试将曲线拟合到第二张图（时间与生存百分比），我认为它不喜欢...

r ggplot2 bioinformatics

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按条件分组的重复的 PCA 图

我正在尝试根据 3 个条件（每个条件 3 个重复）生成的表达数据生成 PCA 图。我已经设法得到了一个情节，但随后我很难对条件进行着色和分组，因为我认为......

r ggplot2 bioinformatics ggfortify

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如何查找fasta文件中的序列长度？

我目前正在使用一个 fasta 文件（文本文件），其中包含 DNA 提取序列（重叠群）列表，每个序列都有一个标头，后面跟着几行核苷酸，这是...的核苷酸长度

python list character bioinformatics fasta

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如何计算由另一种行分隔的一组行中的字符？

python list character bioinformatics fasta

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使用 STAR 后丢失 Aligned.sortedbyCoord.out.bam 文件

我是 RNA 测序新手，在比对方面遇到问题。我正在使用 STAR，但我似乎缺少一个我认为下一步需要的输出文件。我找不到我的对齐。

bioinformatics sequencing

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在 MacOS 14.1 M1 下使用 conda 安装时出现问题

我正在尝试在配备 M1 处理器的 MacBook Pro 14" 上安装 bakta。当我运行时 conda 安装-c conda-forge -c bioconda bakta 我收到错误：发现冲突！寻找不兼容的

macos conda bioinformatics apple-m1 bioconda

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Ranksums 返回重复的 p 值

我正在尝试使用代谢组学数据创建火山图。 P值是使用 scipy.statsrankums 函数获得的。看来 p 值是重复的或四舍五入的。我的数据框包含 lo2fc 值...

python bioinformatics p-value scipy.stats

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有关 Python 函数以及如何用不同索引替换多个字符的建议

我最近又回到了Python，我需要一些帮助来解决这个问题：我有相同长度的 DNA 序列，其中一些内部有 N（错误）。我需要一个脚本来替换一个序列中的 N...

python string replace bioinformatics

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仅提取蛋白质结构数据表面的氨基酸残基

我想使用 Chimera 可视化的 PDB 中的蛋白质结构数据来做两件事。我很乐意学习适当的工具和方法。・关于蛋白质中存在的氨基酸的映射信息...

bioinformatics chimera

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首页问题标签用户未解答仅提取蛋白质结构数据表面的氨基酸残基

我想使用 Chimera 可视化的 PDB 中的蛋白质结构数据来做两件事。我很乐意学习适当的工具和方法。・关于蛋白质中存在的氨基酸的映射信息...

bioinformatics chimera

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将 Enrichlist 转换为 Dataframe

他们是一种将丰富列表从 CBNplot 转换为数据框的方法，这样我就可以使用函数 bngeneplotCustom 吗？ https://github.com/noriakis/CBNplot

r bioinformatics bioconductor bayesian-networks

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Nextflow 错误：进程中缺少输出文件

我的脚本遇到了另一个奇怪的问题，想知道是否可以获得更多帮助。您好，我正在尝试使用多种工具和以下脚本进行基因组组装： /* * ...

bash bioinformatics nextflow genome

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在 Nextflow DSL2 中将通道转换为字符串

我想知道如何在工作流程块中提取 Nextflow Channel 的内容并将其设为字符串。例如，我需要这个：使用 Groovy 映射定义开关系统，其中主要...

groovy bioinformatics nextflow

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