bioinformatics 相关问题

仅将此标记用于与生物信息学相关的编程相关问题。其他问题不属于此处，但可能是https://bioinformatics.stackexchange.com/上的主题。有关更多信息，请参阅标记维基。

$ java -Xmx8G -jar abra2.jar --in Sorted_Output.bam --out Sorted_Output.abra.bam --ref GCA_genomic.fna --threads 8 --tmpdir tmpdir > abra.log 错误：无法访问 jarfile abra2.jar 我不...

java linux windows terminal bioinformatics

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Julia 中用于解决 Rosalind 问题“开放阅读框架”的对象类型操作问题

代码上下文：我正在尝试解决 Rosalind 问题“开放阅读框架”（https://rosalind.info/problems/orf/）。我使用的方法是将每个 ORF 结果存储在一个变量中

julia bioinformatics rosalind

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从一个 fastq 文件中获取在另一个 fastq 文件中找不到的读取内容

我想要一个由 F1.fastq 中但不在 F2.fastq 中的 fastq 读取组成的 fastq 文件。此处提供以下代码作为解决方案。所需读取数 = [] 读取数组 = []

bioinformatics biopython fastq

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获取F1.fastq中不在F2.fastq中的fastq读取

我想要一个由 F1.fastq 中但不在 F2.fastq 中的 fastq 读取组成的 fastq 文件。此处提供以下代码作为解决方案。所需读取数 = [] 读取数组 = []

bioinformatics biopython

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错误：！未能收集惰性表。由 `db_collect()` 中的错误引起 - 在 R 中使用 biomaRt 包

我目前正在使用 R 开发一个生物信息学项目，在尝试使用 biomaRt 包时遇到错误。安装包并将其加载到 R 中后，我尝试选择...

r bioinformatics dbplyr biomart

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将字符串和数据框转换为另一个数据框

我有一个单行数据框，如下所示：捐赠者治疗时间点 MK434_016 WT5 ST002_50uM 6小时和一个看起来像这样的字符串： [1]“

r bioinformatics seurat

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如何使用 Perl 搜索字符串中生物信息学主题的不同变体？

我有一个程序输出，其中有不同变体的一个串联重复。是否可以（在字符串中）搜索主题并告诉程序查找最大“3”不匹配的所有变体/

perl string bioinformatics

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尝试安装 BioGeoBears 包依赖项 rexpokit 时出错，不再在 CRAN 上且无法安装

我正在尝试安装 R 包 rexpokit，它是 BioGeoBears 的依赖项。该软件包的 CRAN 版本刚刚于 2023 年 10 月 10 日被删除。我尝试从ar下载并安装...

r installation bioinformatics phylogeny

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如何使用Bio.PDB.Selection仅展开蛋白质原子？

从 Bio.PDB 导入 PDBParser 从 Bio.PDB 导入选择 Structure = PDBParser().get_struct('4GBX', '4GBX.pdb') # 加载你的分子 atom_list = Selection.unfold_entities(结构[0]['E'], '...

python bioinformatics biopython pdb protein-database

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Biopython 代码给出断言错误

biophoton 中的以下代码给了我一个断言错误：- 从 Bio 导入 SeqFeature 开始 = SeqFeature.ExactPosition(5) 结束 = SeqFeature.BetweenPosition(25, 左=8, 右=28).to_location()

python bioinformatics assertion biopython

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BioPython：KEGG REST 不断报告 HTTP 错误 403：禁止

我正在尝试使用Bio.KEGG中的BioPython的REST模块来查询KEGG数据库以获取某些化合物的名称和分子式，使用化合物化学识别号（CID），例如

python bioinformatics biopython

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通过匹配其他文件中的顺序来打印行

文件1.txt SRR1071717 SRR1079830 SRR1081765 SRR1085402 SRR1086236 SRR1092208 SRR1093930 SRR1097296 SRR1099957 SRR1120296 文件2.txt SRR1120296，女 SRR1099957，男 SRR1097296，女 SRR1093930，女性...

linux awk bioinformatics

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如何向第二列作为目录名称的列添加标题

我有多个目录中包含 ID 和计数的计数文件（对于每个加入 SRRXXXXXX）。我想使用 bash 循环在每个文件中添加标头“gene_id”和 SRRabcdXXX。目录

linux bash loops sed bioinformatics

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如何安装 Bioconda 软件包

这是一个常见问题的通用表述。我正在尝试从 Bioconda 安装软件包 foo。我尝试： conda 安装-c bioconda foo 然而，这会导致无法满足的依赖...

conda bioinformatics conda-forge

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无法在 Mac 上安装 Bioconda 软件包

第一次使用命令行，我尝试在带有 M1 芯片的 Mac 环境中安装 Bioconda 软件包（fastp 和 Bowtie1），但我不断收到相同的错误：收集包元数据 (