bioinformatics 相关问题

仅将此标记用于与生物信息学相关的编程相关问题。其他问题不属于此处，但可能是https://bioinformatics.stackexchange.com/上的主题。有关更多信息，请参阅标记维基。

当我在 R 中安装名为“scater”的包时出现问题

我正在尝试学习 scRNAseq 中的工作流程，需要一个名为“scater”的包。 “densvis”是一个依赖项。这就是安装结束时发生的情况。 LD：警告...

r macos bioinformatics

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在 R 中生成 96 或 384 孔板布局

我正在尝试编写一些代码，该代码将采用包含一些样本名称的 .csv 文件作为输入，并输出包含样本名称以及 96 孔板或 384 孔板的 data.frame ...

r bioinformatics

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从层次结构中提取特定级别的 GO ID（例如 2 级 GO ID）并与带注释的 GO ID 进行匹配

我正在编写一个Python脚本来匹配文件中带注释的GO ID，然后从层次结构中提取2级基因本体（GO）ID。但是，我在提取正确的 Le 时遇到问题...

python-3.x recursion bioinformatics ontology-mapping

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长基因组区域的gggenes：有可能分裂它吗？

我正在使用 gggenome 来描绘一个包含许多基因的长区域。我想用几条不同的线来显示该区域。有谁知道这是否可能？现在是这样的： ggplot...

r bioinformatics genome

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R 中 read.csv 函数的问题

我的数据保存在 csv 文件中。当我使用 read.csv 函数创建变量时，显然 R 假定第一列类似于标签，但我的数据组织方式不同。在 csv 文件中是...

r csv scripting bioinformatics

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使用Python检索基因本体层次结构

我正在尝试使用Python从OBO文件中解析和分层显示基因本体（GO）术语。虽然我取得了进展，但我在正确处理多个 is_a 时遇到了问题

python python-3.x recursion bioinformatics ontology-mapping

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使用 docker 运行 ensembl-vep 时出现“文件不存在”错误

我按照文档中的说明安装了ensembl-vep： cd $HOME/vep_data 卷曲-O https://ftp.ensembl.org/pub/release-110/variation/vep/homo_sapiens_vep_110_GRCh38.tar.gz 焦油 xzf

bash bioinformatics vcf-variant-call-format

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在我的 nextflow 管道中使用 conda 工具

我有一个要在 nextflow 中添加的流程，其中我使用了一个名为 medaka_haploid_variant 的工具。我使用 conda 安装了此工具，现在有一个名为 secondary_part 的环境，其中包含此工具。阿兹...

bash anaconda bioinformatics anaconda3 nextflow

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biomod2 未绘制数据

我正在尝试运行基本物种分布模型，并且biomod2没有绘制我的存在数据。我可以尝试在这里重现问题，但显然我无法上传 tif fi...

r bioinformatics biomod2

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如何通过 Biopython 使用基因名称检索 NCBI Entrez 摘要？

我在网上探索了各种选项和解决方案，但我似乎不太明白这一点。我刚开始使用 Entrez，所以我不完全理解它是如何工作的，但以下是我的尝试。我的目标

python xml bioinformatics biopython ncbi

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收到 UnicodeEncodeError 并且不知道如何修复它

尝试下载augur，一个生物信息学工具。它似乎下载完美，但当我尝试运行“augur --help”时，出现以下错误：文件“/home4/tibitoy/miniconda3/bin/augur...

linux bioinformatics nextstrain

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如何通过 Entrez 使用基因名称检索 NCBI 摘要？

python bioinformatics ncbi

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高点密度在 PyMOL 中产生负相互作用区域

我正在计算蛋白质和配体之间的相互作用区域（在本例中，PDB ID = 1r0r），并正在尝试不同的点密度。我正在使用的文件已通过 PD 修复...

python bioinformatics interaction pymol

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nextflow中如何使用if else将数据打印到屏幕？

我有一个问题。因此，当我编写 nextflow 工作流程时，我希望它每一步都自动运行。就像如果读取质量低、适配器会发生什么...所以我想我可以使用 if else 来...

conda bioinformatics nextflow

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从Genbank记录或Entrez查询中提取病毒宿主

我希望能够从许多基因库记录中看到病毒宿主生物。我已经尝试过下载 Genbank 完整文件并使用 Biopython.SeqIO.read() 读取它们，并且我...

python bioinformatics biopython ncbi

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RandomForest：eval（predvars，数据，env）中的错误：找不到对象

我正在尝试制作随机森林分类器，但我不断收到错误“eval（predvars，data，env）中的错误：未找到对象'紫杉二烯生物合成'”。我已经检查了我的...

r bioinformatics random-forest

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将 keras 翻译为 pytorch - CNN 层不匹配

我正在尝试将keras的代码重现到pytorch。然而我正在努力重现结果。从输入导入列表 class DNA_CNN_test2(nn.Module): # deepcre 模型 def __init__(se...

python keras pytorch conv-neural-network bioinformatics

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在多分辨率文件上迭代运行软件

.mcool 文件包含多种分辨率的矩阵。一个 .mcool 文件的冷却器：冷却器 ls ./../input/A001C007.hg38.nodups.pairs.mcool ./../input/A001C007.hg38.nodups.pairs.mcool::/决议/...

bash loops iterator bioinformatics

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有没有办法使用 R/Python 标准化以下数据？

在 R 中，使用 Immunarch 包，可以使用以下函数观察 CDR3 长度在多个数据集中的分布： repExplore(immdata1$data, .method = "len", .col = &

python r bioinformatics normalization

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测量每个状态下两个原子之间的距离，以 pymol 为单位

我正在使用 Pymol 来测量核酸两个原子之间的距离。我有一个 pdb。分子动力学计算的文件。当我在 pymol 中打开该文件时，我有 mol 的多种状态...

python bioinformatics pymol

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