biopython 相关问题

Biopython是一套免费提供的用Python编写的生物计算工具。请仅将此标记用于与Biopython工具套件相关的问题。

从一个 fastq 文件中获取在另一个 fastq 文件中找不到的读取内容

我想要一个由 F1.fastq 中但不在 F2.fastq 中的 fastq 读取组成的 fastq 文件。此处提供以下代码作为解决方案。所需读取数 = [] 读取数组 = []

bioinformatics biopython fastq

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获取F1.fastq中不在F2.fastq中的fastq读取

我想要一个由 F1.fastq 中但不在 F2.fastq 中的 fastq 读取组成的 fastq 文件。此处提供以下代码作为解决方案。所需读取数 = [] 读取数组 = []

bioinformatics biopython

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如何使用Bio.PDB.Selection仅展开蛋白质原子？

从 Bio.PDB 导入 PDBParser 从 Bio.PDB 导入选择 Structure = PDBParser().get_struct('4GBX', '4GBX.pdb') # 加载你的分子 atom_list = Selection.unfold_entities(结构[0]['E'], '...

python bioinformatics biopython pdb protein-database

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如何使用 Biopython 翻译原子？变换方法抛出错误

我正在尝试变换原子的坐标，但是当我使用随机向量时；我收到此错误 - 旋转 = rotmat(pi, Vector(np.random.rand(3,1))) 文件“/home/sanu/.local/lib/p...

python biopython

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Biopython 代码给出断言错误

biophoton 中的以下代码给了我一个断言错误：- 从 Bio 导入 SeqFeature 开始 = SeqFeature.ExactPosition(5) 结束 = SeqFeature.BetweenPosition(25, 左=8, 右=28).to_location()

python bioinformatics assertion biopython

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BioPython：KEGG REST 不断报告 HTTP 错误 403：禁止

我正在尝试使用Bio.KEGG中的BioPython的REST模块来查询KEGG数据库以获取某些化合物的名称和分子式，使用化合物化学识别号（CID），例如

python bioinformatics biopython

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Bio.Phylo 中的标签颜色

我正在尝试通过官方文档熟悉 Biopython 的系统发育学。 https://biopython-tutorial.readthedocs.io/en/latest/notebooks/13%20-%20Phylo Genetics%20with%20Bio.Phylo ....

python biopython phylogeny

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在 Bio.PDB 中获取原子名称

我正在尝试使用 BioPython 运行代码，该代码将允许我迭代多个蛋白质的原子并从中删除所有氢原子。确定哪些原子对应于氢...

python biopython protein-database

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如何使用PCcli命令生成数百个肽段坐标？

有一个 PCcli 命令可以构建给定肽序列的 .pdb 文件，但是我无法理解如何将它用于数百个肽序列。它对于单肽的用法就像...

pandas string mapping call biopython

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从github运行bwa和mutmap时出错

我正在尝试从 https://github.com/YuSugihara/MutMap.git 合并后运行 MutMap。起初，我收到错误“bwa not found”，所以我从“http...

python github installation bioinformatics biopython

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Biopython 初始安装测试失败

我正在尝试确保biopython 已成功安装在我的Windows 计算机上。在 Windows powershell 中，我调用 pip install biopython。之后我收到一条安装成功的消息。安装...

python windows installation biopython

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如何计算 PDB 文件中所有原子之间的距离并从中创建距离矩阵

我想计算pdb文件中所有原子之间的距离，然后根据PDB的结果创建一个距离矩阵。我目前拥有所有 x、y 和 z 坐标，但我很挣扎......

python biopython distance-matrix

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使用 matplotlib Polar=True 更改用作径向/角度位置的轴（使用 Bio.Phylo 创建圆形系统发育树）

如果我使用 Biopython Phylo 模块创建系统发育树，它是从左到右定向的，例如：将 matplotlib.pyplot 导入为 plt 从 Bio 导入 Phylo 从 io 导入 StringIO 句柄=字符串...

python matplotlib bioinformatics biopython phylogeny

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如何通过 Biopython 使用基因名称检索 NCBI Entrez 摘要？

我在网上探索了各种选项和解决方案，但我似乎不太明白这一点。我刚开始使用 Entrez，所以我不完全理解它是如何工作的，但以下是我的尝试。我的目标

python xml bioinformatics biopython ncbi

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从Genbank记录或Entrez查询中提取病毒宿主

我希望能够从许多基因库记录中看到病毒宿主生物。我已经尝试过下载 Genbank 完整文件并使用 Biopython.SeqIO.read() 读取它们，并且我...

python bioinformatics biopython ncbi

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UnboundLocalError：无法访问未与值关联的局部变量“数据”[已关闭]

此函数采用输入数据来预测输出 def build_model（输入数据）： # 读入保存的回归模型 load_model = pickle.load(open('alpha-synuclein_model.pkl', 'rb')) #

python algorithm machine-learning data-science biopython

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删除重复序列 fasta 文件时出错 - 标题中的问题

这里是python菜鸟。我正在尝试以 fasta 格式组合一些蛋白质序列，然后删除重复项。我通过搜索找到了这段代码，它工作得很好，但我遇到了一个问题，我......

python duplicates biopython fasta

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无法在 Jupiter notebook 中下载包“tidy verse”

我安装了 R 用于 Jupiter notebook 但是当我尝试通过安装 tidy verse 时安装.packages（'tidyverse'）我收到错误：将软件包安装到“/home/user/R/x86_64....”（因为 lib 是

r jupyter-notebook ipython biopython

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我一直收到 TypeError: cannot unpack non-iterable float object

这是我的代码（https://i.stack.imgur.com/9NhHC.png）我期待一个显示物种 S、I1、I2 和 R1

python ode biopython

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Biopython python3.11: urllib.error.HTTPError: HTTP Error 400: Bad Request

我有一些代码如下所示：我使用 esearch 的第一段代码有效，但在使用 efetch 时我的错误消息开始出现。从 Bio 导入 Entrez Entrez.email = "我的

bioinformatics biopython ncbi

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