biopython 相关问题

Biopython是一套免费提供的用Python编写的生物计算工具。请仅将此标记用于与Biopython工具套件相关的问题。

我希望能够让我的用户从ncbi中复制和粘贴基因组序列，这些序列看起来像。1 cataagcgcg gcctgccggg ccgataaaaaaa gaaaccgcgg cgcccccg gacaccacac 61 actggctctc... ...

python string replace biopython

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SeqIO.parse在genbank文件中出错

我正在处理一些genbank seq文件，并有以下代码： for seq_record in SeqIO.parse("datafile_location, "genbank"): 虽然它可以运行seq文件中的大部分seq（...

biopython seq genbank

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有没有一个函数可以计算给定对齐参数的对齐序列的得分？

我尝试对已经对齐的序列进行打分。

python bioinformatics biopython

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将hmmer --tblout输出转换为pandas数据框。

有没有办法把hmmer的输出转换成pandas的数据框？我也不知道如何通过Bio模块将hmmer tblout表加载到python中。我相信你可以用SeqIO调用hmmer格式......。

python pandas dataframe bioinformatics biopython

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Biopython 成功安装在 anaconda 3 中，但模块无法导入。

以前有人问过这个问题的变体，但我不得不问，因为那里给出的解决方案对我不起作用。我在 anaconda 3 中使用 Jupyter。首先我用 !pip 安装了biopython 。

python-3.x biopython anaconda3 modulenotfounderror

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Visual Studio Code不读取python3中的模块

很抱歉，如果已经问过一千遍了，还没有找到可行的解决方案或我理解的解决方案。我对此很陌生，只需通过自制软件（mac）安装Biopython并确认它...

python module compiler-errors biopython

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使用Biopython从python中的.fasta基因提取基因起始位置

我有一个.fasta文件，其中包含多个基因。它们都有类似的描述，例如：> lcl | NZ_LN831034.1_cds_WP_002987659.1_1 [gene = dnaA] [locus_tag = B6D67_RS00005] [db_xref = GeneID：...

python biopython genetics

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如何在Python中按行首的字母间隔浏览csv

我有一个包含大量数据的csv。当我启动一个webscrapping时，我收到以下消息：TimeoutError：[WinError 10060]连接尝试失败，因为被连接方未正确响应...

python csv indexing biopython

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从ExPASy服务器检索SwissProt-错误

我刚刚开始学习有关Biopython的方法，我正尝试使用ExPASy来检索SwissProt记录，就像Biopython教程（http://biopython.org/DIST/docs/。。

biopython

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一般序列比对

我正在编写一个旨在匹配两个序列的程序。我已经有两个列表，其中包含带有后缀F和R的SeqRecord对象。现在我想选择一个...

python biopython

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KeyError：'m'，使用Bio.codonalign建立密码子比对

我正在尝试使用Bio.codonalign进行基于蛋白质比对的密码子比对两个基因序列。他们的示例在此处（在“ build”功能下）给出：https：//biopython.org/DIST/docs/api/Bio ....

python biopython keyerror

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将大型.cif文件的段转换为较小的.pdb文件

我正在尝试从核糖体晶体结构的cif文件中找出一些与配体结合的结合位点，并且遇到了涉及类型错误的烦人问题。 TypeError：％c需要int或...

casting bioinformatics biopython

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使用MMCIF2Dict解析CIF文件的问题

我编写了一个脚本来检索和处理蛋白质数据库中的信息。我从Bio.PDB.MMCIF2Dict导入MMCIFDict模块，该模块允许解析字典中的CIF数据。效果很好...

python biopython

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需要将具有多个样本的df转换为方框图的pandas代码

我正在编写脚本以根据一些RNA-Seq数据绘制箱形图。伪代码1.基于基因名称选择一行2.为每种类型的单元格创建一列3.进行箱形图绘制我有1和3下...

python pandas biopython

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生物模型的实现

我需要使用biopython或任何合适的编程语言来实现生物学模型的实现（将其应用于活细胞中细胞器的功能）。我是这个领域的初学者。什么是...

bioinformatics biopython cheminformatics

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实施生物学模型

我有UML图，其中分析操作和化学反应发生在活细胞的细胞器中。我需要实施它。什么是适合此问题的编程语言？我该如何开始？...

bioinformatics implementation biopython cheminformatics

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根据带有间隙的id替换FASTA序列

我在文件中有2000个Fasta序列，例如：> T1 AQSFDRATVFEARRAGYQRESRVALGKSTGVLEWHVFHVWAPRETTILVETLSQIECSGKGIADRRQENPLTI ------ ATAI--TSQLLELVDIVIMDFKAITQFFL> T484 ...

python bioinformatics biopython fasta

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如何使用Bio.PDB分别从PDB文件中保存每个配体？

我有一个PDB文件列表。我想使用BioPython中的Bio.PDB模块提取所有文件的配体（即杂原子），并将每个配体分别保存到PDB文件中。我尝试了一些...

python biopython protein-database

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我如何消除Fasta文件中的重复序列

我希望您一切都好，请问我在尝试使用公开的所有序列建立数据库细菌种类，以使用...

bioinformatics biopython biological-neural-network

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如何遍历两个不同大小的数组并在python中对每个数组执行不同的操作

我正在尝试在python 3.7中实现Gillespie算法。我有两个数组：popul_num = np.array（[100，200，0，0]）和LHS = np.array（[[1,1,0,0]，[0,0,1,0]，[ 0,0,1,0]]]）在第一个数组中...

python arrays numpy scipy biopython

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