biopython 相关问题

Biopython是一套免费提供的用Python编写的生物计算工具。请仅将此标记用于与Biopython工具套件相关的问题。

在具有dna序列的字典中查找重复次数最多的子字符串

子字符串必须包含6个字符。我叫gettig的数字比应该的小。首先，我编写了从文件中获取序列的代码，然后将其放入字典中，然后编写了3 ...

python biopython

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在FASTA文件中的多个序列中在读取帧2中找到最长的ORF（开放读取帧）

我已经看到了有关该领域问题的一些问题，但是尽管试图理解Biopython方法很多小时，但还是无法将其用于我的问题。我可以用逻辑做到这一点，但我相信这是...

bioinformatics biopython fasta

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Python（Selenium）从HHPRED中选择一个下拉列表

我正在尝试从HHPRED网站选择下拉菜单项。（URL：https://toolkit.tuebingen.mpg.de/tools/hhpred），我一直碰到“找不到对象”或“对象无法点击/ ...] >>

python selenium biopython

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Python NCBIWWW（悬吊负载）

python bioinformatics freeze biopython ncbi

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以找到蛋白质序列中已识别模式的位置

我正在尝试编写代码以查找蛋白质序列中的模式，然后找到所识别模式的位置（开始和结束）。对于确定的模式，当我使用...

python bioinformatics biopython

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Python找到最长的ORF

有人可以给我展示一个简单的解决方案，以解决如何计算DNA序列中最长30bp的最长开放阅读框（ORF）吗？ ATG是起始密码子（即ORF的开头），并且...

python bioinformatics biopython fasta dna-sequence

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Jupyter Notebook io.StringIO作为输出

输入Blast_aa_mc = qblast（“ blastp”，“ nr”，aa_mc [2]）Blast_aa_mc输出 _io.StringIO是什么？这是什么意思？我期望的是某种字符串...

python jupyter-notebook bioinformatics biopython stringio

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如何使用python从pdb文件中仅选择具有杂原子的RNA？

我正在尝试从复杂蛋白质/ RNA PDB文件中的蛋白质中分离RNA，我希望所有的RNA信息中的杂原子位于碱基之间，但没有H20等。总之，我想要pdb文件的RNA部分...

python bioinformatics biopython protein-database

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[我在安装BioPython时遇到错误，模块无法打开

我遵循开发人员提供的安装说明，并如下安装了biopython：python3.5 -m pip install biopython我遇到以下错误（请参见下面的消息），我...

python python-3.5 biopython

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制作存在/不存在矩阵（y轴为文件名，x轴为文件读取）

我有多个具有多个序列读取的文件（文件名）（每个文件的读取名都以>开头）：Filename1> Readname1> Readname2 Filename2> Readname1> Readname3 ...

python bash bioinformatics biopython

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如何使用Python根据日期和术语从Pubmed检索信息？

[您能告诉我如何从PubMed中获得5篇最新文章，其中包含单词“ obsity”，并使用Python返回每篇论文的作者，标题，日期，doi和PubMed PMID吗？谢谢...

python biopython pubmed

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使用Biopython解析psiblast输出

我只是在命令行上运行psiblast，并将结果保存在my_output.xml中。我现在正在尝试使用Biopython解析xml文件，以便可以遍历每个psiblast中生成的结果...

python biopython

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使用BioPython，如何为给定的一对搜索词而不是多行以一行（逗号分隔）打印DOI引用？

首先是StackOverflow的人们，感谢您的耐心等待。我了解这是我在该主题上的第三个话题，但是由于一无所获，我什至不知道从哪里开始（我不知道...

python python-3.x web-scraping biopython

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如何从FASTA格式确定模式生物

所以我有这种fasta格式：例如> sp | A9X7L0 | ANMT_RUTGR邻氨基苯甲酸酯N-甲基转移酶OS =毛果芸香牛OX = 37565 PE = 1 SV = 1 MGSLSESHTQYKHGVEVEEDEEESYSRAMQLSMAIVLPMATQSAIQLGVFEIIAKAPGGR ...

sequence bioinformatics biopython fasta

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尽管使用Biopython：NameError：即使先前已定义名称'pubmed_id'，也未定义？

所以我试图从NCBI检索一些数据。我以前编写的代码是由经验更丰富的程序员重写的，但是它没有以我想要的格式返回结果，因此我将...

python python-3.x web-scraping bioinformatics biopython

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Biopython给出ValueError：即使序列长度相同，序列也必须都具有相同的长度

首先，请阅读对How to make good reproducible pandas examples的回答。将来请提供minimal reproducibl example。

python dataframe biopython phylogeny

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如何从其他文件写入fastq文件

我被要求从两个文件中读取（左右读取）Aip02.R1.fastq和Aip02.R2.fastq，并使用zip函数获取交错的fasta文件。左右文件是fastq文件，但是当...

python-3.x sequence bioinformatics biopython

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遍历以R为基础的.txt文件中的多个子字符串

我的任务是使用base R（无软件包）计算FASTA文件的GC内容。我的问题是我不知道如何在存储...

r bioinformatics biopython fasta

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计算用于对齐的共同信息时出现错误[关闭]

python arrays list biopython

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将行列表拆分为2d数组

我在一个看起来像这样的列表中有一组序列：[agghd，gjg，tomt]如何分割它，以便我的输出看起来像下面的样子：[[a，g，g，h，d]，[g ，j，g]，[t，o，m，t]]我已经完成了以下工作...

python arrays list split biopython

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