biopython 相关问题

Biopython是一套免费提供的用Python编写的生物计算工具。请仅将此标记用于与Biopython工具套件相关的问题。

你好，我有一个序列，例如：record_dict = SeqIO.to_dict（SeqIO.parse（“ sequence.fasta”，“ fasta”））> sequence1 AAACCCGGGTTTAAACCCGGGGGTGTGGGTTTGGG，从这个序列中我知道如何选择...

python biopython

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来自BioPython的Align.PairwiseAligner（）的MemoryError

我正在尝试编写一个Python3脚本，该脚本执行两个序列的全局比对，序列的长度分别为〜10 kb和11 kb。两者彼此非常相似。（我正在尝试找出它们的几个点...

python out-of-memory bioinformatics biopython sequence-alignment

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我如何制作更有效的代码来搜索大熊猫列中的多个字符串

我是在生物实验室工作的自学成才的程序员（基本基础上只有一节课）。我有一个脚本处理来自两种不同细胞类型的RNAseq数据，如果在另一个...

python pandas bioinformatics biopython

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Biopython：是否可以从PDB文件中提取特定链的氨基酸序列？

我想从一堆PDB文件中提取特定链的单字母氨基酸序列。我可以使用SeqIO.parse（）来做到这一点，但在我看来，这感觉很不合常规：...

python bioinformatics biopython

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如何在Windows7上安装Biopython？

我收到错误：pip install biopython SyntaxError：无效的语法

installation windows-7 bioinformatics biopython

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参考资料，学习如何使用Bash和/或Biopython管理表格数据（来自BLAST + 6格式）

我正在运行BLAST，并希望使用BLAST + 6格式处理输出。例如，我想获取每个匹配的E值，查询覆盖率和身份，然后将其插入...

python bash tabular biopython blast

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如何识别重复项并分配新的ID？

我有一份要订购的DNA寡核苷酸列表，这些寡核苷酸具有重复序列。但是，我需要将它们与标识符搭配使用，以用于它们的质粒。换句话说，我需要这个...

python pandas biopython

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我如何使用Biopython查找蛋白质的核苷酸序列？

我有一些蛋白质，我希望找到它们的相应核苷酸序列。我也有发现蛋白质的基因组。在基因组中，我发现了...

python bioinformatics biopython ncbi rentrez

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Biopython，如何仅打印序列文本？

我想在csv中放入序列列表，但是所有内容都以“ seq（'DNA sequence'）”的形式返回。如何仅打印NT序列。引物= [Seq（“ CCGCGTTACATAGCATCGTACGCGTACG”），Seq（“ ...

python bioinformatics biopython

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'具有字母注释的序列的'位置感知'比对

我们有2个DNA序列（字符串）：> 1 ATGCAT 135198> 2 ATCAT预期输出：首先，我们需要对齐这2个字符串，然后按索引获取相关注释：ATGCAT AT-CAT 13-198第一部分...

python r bioinformatics biopython bioconductor

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是否有在Biopython中使用PhyML和智能模型选择的方法？

现在，我正在寻找在Biopython中结合使用PhyML和智能模型选择的方法。根据PhyML的官方文献（SMS：PhyML中的智能模型选择：https：//academic.oup.com/mbe/article / ...

python biopython

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具有相同标识符的合拢行[closed]

python r bioinformatics biopython bioconductor

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如何解决没有名为“ src.alphabet”的模块错误？

当我写这行代码时：从src.alphabets导入Uniprot21我遇到了问题：没有名为src.alphabet的模块，我该如何解决？我使用python 3.7

python bioinformatics biopython

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BioPython KeyError

我是INTRO数据科学课程的MPH学生，并且具有编程的初学者知识。我正在运行Python 3.7.4（默认，2019年8月9日，18:34:13）[MSC v.1915 64位（AMD64）] :: Anaconda，...

python biopython pubmed

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Biopython：如何下载NCBI中的所有肽序列（或与特定术语相关的所有记录）？

我想以fasta格式下载NCBI蛋白质数据库中的所有肽序列（即>和肽名称，后接肽序列），我看到有一个MESH术语描述了什么……]]

biopython

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使用bioentrez提取从Pubmed ID公开发布的文章标题

[我正在尝试使用Pubmed ID（我在名为'ids'的列表中拥有）来提取存放在Pubmed中的某些文章的标题。大约有65万个Pubmed ID。该代码似乎可以正常工作，并且不能...

biopython

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如何有效地读取大型XML文件并创建自定义对象？（Biopython SeqIO）

我正在编写一个程序，该程序从UniProt提取一个充满蛋白质序列的大型XML文件，并对它们进行分析。我已经有一个工作版本，但是是用于较小的文件。我现在需要加载...

python python-3.x biopython

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如何修剪或填充序列以达到一定长度bio python

最简单的方法是修剪或填充一组biopython fastfa文件，直到它们都具有一定长度，以便可以将它们添加到多序列比对中？ BioPython AlignIO ValueError说...

python bioinformatics biopython

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如何使用fasta文件而不是biopython中的蛋白质序列字符串创建多个序列比对

我希望能够使用与脚本相同的目录中下载的文件编写多个序列比对。但是，在《 Biopython Cookbook》中，显示此内容的唯一方法是通过编写...

python bioinformatics biopython fasta sequence-alignment

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如何使用fastfa文件而不是biopython中的蛋白质序列字符串创建多个序列比对

我希望能够使用与脚本相同的目录中下载的文件编写多个序列比对。但是，在《 Biopython Cookbook》中，显示此内容的唯一方法是通过编写...

python bioinformatics biopython

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