biopython 相关问题

您好，我有一个Fasta文件，例如：> sequence1_CP [seq病毒] MQCKSGTNNVFTAIKYTTNNNIIYKSENNDNIIFTKNIFNVVTTKDAFIFSKNRGIMNL DITKKFDYHEHRPKLCVFKIINTQYVNSPEKMIDAWPTMDIVALITE> sequence2 [[病毒]

bash biopython fasta

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将杂原子添加到pdb文件中

我正在使用Biopython对pdb文件执行各种操作。随后，我想向Biopython生成的Biopython结构对象中添加一些新原子。有没有好的/推荐的...

bioinformatics biopython pymol

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读取用户输入的.fasta文件并使用Biopython进行解析？

我正在尝试创建一个python脚本，用户可以在其中键入自己的FASTA文件，然后将使用Biopython对该文件进行解析。我正在努力使它起作用。到目前为止，我的脚本是...

python bioinformatics biopython fasta

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ModuleNotFoundError：没有名为'Bio'的模块

我有一个从Bio导入Entrez导入Bio：的代码，但是这部分是红色的，并且在我运行代码时失败，这是我在运行它时遇到的错误：ModuleNotFoundError：没有名为'...的模块>

python-import bioinformatics python-3.7 biopython

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从PDB获取所有边界长度

我想从PDB文件中获取所有边界长度。我尝试了Bio.PDB，但我不了解NeighborSearch类及其方法：Bio.PDB import *的search（）和search_all（）import * import numpy as np ...

python biopython pdb-files

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如何通过标签从基因库文件中提取特征？

我正在尝试解析genbank文件以查找特定功能。如果我知道要素类型（例如repeat_region），则可以将其拔出-例如，如果我正在寻找该要素：repeat_region 5623..5756 ...

feature-extraction biopython genbank

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Entrez eFetch登录号

python bioinformatics biopython ncbi

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ImportError：没有名为BIO的模块

我在编程方面非常陌生，在Python中也是如此。随后，我遇到了一个我不知道如何解决的问题。我正在使用设计用于BioPython的脚本的Mac OS。我认为经过...

macos importerror biopython

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更换所有信件的实例在FASTA比文件的列

我写一个脚本，可以取代所有的氨基酸残基的实例在FASTA对准文件的列。使用AlignIO，我只是可以读取校准文件，并提取信息...

python bioinformatics biopython fasta sequence-alignment

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从FASTA文件中提取的基因序列？

我有以下代码读出与10个基因序列的FASTA文件，并返回每个序列的矩阵。然而，代码似乎缺少在最后序列，我不知道为什么？文件= ...

python bioinformatics biopython fasta

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Biopython中成对爆炸的问题

我尝试在python脚本中使用biopython blast工具在两个序列之间运行成对爆炸。通过添加参数db ='来运行针对本地数据库的爆炸没有问题...

python bioinformatics biopython blast

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利用biopython NcbitblastnCommandline提取非同义替换

我正在尝试使用NcbitblastnCommandline对核苷酸序列进行蛋白质查询，然后报告命中。该程序运行没有错误。但是，在结果中，我的查询序列......

python bioinformatics biopython blast

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使用Bio.Entrez模块从GenBank检索数据

我正在尝试解决Rosalind的一个挑战，我似乎无法找到在特定时间范围内检索数据的方法。 http://rosalind.info/problems/gbk/我/如何修改Entrez ....

python bioinformatics biopython

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Biopython Genbank.Record：试图理解源代码

我正在编写一个csv阅读器来生成Genbank文件以捕获带有序列的注释。首先，我使用了Bio.SeqRecord并获得了正确格式化的输出，但SeqRecord类缺少字段，我...

biopython genbank

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