biopython 相关问题

Biopython是一套免费提供的用Python编写的生物计算工具。请仅将此标记用于与Biopython工具套件相关的问题。

直接在for循环中调用SeqIO.parse（），但事先单独使用它不行吗？为什么？

在python这个代码，我直接调用函数SeqIO.parse（），运行正常：从Bio import SeqIO a = SeqIO.parse（“a.fasta”，“fasta”）记录= list（a）for seqIO中的asq .parse（“a.fasta”，“...

python bioinformatics biopython fasta

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当我从网上运行CGI脚本时，为什么python不能找到一些模块？

我不知道这里有什么问题：我有一些来自Biopython的模块，我可以在使用交互式提示或通过命令行执行python脚本时轻松导入。 ......

python cgi bioinformatics biopython

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如何在anaconda中安装biopython？

我在尝试使用以下命令安装biopython时遇到SyntaxError：无效语法。 conda install -c anaconda biopython你能帮我在anaconda（3）安装biopython吗？

python syntax anaconda biopython

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Entrez（biopython）：如何将术语搜索限制为特定期刊？（搜索PubMed）

我想获取特定期刊中与特定术语/主题相关的所有文章。我试图通过PubMed使用Biopython中包含的Entrez包来实现。 ......

python biopython pubmed

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如何使用Biopython中的SeqIO打印前几条记录

我有一个有几百条记录的fasta文件，但我正在尝试返回一个只包含前20条记录的表（记录描述，AA长度和名称）。我的代码没有用，我会...

python bioinformatics biopython enumerate fasta

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使用python的子串multifasta文件

我试图从位置2到8的multifasta文件中提取序列（microRNA的种子）。为此，我编写了一个小的python脚本。该脚本有效，但我无法编写输出文件....

python substring bioinformatics biopython fasta

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迭代一系列GenBank基因并将每个基因的特征附加到列表中仅返回最后一个基因

我的代码有问题。我正在尝试使用BioPython迭代genbank文件的基因列表。这是它的样子：class genBank：gbProtId = str（）gbStart = int（）...

python list bioinformatics biopython genbank

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使用biopython从NCBI获取基因组

Python newby在这里。我想使用BioPython软件包Entrez和SeqIO下载基因组的基因组序列（NC_007779.1）。到目前为止，我有这个代码：来自Bio import SeqIO的Bio import Entrez ...

python bioinformatics biopython genome

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urllib2.HTTPError Python

我有一个带GI编号的文件，想从ncbi获得FASTA序列。来自Bio import Entrez的进口时间Entrez.email =“[email protected]”f = open（“C：\\ bioinformatics \\ gilist.txt”）...

python urllib2 biopython ncbi

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在anaconda的biopython，而不是jupyter笔记本

我正在尝试在Jupyter Notebook，Anaconda，Ubuntu 16.04中安装biopython。我按照biopython网站上的程序运行，它在python上运行。 Python 3.6.8 | Anaconda，Inc。| （默认，2018年12月30日，......

python jupyter-notebook biopython

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Bio.Motifs抛出KeyError'd'

我正在使用Biopython处理一些NGS数据。但是当我在Biopython中使用motif模块时，我遇到了一个奇怪的问题。这是代码。 frame = pd.DataFrame（{'Spacer'：seqs1.values（）}，index = seqs.keys（））...

python bioinformatics biopython

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在biopython中仅显示dna对齐得分

我有DNA序列数据。例如，X =“ACGGGT”Y =“ACGGT”我想知道对齐分数，因此我使用了biopython pairwise2函数。例如，来自Bio.pairwise2的Bio import pairwise2 ......

python bioinformatics biopython dna-sequence pairwise

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Biopython：DNA序列之间的局部比对没有找到最佳比对

我正在编写代码来查找两个序列之间的局部比对。这是我一直在努力的一个最小的工作示例：来自Bio.pairwise2的Bio import pairwise2 import format_alignment seq1 =“...

alignment local biopython dna-sequence sequence-alignment

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如何在python / biopython中对本地数据库进行本地查询？

首先，我想说清楚我是编程的超级初学者。我有2个zip文件（每个包含一个数据库）和4个fasta文件（三个包含每个蛋白质序列和一个...

python biopython blast jquery-ui-selectmenu

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如何使用Efetch下载_full_ RefSeq记录？

我从Nucleotide db下载完整记录时遇到问题。我使用：来自Bio import Serez的Bio import Entrez和Entrez.efetch（db =“nuccore”，rettype =“gb”，retmode =“full”，id =“NC_007384”）为......

biopython ncbi genbank

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报告与pairwise2的最佳对齐

我有一个fastq的读取文件，比如“reads.fastq”。我想将sequnces与保存为fasta文件ref.faa的字符串对齐。我在Bio.SeqIO中使用以下代码来读取read_array = [] for ....

python biopython

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如何在iPython笔记本中调用用argparse编写的模块

我试图将BioPython序列传递给Ilya Stepanov在iPython笔记本环境中实现Ukkonen的后缀树算法。我在argparse组件上遇到了绊脚石。我有 ...

python ipython bioinformatics biopython suffix-tree

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将FASTA转换为GenBank

有没有办法使用BioPython将FASTA文件转换为Genbank格式？关于如何从Genbank转换为FASTA的答案有很多，但不是相反。

biopython fasta genbank

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限制Biopython NCBIWWW搜索中的命中数

我正在努力尝试自动化一些BLAST搜索。我只需要从BLAST结果中获取前三个结果，但是参数hitlist_size似乎并没有限制我的搜索...

python biopython ncbi

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如何使用EPOST而不是在biopython中使用ESEARCH？

我有一些基因ID：id_list = [“19304878”，“18606172”，“16403221”，“16377612”，“14871861”，“14630660”]我如何使用EPOST和ESEARCH来获取这些基因的核苷酸序列在......

python bioinformatics biopython ncbi

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