fasta 相关问题

我有一个像这样的fasta文件： >IGHV6-22_F GTTTGAATGGCCAGGC... >IGHV1-21_F GTGCAGATGGTCAGAC... >IGHV3-20_F GTGTGAAGGGTGAACA... >IGHV3-18_F 还有一个像这样的 tsv 文件： df.allVHitsWith...

r csv row fasta

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从文件中查找正确的行并使用它们创建新文件

我正在使用 Bash（对我来说非常陌生）。我有2个源文件。其中之一（名称：clusters.txt）如下所示：集群 10：WP_1.2 WP_1.1 WP_1.4 ...... 集群 15：WP_2.1 WP_1.4 WP_1.3 ...... 在sh...

r bash bioinformatics fasta

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如何使用 bash 替换多行 FASTA 文件中的特定字符串模式？

我有一个大型多行 FASTA 文件，如下所示： >NWQ47741.1 CLTR1 蛋白，部分 [Melospiza_melodia] 脊椎动物 CLSQGTMTALSPNLSCHNPSIDDFRNSVYSTLYSMISIMGFVGNGVVLYVLIRTYRQKTA

bash awk sed bioinformatics fasta

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将子串按给定比例与fasta格式的序列交换

我有两个非交错 fasta 格式的序列： >序列1 啊啊啊啊啊 >序列2 TTTTTTTTTT 我想按一定比例交换两个序列的部分。比例为0.5（...

bash awk bioinformatics fasta

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替换没有键值对文件的fasta头

尝试以下方法使用bioawk替换没有键值对的fasta标头对于 $(ls *.faa) 中的 infile 做前缀=$(基本名称$infile .faa) bioawk -c fastx '{ print ">&q...

awk bioinformatics fasta

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如何在不仅仅是 fasta 文件中线性化 fasta 序列？

我正在运行 ipcress 进行计算机 PCR，结果如下所示： Ipcres 结果实验：底漆1 底漆：B A 目标：QLOD02000001.1：过滤器（未屏蔽），全基因组鸟枪序列比赛...

awk fasta

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如何查找fasta文件中的序列长度？

我目前正在使用一个 fasta 文件（文本文件），其中包含 DNA 提取序列（重叠群）列表，每个序列都有一个标头，后面跟着几行核苷酸，这是...的核苷酸长度

python list character bioinformatics fasta

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如何计算由另一种行分隔的一组行中的字符？

python list character bioinformatics fasta

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我应该如何在 fasta 文件中实现条件字符串替换？

我有一个很大的fasta文件，每个序列标题中都有各种细菌物种名称，看起来像这样文件.fasta >细菌；放线菌；放线菌；链霉菌；

if-statement awk sed formatting fasta

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使用 R 根据 FASTA 文件中名称的初始段使它们唯一

我的目标是根据 FASTA 文件中名称初始部分的唯一性来排除序列。但是，当我创建并使用下面的代码时遇到了错误。通常是 FASTA 文件

r fasta

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根据序列长度对FASTA文件进行排序

我正在处理鸟类的基因组序列，并且我已经通过 RepeatMasker 运行了该基因组。我想找到每类重复中最长的序列。如何根据

java bash fasta

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使用映射txt文件重命名fasta文件

我希望使用unix中的scaffold_mapping.txt文件重命名我的脚手架，其中.txt文件如下所示： $头scaffold_mapping.txt >#ID_covAvg_fold_length长度 >scaffold_1_c1_cov61.

unix sed rename fasta scaffold

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如何过滤“生产性”氨基酸序列

我有一个具有不同氨基酸序列的fasta文件，例如： >ABC HSTSDSAQTMFPVALLLLAAGSCVKGEQLTQPTSVTVQPGQRLTITCQVSYSLGTYFTAW IRQPAGKGLEWIGMRSTGASYYKDSLKNKFSIDLDTSSKTVTLNGQNVQPEDTAVYYCAR

python r sequence fasta

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通过删除“-”之后的字符串来仅编辑 fasta 标题的第一列

我有一个具有以下标头结构的fasta文件： >Saurogobio_punctatus-NC_080528.1|taxid=1771284|细胞生物，真核生物，后孔动物，后生动物

awk sed fasta

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计数 fasta 文件中的读取次数（循环）

我想使用 awk 计算 fasta 文件的读取次数。 fasta 文件中的读取以“> NAME”开头，后跟一行和“DNA 代码”。就我而言，fasta 文件

shell awk fasta

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