fasta 相关问题

FASTA是用于蛋白质和核酸的序列比对的软件包。 FASTA也是这些程序用来表示肽或核苷酸序列的文件格式的名称。该格式是生物信息学中事实上的标准。

Spark如何读取分布式文件

Fasta 文件是一个多行文件。它的结构就像 >ID_1 ACGTAGCATGC >ID_2 AGCTAGTACATC 因此，为了获取序列，我必须读取 2 行中的 1 行。我有多个大 fasta 文件（每个 f 120Go...

apache-spark fasta

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删除重复序列 fasta 文件时出错 - 标题中的问题

这里是python菜鸟。我正在尝试以 fasta 格式组合一些蛋白质序列，然后删除重复项。我通过搜索找到了这段代码，它工作得很好，但我遇到了一个问题，我......

python duplicates biopython fasta

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txt 文件，在 R 中包含 FASTA 数据

我有一个 .txt 文件，其中包含 FASTA 格式的氨基酸序列（它包括行与行之间的空格）： Protein_A|maker-scaffold10x_349_pilon-augustus-gene-0.9

r dataframe txt fasta

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用不同文件中的索引替换 FASTA 文件中的数值。（首选 Bash）

我有一个充满以下格式（依此类推）的fasta文件的文件夹，其中以>开头的行是DNA序列的读取名称，下一行是序列本身。这个...

bash awk sed fasta character-replacement

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如何使用类似 Python 标头的 fasta 将字符串序列格式化为某个预定长度

我有一个名为 input.txt 的文本文件，如下所示。 A C H E C Q D S S C H C R Q K L E D T S C H L E D V G K M N T Y H C G E G I N N G P N A S C K F M L P C V V A E F E N H T E T D W R C K L ...

python python-3.x string fasta

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创建一个函数，将输入的 fasta 文件名（X7.fasta）和输出的 fasta 文件名（X7_genes.fasta）作为输入，并一次完成所有步骤

您好我整天都在尝试解决这个问题。尽管如此，我正在寻找如何创建一个函数，将一个 fasta 文件作为输入，另一个 fasta 文件作为输出，并且...

python function fasta

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删除 fasta 文件中的单词列表

我有一个这样的fasta文件： solper_LA1333_DN23684_c0_g1_i1.p1>solper_LA1333_DN23684_c0_g1_i4.p1>solper_LA1333_DN23684_c0_g1_i6.p1>solper_LA1333_DN23684_c0_g1_i8.p1

linux filter sequence fasta

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用“类似于”之后的下一个词更改 fasta 标题

（交叉发布到 Biostars：https://www.biostars.org/p/9562110/）我有一个带注释的 fasta 文件，我想在 > 下一个单词“类似于”之后添加到第一个位置 >_Anouracaudifer_000...

python bioinformatics fasta

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有没有办法使用 Python 从 UniProt 中获取蛋白质序列？

我正在寻找一种通过在输入中指定蛋白质 UniProt ID 从 UniProt 检索 FASTA 文件的方法。我的目标是创建一个能够创建 FASTA 文件的 Google Colab，我可以在其中指定...

python google-colaboratory bioinformatics fasta

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使用 PowerShell 为多个 .faa 文件将文件名添加到以“>”开头的字符行

我有 100 个包含蛋白质序列的 FASTA 存储在一个目录中。我需要将它们各自的文件名添加到每个 FASTA 标头中（字符串字符串以“...