fasta 相关问题

FASTA是用于蛋白质和核酸的序列比对的软件包。 FASTA也是这些程序用来表示肽或核苷酸序列的文件格式的名称。该格式是生物信息学中事实上的标准。

基于FASTA字符串中数值比较的分离数据

r fasta

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如何根据带有Bash的数字列表删除文件中的一系列位置

我在Bash脚本中还很陌生，我有一个要解决的问题。我有一个看起来像这样的文件：> atac ATTGGCAATTAAATTCTTTT> lipa ATTACCAAGTAAATTCTTTT。。。每个偶数行都有...

bash fasta

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如何从python的fasta文件中提取标头

我有一个包含序列的fasta文件。我只想提取标题信息并显示它。我是使用python

python file-io fasta

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将标签添加到Fasta序列名称中

我需要帮助。我有一个Fasta文件，例如：> YP_00698.1假定蛋白sp [物种1] MDMQFGYFTRNPSTKYPATLYPREVSCALYEDDNENTSLIPKSRHYHYTIQPPINYKKLTNVDRYKNFRL> YP_0098.1假定...

bash awk sed bioinformatics fasta

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我如何编写脚本来汇总来自多个Fasta文件的信息，而不使用biopython？

我有一个生物信息学课程的作业，该课程要求python脚本对其中包含多个蛋白质序列的FASTA文件执行以下操作：-打开用户指定的.fasta文件...

python fasta

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尝试读取python中的.fasta文件时出错

im试图将.fasta文件作为字典读取，并分别提取标题和序列。文件中有多个标题和序列。下面的例子。标头= CMP12序列= ...

python fasta

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将JSON处理为Fasta，将Python代码转换为Groovy

我有一个配置文件，看起来像这样：{“ codes”：{“ 0004F--0004R”：{“ Forward code Name”：“ 0004F”，“ Forward code Info”：“ xxxyyy4”，“ Rev code Name “：...

python json groovy fasta jsonslurper

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从函数调用C ++程序？

因此，我一般来说对C ++和程序设计还是相当陌生的，我试图弄清楚如何在自己的程序中使用该github程序中的代码。如何编写调用程序的函数...

c++ github bioinformatics fasta

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更换所有信件的实例在FASTA比文件的列

我写一个脚本，可以取代所有的氨基酸残基的实例在FASTA对准文件的列。使用AlignIO，我只是可以读取校准文件，并提取信息...

python bioinformatics biopython fasta sequence-alignment

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从FASTA文件中提取的基因序列？

我有以下代码读出与10个基因序列的FASTA文件，并返回每个序列的矩阵。然而，代码似乎缺少在最后序列，我不知道为什么？文件= ...

python bioinformatics biopython fasta

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使用正则表达式拆分标题和内容

我在文件中有以下序列文本，每个标题以“>”开头，内容行数是随机的> XM_024446048.1预测：智人甘露糖苷酶α类2A成员1（MAN2A1），...

python regex split fasta

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如何使用bash脚本从一个FASTA文件中计算不同蛋白质的氨基酸频率？

我如何编写一个脚本，可以计算不同蛋白质的氨基酸频率，这些文件在一个文件中？例如：Fasta文件是> Protein1 info ATCGGGCTGC> Protein2 info ...

bash shell bioinformatics fasta

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直接在for循环中调用SeqIO.parse（），但事先单独使用它不行吗？为什么？

在python这个代码，我直接调用函数SeqIO.parse（），运行正常：从Bio import SeqIO a = SeqIO.parse（“a.fasta”，“fasta”）记录= list（a）for seqIO中的asq .parse（“a.fasta”，“...

python bioinformatics biopython fasta

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使用sed和grep的脚本会产生意外的输出

我有一个“source.fasta”文件，其中包含以下格式的信息：> TRINITY_DN80_c0_g1_i1 len = 723 path = [700：0-350 1417：351-368 1045：369-722] [-1,700,1417,1045 ，-2] ......

bash awk sed grep fasta

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grep：使用while循环时重复次数无效[duplicate]

所以我使用MacOS命令行并有两个文件文件A.txt ABF文件B.txt> A abcde> B efghi> C jklmn> D opqrs> E tuvwx> F yz123我希望它通过一个while循环.. 。

bash grep fasta

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使用PHP解析fasta文件

我有一个fasta文件input.fa，如下所示：> KJH325_Org_name_strain ANNTTHWQLPMCVREEDFSC> IJA254.1_Org_name HITYYPQLKSSCMART> ASDL658_Org_name_str TTILPQWYERSAASMNCFGHDKLCC等等....

php parsing mysqli fasta

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如何使用Biopython中的SeqIO打印前几条记录

我有一个有几百条记录的fasta文件，但我正在尝试返回一个只包含前20条记录的表（记录描述，AA长度和名称）。我的代码没有用，我会...

python bioinformatics biopython enumerate fasta

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从stringset创建并保存fasta文件[关闭]

我有这个DNA字符串集，但我想创建一个包含此信息的新file.fa。什么是保存这些的有效方法？我试过使用write.fasta但它崩溃了。 genes_seq

r bioinformatics fasta

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将序列列表转换为fasta以获取多个文件

我有成千上万的文件，这是一个序列名列表，后面是序列，每行一个，如下所示：L.abdalai.LJAMM.14363.SanMartindeLosAndes ...

awk bioinformatics fasta

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将fasta序列解析为字典

我需要最简单的解决方案来转换包含多个核苷酸序列的fasta.txt，例如> seq1 TAGATTCTGAGTTATCTCTTGCATTAGCAGGTCATCCTGGTCAAACCGCTACTGTTCCGG ...

python dictionary fasta

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