fasta 相关问题

FASTA是用于蛋白质和核酸的序列比对的软件包。 FASTA也是这些程序用来表示肽或核苷酸序列的文件格式的名称。该格式是生物信息学中事实上的标准。

上周我决定尝试Perl6并开始重新实现我的一个程序。我不得不说，Perl6对于对象编程来说非常简单，这在Perl5中对我来说非常痛苦。我......

performance parsing grammar perl6 fasta

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我有一个带有两个模式的标题的fasta文件，例如> 256_Org1 MAVVIIKDAADDSLARRD> Org2_10005 DSLARRDMAVVIIKDAA我想只保留单词并删除数字。我试着用......

regex awk fasta

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如何从序列中删除'> gi | 2765658 | emb | Z78533.1 | CIZ78533 C.irapeanum 5.8S rRNA基因和ITS1和ITS2 DNA \ n'等ID？我有这个代码：open（'sequence.fasta'，'r'）为f：...

python bioinformatics fasta

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我有基因序列文件，我想改变每个基因的标题。这是输入：> lcl | CP000046.1_cds_AAW37389.1_1 [gene = dnaA] [locus_tag = SACOL0001] [蛋白质=染色体复制...

awk sed fasta

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我在下面有这个perl脚本来计算序列长度及其频率以及核苷酸频率（A，T，G和C）。此脚本适用于具有大量序列的文件，但它...

perl bioinformatics fasta

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我试图使用python在两个单独的文件中找到感兴趣的四行块，然后按受控顺序打印出一些这些行。下面是两个输入文件和一个例子......

python bioinformatics biopython fasta fastq

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我想帮助弄清楚如何在.txt文件中只打印出给定数量的行。我创建了一个带有2个输入参数的函数文件（x，y），第一个'x'是文件，...

python python-3.x bioinformatics biopython fasta

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如何在我对使用python感兴趣的上下文后打印两行。 Example.fastq @ read1 AAAGGCTGTACTTCGTTCCAGTTG +'（''％$'））％**）2 +'。（&&'/ 5- @ read2 CTGAGTTGAGTTAGTGTTGACTC +）（+ - 0 -...

python grep bioinformatics fasta fastq

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我有一个由两行组成的字符序列的文本文件：一个标题，以及下一行中的序列本身。该文件的结构如下：> header1 aaaaaaaaa> header2 ...

bash awk sed fasta

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