gnu-parallel 相关问题

GNU parallel是一个shell工具，用于使用一台或多台计算机并行执行作业。

如何避免使用 GNU Parallel 的 Bash 脚本中的 SIGCHLD 错误

我正在循环运行 script.sh 。该脚本包含一个并行 wget 命令。我收到以下错误：收到信号 SIGCHLD，但未设置信号处理程序。循环看起来像这样：为了...

linux parallel-processing wget gnu-parallel sigchld

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为工作站和 HPC 设置令人尴尬的并行代码的最佳方法

我正在寻找最通用/最简单的方法来运行具有变化的输入的令人尴尬的并行代码。我希望最终的解决方案能够在工作站上运行（没有可用的 PBS），但是...

mpi hpc xargs gnu-parallel

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使用 GNU 并行计算多个文件的总体中位数

我有以下命令：查找 01/ -type f -name '*.csv.gz' |并行“pigz -dc {} | datamash -t，中位数 3” 此命令，对于“01/”目录中找到的每个 .csv.gz 文件，解压缩...

bash median gnu-parallel

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在并行处理中更改$TMPDIR

我在高性能计算系统上运行批处理作业来对对齐的读取进行排序，并使用 GNU 并行来加速我的工作，但我的工作失败了，原因如下：并行：错误：输出为

hpc gnu-parallel slurm

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GNU 并行 - 未找到命令

我正在尝试将 GNU 并行与 SLURM 一起使用来运行具有不同输入参数的同一脚本的多个实例。为此，我通过 SLURM 分配 3 个节点，然后创建几个...

linux bash gnu gnu-parallel

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如何在不传递任何参数的情况下使用 GNU 并行重试功能？

我喜欢这个功能并行-q --重试 5 ./myprogram 但是 GNU 并行似乎不起作用，除非我向它传递一组参数。所以我做了这样的事情序列 1 |并行-q --重试 5 ./

bash gnu-parallel

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如何使用 GNU Parallel 解释 CSV 列中字符串值中的 Shell 变量？

我正在尝试使用 GNU Parallel 根据 CSV 文件中的值执行命令。我的 CSV 文件有多列，每行第 5 列的值是一个看起来像 '${OU...

bash shell gnu-parallel

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命令中插入了重复的 Perl 表达式

这有道理吗？我需要“编辑”插槽以将其转换为 GPU 板号，但如果我使用多个输入，它会将多个 Perl 结果副本放入并行命令中...

gnu-parallel

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并行变量扩展输出到引号内的参数

我正在尝试为程序参数扩展并行内部的变量例如标签=影响力 ls *vcf |并行 -k -v 'bcftools 查询 -f "%$TAG/n"' 应该扩展到哪里 ls *vc...

bash gnu-parallel variable-expansion

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GNU 并行和 Bash 函数：如何运行手册中的简单示例

我正在尝试学习 GNU Parallel，因为我有一个案例，我认为我可以轻松地并行化 bash 函数。因此，在尝试学习的过程中，我查阅了 GNU 并行手册，其中有一个示例......

bash gnu-parallel

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GNU 按索引号并行组合输入参数

我知道 GNU Parallel 在处理所有输入参数组合方面非常出色。然而，我有一个脚本，我想要相反的结果，我有多个数组，我想使用 si 组合它们...

bash unix gnu-parallel

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GNU 并行 --semaphore 在 Ctrl-C 之后卡住并且不释放 --id

我是 GNU 并行的一个相当新的用户，我正在使用 Linux 的 Windows 子系统在以下 bash 脚本中运行 sem（GNU 并行 --semaphore）： #!/bin/bash IFS=, 当读 -r col1 col2 ...

docker gnu-parallel

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gnu parallel 并行化 for 循环

我已经看到了有关此主题的几个问题，但我缺乏将其转化为我的具体问题的能力。我有一个 for 循环，它循环遍历子目录，然后执行 .sh 脚本...

bash ubuntu parallel-processing gnu gnu-parallel

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GNU 并行检测输入文件作为命令？

我正在尝试使用此代码与 GNU 并行运行我的 bash 脚本。并行 -j$CPU_NUM 'mapping_test.sh fakechloroplast.fna {}' :::: test_files.tsv 然而，它一直在读取 test_files.tsv 和呃...

bash parallel-processing gnu-parallel

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使用 GNU parallel 从文件并行运行 curl，并将输出保存到单独的文件中，并使用正在运行的作业编号的名称

我正在尝试使用 curl 在并行 url 中运行，这些 url 在一个文本文件中定义。每个网址都在单独的行上。我需要在每个 o 上调用以下 grep 命令（grep -Ev 'Server:\|Date:\|Content'）...

bash shell curl grep gnu-parallel

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由 GNU parallel 并行运行的 shell 脚本

我读过，如果系统管理员没有安装 GNU Parallel，我很容易通过将 perl 脚本“parallel”复制到我路径中的目录中来安装自己。这个脚本在哪里？我在哪里可以找到这个文件...

linux bash shell gnu gnu-parallel

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Bash 脚本，用于在单独的线程中为多个用户连接到 sftp

有没有人在单独的线程中为多用户创建连接测试 sftp 的脚本？目前我每个线程只使用一个用户 sftp -i /rsa_key user@sftp_url.com

bash parallel-processing sftp gnu gnu-parallel

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为什么 GNU parallel 不使用我用 -j 给它的所有线程

我正在使用 GNU parallel，它正在并行运行作业，但比我告诉它使用 -j 的线程总数要少。我是这样运行的： cat untar_my_folders.jobfile |平行-...

bash parallel-processing gnu-parallel

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将 shell 命令列表传递给 GNU parallel

我有一个 shell 命令列表作为字符串存储在变量 prog 中，目前我通过并行执行它们因为我是 1 10；做评估“${prog[$I]}”& 完毕等待一个人会如何...

shell gnu-parallel

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使用@jit

我想利用@jit 的 numba 自动并行化，以帮助我加速运行我的函数，因为我使用的是非常大的输入，我之前没有并行化的经验，我尝试了 seve ...

python numpy multiprocessing numba gnu-parallel

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