hpc 相关问题

高性能计算（HPC）是指使用超级计算机和计算机集群来解决各种计算密集型问题。

使用papi，PAPI_SP_OPS保持为0

使用c++ 初始化Papi后，我想知道FLOPS，但我发现PAPI_SP_OPS剩余0 执行。时间（毫秒）：53.282 PAPI_FP_OPS：0 PAPI_TOT_CYC：1587...

python c++ hpc papi

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Slurm 批处理脚本保存到变量或追加

我希望能够将我的 slurm 批处理脚本附加到我的错误文件中。我使用 sbatch -J "my_run_name" runscript.slurm 在 HPC 上提交这些内容。 runscript.slurm 的内容总结...

bash slurm hpc sbatch

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HPC 中什么是暂存空间/文件系统

我正在研究 HPC 应用程序和并行文件系统。我遇到了术语暂存空间和暂存文件系统。我无法想象这个暂存空间存在于哪里。是在电脑上吗...

filesystems nfs hpc supercomputers lustre

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通过 OpenCL 加速 intel CORE i7 处理器

假设我有一台没有任何监视器的服务器计算机，并且有一个算法在其上运行（进程）。我可以通过使用 OpenCL 来提高算法的性能吗

opencl cpu intel hpc amd-gpu

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HPC 中的 Conda 环境创建

我刚刚获得了 HPC 用户并想要创建我的环境。但是，当我尝试创建它们时，我收到以下消息： (base) [xxxxx@front ~]$ conda create -n rnaseq -c bioconda -f rnaseq ....

bash conda bioinformatics hpc

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如何在openhpc xcat无盘集群的计算节点安装NRPE？

我有一个小型 xcat 无盘集群，我想在其中的计算节点上安装 NRPE。如何在计算节点所在的管理节点的操作系统映像或 chroot 路径上安装 NRPE

installation hpc nrpe

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如何获取SLURM中分配给当前作业的节点列表？

我有一个软件，需要发送任务的节点的纯文本列表（每个任务一次）。例如，如果我的作业是使用 -n 4 -c 1 启动的，我在 node1 中获得 3 个 CPU，在 nod 中获得 1 个 CPU...

slurm hpc

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为什么奇点容器在登录和 slurm HPC 上的计算节点上的行为不同

为什么我能够在奇点容器中手动运行 R 脚本而不会出现问题，但作为 slurm HPC 上的数组作业，它会在各个级别上失败。这与假设相矛盾......

r parallel-processing slurm hpc singularity-container

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在 SLURM 上运行时发送电子邮件的脚本不起作用

我有一个 bash 脚本，它执行各种每周数据收集任务并生成报告，然后将其回显到要发送的电子邮件中。我已经在 Linux 终端中手动运行了脚本...

linux slurm hpc sbatch

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在运行 Red Hat Enterprise Linux Server 7 的高性能计算 (HPC) 集群上的 Python 虚拟环境中安装 numpy 时出错

说明：我在尝试在运行 Red Hat Enterprise Linux S 的高性能计算 (HPC) 集群上的 Python 虚拟环境中安装 numpy 包时遇到问题...

python linux package anaconda hpc

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无法使用 sbcast 将文件从 master 复制到计算节点

我有一个由 6 个计算节点和 1 个主节点组成的集群，用于学术研究目的。我正在尝试测试我的集群并确保它们可以完成提交的各种批处理作业。我...

slurm hpc sbatch rhel9

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如何获取max_array_size？

我正在尝试将大型作业数组提交到集群。 qsub 请求失败，并出现错误作业数组请求错误。我想这是因为我的工作数组太大了。我怎样才能读取最大允许...

hpc pbs qsub torque

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在 slurm 中跨节点分发 python 代码

我有一个计算成本高昂的模拟函数，我希望将其分布到多节点集群上。代码看起来像这样：输入任务 = [输入_0、输入_1、...、输入_n] 为...

python partitioning distributed-computing slurm hpc

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我应该如何为特定 GPU 修改 GCC 运行时编译器选项

使用 GCC 编译器和 OpenMP 编程，我现在正在开发一个将数据卸载到 Nvidia GPU 的项目。我需要一些帮助来解决问题。默认设置使用虚拟 GPU t...

gcc gpu openmp hpc ptxas

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Snakemake 包装器在没有互联网的情况下无法在 SLURM 集群计算节点上工作

我正在尝试在 SLURM 集群上的管道中使用包装器，其中计算节点无法访问互联网。我首先使用 --conda-create-envs-only 运行了管道，然后更改了

bioinformatics slurm snakemake hpc

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如何在没有互联网的情况下在 SLURM 集群计算节点上使用 Snakemake 包装器？

我正在尝试在 SLURM 集群上的管道中使用包装器，其中计算节点无法访问互联网。我首先使用 --conda-create-envs-only 运行了管道，然后更改了

bioinformatics slurm snakemake hpc

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如何在没有互联网的情况下在 SLURM 集群计算节点上使用 Snakemake 包装器？

我正在尝试在 SLURM 集群上的管道中使用包装器，其中计算节点无法访问互联网。我首先使用 --conda-create-envs-only 运行了管道，然后更改了

bioinformatics slurm snakemake hpc

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slurm：优先考虑需要较少系统资源的作业

如何为需要较少系统资源的 Slurm 作业提供高优先级？假设系统资源仅基于 CPU 和内存使用情况。我查看了 Slurm 文档并提出问题......

slurm hpc

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如何追溯MPI集体例程的个体点对点事件？

MPI Collective 例程是使用 p2p 例程实现的。我试图找出哪些 p2p 事件（在发送者、接收者、消息大小方面）构成了集体例程。换句话说，我想...

mpi cluster-computing hpc mpich intel-mpi

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如何在 SLURM 上正确设置 Snakemake？

管理员暂时阻止了我，因为我的作业正在登录节点上运行。我不确定我是否正在设置 SLURM 配置文件并正确调用 Snakemake，因为我遇到了一些问题......

slurm snakemake hpc

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