igraph 相关问题

igraph是一个免费的软件包,用于创建和操作大型无向和有向图。它是用C语言编写的,但是具有与R,Python或Ruby等高级语言的接口。

在给定约束下有效枚举所有可能的矩阵

背景 假设我们有一个大小为 n×n 的矩阵族 Ms,它应满足以下要求: 矩阵的条目要么是 0 要么 1,即布尔值,但对角线条目都是...

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如何将“顶点序列”列表转换为向量

我在 R 中使用 Igraph 包,当我通过 V(graph) 访问顶点名称列表时,我得到以下结果: 顶点序列: [1]“d66cp96igcdnt25brjeics9d11”“

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高斯无向图可视化

有人可以帮我基于huge()函数输出可视化高斯无向图吗?我更喜欢 igraph 库或 ggplot2 库(如果可能的话)。 另外,有没有一些...

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如何在python中使用igraph获取Edge的id

我有一个 Edge 类的实例,但我找不到任何表示该对象 id 的属性或方法。奇怪的是我可以在 __str__ 方法的输出中看到 id: g = Gr...

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根据系统发育信息构建圆形树状图

我想构建一个“经典”圆形树状图,例如这篇文章的答案中显示的那些https://biology.stackexchange.com/questions/14152/how-should-i-put-a-大-

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为直接和间接连接的值创建组索引

我想生成索引来根据两列对观察结果进行分组。但我希望小组的观察结果能够共享至少一个共同的观察结果。 在下面的数据中,我想要

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可视化网络或路径类型图表中的关系

我有数据显示以下关系 暴露->中间体->结果 我的目标是通过如下图可视化这些数据。我现在只有一次曝光(

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使用 R (NetworkD3) 中的 ForceNetwork 通过相关性对边缘进行着色?

我使用 igraph_to_networkD3() 转换了我的 igraph 对象,以便能够使用 forceNetwork 进行绘图。然而,我的 V3 列中有 -1 和 1 表示与我的 igraph 的负相关和正相关......

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ggraph/igraph 显示不正确的标签和层次结构

ggraph/igraph,下图中的结果不正确: 1)DE的量是4.5,但是子圈是8.8和9(正确的量应该是“DE cat_a 3.0,DE cat_b 1.5”) 那里...

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没有针对 python igraph `Vertex` 类的智能感知或建议

我注意到在处理我的项目时 igraph.Vertex 类没有任何智能感知。一开始我不介意,但现在我在某些地方使用得更多了,这变得很烦人……

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R:多重网络中的颜色属性

我有以下定向社交网络的假数据框。 from 中的每个节点都属于特定的集群(A、B、C、D、E)。 图书馆(igraph) 图书馆(ggplot2) 图书馆(GGally) 图书馆(整洁...

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从最短路径计算sfnetworks R

我有一个网络,以及网络中的一个焦点节点。我已经计算出从该节点到所有其他节点的最短路径,并且我正在尝试弄清楚如何制作原始 n 的子图...

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如何在无向图中使用 R 编程语言找到从每个节点到任何其他特定节点的最短路径?

给定一个R数据帧中无向和未加权边的列表(称为edges_df,其中数据帧的每一行包含id、start_x、end_x、start_y、end_y);我如何找到最短路径...

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如何将随机 network.list 转换为 igraph 对象?

我有一个 nework.list 对象,我想计算 network.list 中每个单独网络的网络摘要。 因为我无法直接从网络列表中获取它们,所以我正在尝试...

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地图中的彩色多边形,使相邻的多边形具有不同的颜色

我制作了如下地图: 图书馆(sf) 图书馆(单张) 库(leafgl) 库(颜色值) 图书馆(传单.extras) 数控<- st_read(system.file("gpkg/nc.gpkg", package="sf"),

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R:着色地理地图

我正在使用 R 编程语言。 我制作了以下地图: 图书馆(sf) 图书馆(单张) 库(leafgl) 库(颜色值) 图书馆(传单.extras) 数控<- st_read(system.file(&q...

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获取图中某个属性的值,属性名保存在变量中

我想创建几个函数,其中使用 R igraph 包创建的图形的顶点属性包含在一个变量中 图书馆(igraph) 图<- make_graph( ~ A-B-C-D-A, E-A:...

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ggraph/igraph 无法识别数字边缘属性

我正在尝试使用 igraph (1.3.2) & ggraph (2.0.5) 来可视化边缘美学由数值调制的网络。我认为这是一件很常见的事情,但我已经

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通过对来自/到两个节点的收缩边权重求和来收缩边列表的数据帧

我有一个数据框 df,其中包含两对节点之间的边权重数据: 自由<- data.frame(c("A","A","B","B","C","C"), c(&q...

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汇总节点表

我有如下表格: x<- data.frame( old = c("start1", "start2", "start3", "start4", "inter1", "inter2", "inter3&q...

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