imagej 相关问题

ImageJ是一个基于Java的开源图像处理程序，广泛用于科学图像分析，特别是生命科学。请考虑在Image.sc论坛上询问ImageJ特定的问题：https：//forum.image.sc/tags/imagej。此标记应用于有关ImageJ中/的编程问题。

如何将生成的热图导出为R中的8位/ 16位tiff图像以在ImageJ / Fiji中进行分析？

我有一个带有数值的矩阵。我能够在热图中使用heatmap.2转换这些值。 heatmap.2（as.matrix（mtcars），Rowv = FALSE，Colv = FALSE，density.info =“ none”，trace =“ none”，...

r rstudio heatmap imagej

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Java中的matlab bwmorph（img，'thin'）实现出错

我正在用Java ImageJ实现matlab的'bwmorph（img，'thin'）'算法。我在网上搜索了很多东西，发现一些类似的实现效果更好，但我找不到...

java matlab image-processing imagej

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如何在IJ-OpenCV库中将图像转换为CV_32F类型

我用OpenCV库编写了一个过滤器，并希望将其作为插件安装到斐济应用中。因此，由于这个原因，我将OpenCV代码转换为IJ-OpenCV。我已导入org.bytedeco.javacpp ....

java opencv image-processing computer-vision imagej

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在jython脚本中运行Fiji的BackgroundSubtracter

我正在尝试创建Imagej / Fiji脚本来分析显微图像。作为管道的一部分，我想使用斐济提供的滚动球BackgroundSubtracter。根据Imagej API，...

jython imagej background-subtraction fiji

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如何在ImageJ中用exec命令运行cmd命令并在外部cmd窗口中显示打印输出/进度（不是无头的）

我想从imageJ宏（IJM语言）启动R片段，并使用exec命令执行此操作。 exec（path_to_R path_to_script）;该脚本需要很长时间才能运行，我想监视...

windows cmd imagej

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如何防止在编译jar插件时出错

[当我尝试在斐济（ImageJ）中运行一个名为MicrobeJ的插件时，不断出现此错误”线程“ Thread-8”中的异常java.lang.NoSuchMethodError：org.jfree.chart.plot.XYPlot.setAxisOffset（Lorg /。 ..

javascript java image imagej fiji

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您如何使用ImageJ测量细胞的柱状度？

所以，我有一个.czi文件，它是一些单元格的图像。它有几个z堆栈。我想做的就是测量它们的列度，即，我希望能够“转换”该图像，以便代替...

imagej

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为什么我的for循环不增加增量？

我正在imagej中编写宏以对文件夹中的照片进行批量分析。当我运行宏时，代码似乎只运行一次，而没有移动到下一个文件。我认为这是一个问题...

loops for-loop imagej

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ImageJ / Fiji更改默认颜色图

是否可以更改ImageJ / Fiji中的默认色彩图？也许这太明显了，但我没有在选择中发现它。还是有一种方法可以在打开图像后自动运行脚本...

imagej colormap fiji

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使用jython的imageJ插件：如何在脚本中调用它？

我想用Jython分析ImageJ上的图像，但是我不知道如何调用现有插件并从脚本中运行它。你有想法吗？谢谢。

plugins jython imagej

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ImageJ TIFF导入图像尺寸？

我有一堆使用幻灯片扫描仪（滨松）自动扫描的幻灯片，可以从NDPview软件以不同的放大率导出这些幻灯片。到目前为止，我一直在放大到...

imagej fiji

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ImgeJ TIF导入图像尺寸？

我有一堆使用幻灯片扫描仪（滨松）自动扫描的幻灯片，可以从NDPview软件以不同的放大率导出这些幻灯片。到目前为止，我一直在放大到...

imagej fiji

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ImageJ中的原始测量是什么意思>

我无法理解imageJ中的原始测量。它输出的数字多达300,000，但像素强度仅在0-255的范围内测量。为什么这个比例这么大...

pixel imagej

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ImageJ宏，用于自动打开堆栈，然后进行处理并另存为tif在新目录中

我正在编写我的第一个ImageJ宏脚本。现在，我有一个工作脚本，该脚本可以在一个目录中打开文件，从文件中删除前24个切片，然后将文件另存为tif文件。...

imagej

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旋转后如何获得尺寸和比例正确的边界框？

[我正在ImageJ中编写一个插件，并且对边界框有一个问题：我想旋转（双线性插值）具有变换矩阵的矩形图像，并将其放在新的更大的...

java image-processing imagej

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斐济的批量处理宏无法正常工作

我有一个超级堆栈，其中每个时间帧都有2个时间帧和13个z投影。从菜单中，选择“处理”，“批处理”，然后选择“宏”。在输入中，选择输入文件夹，然后确定...

image-processing imagej fiji

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for循环中的操作仅适用于imageJ中的最后一个文件

我有一个要从其中减去背景文件的图像文件夹。我将背景文件存储在另一个文件夹中。我在下面编写了宏，但它仅对最后一个文件起作用：...

image-processing imagej

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ImageJ-为什么在更改直方图分类时最大，最小值会发生变化？

我正在使用ImageJ查看DICOM图像的直方图。当我第一次显示直方图时，我看到最小值= -719，最大值= 1402。但是，当我按Alt + H键将Bins更改为100。Max，Min值更改为0＆...

java histogram imagej

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无法识别的命令：“ LoG 3D” —在IMAGEJ宏语言中

我正在尝试使用ImageJ的宏语言编写代码，以使手动图像分析工作自动化。我找到了另一个网站来解决这个问题。然后，我最近下载了...

imagej imagej-macro

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MIJ：执行imageJ（Fiji）宏，直到在Matlab中结束

我正在使用MIJ在Matlab中执行ImageJ宏。该宏必须在“ for”循环中执行多次。问题是Matlab不等到宏结束。最初我解决了...

matlab imagej imagej-macro

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