mcmc 相关问题

马尔可夫链蒙特卡罗(MCMC)方法是一类基于构造马尔可夫链的概率分布抽样算法,该马尔可夫链具有所需的分布作为其均衡分布。然后将多个步骤之后的链状态用作所需分布的样品

Gibbs采样器无法收敛

我一直在尝试了解Gibbs采样。最近,我看了一段很有意义的视频。 https://www.youtube.com/watch?v=a_08GKWHFWo作者使用Gibbs采样来......>

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如何对R上的COVID进行MCMC推断

我想为R上的COVID大流行建立标准的SEIR模型。我有很多病例,死亡病例和日常病例(发病率)。我想采用贝叶斯框架进行校准和预测...

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在MCMCglmm中使用predict()

我担心以前已经解决了这个问题,但是广泛的搜索并未显示出我正在寻找的答案。我在MCMCglmm中运行随机斜率模型,其中我有一个个人-...

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贝叶斯统计中模拟与估计之间的区别是什么?

[有人可以帮助我理解模拟和估计不同的贝叶斯统计方法(如MCMC或都市喧闹等)之间的区别吗?>

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Markov Chain蒙特卡洛积分和无限while循环

我正在用大都会和巴克的α来实现马尔可夫链蒙特卡罗,以进行数值积分。我创建了一个名为MCMCIntegrator()的类。 __init __()方法下面是g(x)...

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无法复制Vehtari论文的rstan ess代码

[我正在尝试使用Vehtari等人的方法在“秩归一化,折叠和定位:一种用于MCMC评估收敛的改进R帽”中重复使用ESS计算,... ...

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如何创建系统进化校正的多元线性模型?

我正在尝试使用MCMCglmm软件包来运行经过系统进化校正的多元线性模型。这是我的数据的一个子集(67个物种和6个簇总共有210个条目)...

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使用MCMCglmm对每个物种的多个条目进行系统发育校正

我有一个210行(67种)的数据集(数据),11个连续变量(从PC1到PC11)和1个分类变量(Clusters,具有6个级别)和一个系统发育树(系统树)。这是一个...

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无折叠gibbs采样的引导式LDA

我正在使用Python软件包Guided-LDA进行折叠的gibbs采样[更多详细信息]。但是我想要没有折叠的吉布斯采样的引导式LDA。我怎样才能分开引导式LDA和折叠的gibbs ...

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角图添加另一个点

我正在使用以下MWE:def outline(fit,mu_des,dt_des):la = fit.extract(permuted = True)mu_pos = np.vstack((la ['mu']))。T dt_pos = np。 vstack((la ['dt']))。T后采样= np ....

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电阻抗层析成像和MCMC

我想使用大都会黑斯廷斯采样器来估计人体的内部空腔。我已经使用了正向模型,它是一种基本解决方案,可以用来估计电势,并且...

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R中的MCMCglmm多项式模型

我正在尝试使用R中的MCMCglmm包创建一个模型。数据的结构如下,其中dyad,focus,其他都是随机效应,predict1-2是预测变量,而响应1 -...] >

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为什么pymc3即使我不包含任何观察结果也能运行?

即使我不包含任何观察到的值,pymc3仍将运行并为我提供结果。这只是从先前的样本中抽出而没有可能性吗? '''导入pymc3作为pm模型= pm.Model(),并带有...

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Metropolis-Hastings in matlab

我正在尝试将Metropolis Hastings算法与随机步行采样器一起使用,以从Matlab中的函数f = sin(7(2x ^ 2 + 3y ^ 2)))^ 2模拟样本,但是我的代码出了点问题。提案...

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将估计数据结果保存为单位

我正在与Dynare合作。我正在估计(不仅模拟,而且估计)DSGE模型。问题是,我不知道如何保存...

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提取Rme中lme4模型随机效应的后验估计和可靠区间

我需要从模型中提取后验估计和区间以产生随机效应。出于说明目的,与我正在使用的数据集类似的数据集将是位于base ...

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有没有一种方法可以使用ggs_caterpillar在同一方面比较两个模型,所有参数都共享?

我可以使用ggmcmc :: ggs_caterpillar生成一个带有两个小平面的毛虫图,每个小平面显示一个模型。在这种情况下,我的所有参数在模型之间共享。我想将它们绘制在...

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PyMC3:每次给出不同的结果

我已经定义了对数似然函数,并且我在一个均匀分布上采样了一个变量。我确保对数似然函数对相同的输入返回相同的结果。但是当我...

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如何以张量流概率批处理变换的(缩放和量化的)Beta分布

我正在尝试将Beta分布拟合到具有离散分数(1、2、3、4、5)的调查结果。为此,我需要TensorFlow概率中Beta的有效log_prob。但是,...

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