slurm 相关问题

SLURM是一个开源资源管理器,专为各种规模的Linux集群而设计。

提取SLURM中以前工作的详细信息

在PBS中,可以使用qstat -f查询特定作 业,并获取(全部?)信息和详细信息以重现该作业:#qstat -f 1234作业ID:1234.login Job_Name = job_name_here Job_Owner = user @ ...

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SLURM中的每个任务都需要一个bash文件吗?

我正在尝试在SLURM管理的群集中启动多个任务,并希望避免处理数十个文件。现在,我有50个任务(下标为i,为简单起见,i也是输入...

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[使用joblib和SLURM在Python中并行化for循环

我有一个包含100个元组的元组列表,可以用作外部函数的输入。外部函数返回一个值,并将该值附加到数组中,例如(MainFile.py):from ...

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Slurm交互模式-在开始时运行预先指定的命令

在我的集群上,如果运行以下命令,则可以获取用于交互模式的shell:srun -N 1 --ntasks-per-node = 1 --gres = gpu:1 --pty zsh但是,在此集群上,每个节点被分配的有一个空的$ HOME ...

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我如何找到与批处理作业相关的过程?

当我在多节点系统上使用sbatch开始作业时,正在所涉及的节点上启动某些进程。我如何找出正在这些节点上运行的进程(进程ID),这些节点...

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一个如何实施诽谤的电子恶意选项?

我正在集群中使用Slurm,当我打开电子邮件选项时,它不起作用。我需要在集群中启用某种特殊的管理方式吗?我的样品提交...

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如何在我的Slurm群集上启用python提交脚本?

我可以使用slurm访问群集,并希望将其扩展为使用python进行sbatch提交脚本。我怎么做?我尝试为提交脚本提供了不同的解释器路径:#!...

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如何用dask链接jupyter笔记本中的节点

所以我正在使用Slurm在HPC群集上运行。我已经获得了所需的节点(salloc --nodes = 16 -t08:00:00 --qos = interactive)。有没有办法在jupyter笔记本上运行dask ...

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我如何将混合的OpenMP / OpenMPI并行化与GNU编译器一起使用?

我正在运行一个物理求解器,该求解器被编写为使用混合OpenMP / MPI并行化。我们集群上的工作经理是SLURM。当我以纯MPI模式运行时,一切都按预期进行。 ...

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与OpenSees并行的Gnu

我正在寻找一个命令来并行化Gnu Parallel。这是命令:OpenSees 1.tcl OpenSees是一个exe文件,在Windows中为OpenSees.exe,在Linux中为OpenSees。我想要...

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Slurm独立系统ubuntu 16.04.3(已编译)无法正常工作:身份验证

因此,我一直在与安装slurm进行斗争,并且确实感到茫然。我的目标是将Slurm安装在单台计算机上,然后从同一台计算机上提交作业。(通过sbatch或srun)...

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有没有一种方法可以根据脚本本身中的值来设置Slurm脚本作业数组的大小?

我的脚本通常看起来像这样:#!/ bin / bash #SBATCH --job-name = test #SBATCH --array = 0-10 myarray =($(seq 0 1 10))echo $ {myarray [ $ SLURM_ARRAY_TASK_ID]}如何使--...

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Snakemake:如何实现将输入/输出文件复制到tmp文件夹并从中复制规则并在其中应用规则的机制

我们使用Slurm工作负载管理器将作业提交到我们的高性能集群。在作业运行期间,我们需要将输入文件从网络文件系统复制到节点的本地文件系统,然后运行...

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dask。分布式SLURM群集Nanny超时

我正在尝试使用dask.distributed.SLURMCluster将批处理作业提交到超级计算集群上的SLURM作业计划程序。所有作业均按预期提交,但在一分钟后...

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如何完成上一个作业之后运行sbatch作业?

我获得了两个提交和运行的摘要脚本。第二个的输入基于第一个的输出。我要做的作业只是告诉我们检查第一个...

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从旧作业中恢复Slurm作业提交脚本吗?

我不小心使用rm命令删除了终端中Slurm作业的作业提交脚本。据我所知,现在没有(相对简单的)恢复该文件的方法,而且我还没有保存它...

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SLURM:每个节点应该有不同的gres.conf吗?

配置slurm集群时,需要在所有节点上都有配置文件slurm.conf的副本。这些副本是相同的。在需要在群集中使用GPU的情况下,...

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Slurm群集中的R代码无法正确读取

我正在使用以下“ .sh”文件在Slurm群集上运行R代码:#!/ bin / bash #SBATCH --partition = p_parallel #SBATCH --nodes = 1 #SBATCH --cpus-per -task = 16 #SBATCH --workdir = / work / uder2 / ODE / ...

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HPC语-如何使HPC节点同时运行多个作业的bash脚本

假设我有一个HPC集群,其中有一个节点(node_1),我想同时在node_1中发送和运行3个作业的bash脚本。到目前为止,当我将作业发送到node_1时,节点一直处于繁忙状态,直到...

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SLURM:指定每个节点的核心数

使用Slurm,可以在节点上请求一定数量的核心。例如,#SBATCH -N 1 -n 8在一个节点上请求8个内核。按照此逻辑,#SBATCH -N 10 -n 16请求16个内核...

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