slurm 相关问题

SLURM是一个开源资源管理器，专为各种规模的Linux集群而设计。

如何计时SLURM作业阵列？

我正在提交SLURM作业数组，并希望将总运行时间（即不是每个任务的运行时间）打印到日志中。这是我尝试的方法：＃！/ bin / bash #SBATCH --job-name = step1 #SBATCH --...

slurm

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在Slurm抢占挂起事件上运行脚本

我计划使用具有不同优先级的不同队列，并且较高优先级队列上的作业应将较低优先级队列中的作业挂起。除了我想...

linux signals slurm sysadmin

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如何为Slurm作业指定依赖关系？

我想向具有以下依赖项的Slurm队列提交4个作业：Job1：-，不具有依赖项Job2：afterok：1，仅在Job1成功完成后才启动Job3：afterok：2，仅开始...

queue cluster-computing slurm

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slurm上失败的作业的snakemake日志文件不存在

我正在粗鲁的HPC上运行snakemake管道。有时，作业将由于超出墙壁时间或内存而失败。此类失败的作业不会创建日志文件，或者它们的日志文件将作为...

slurm snakemake logfile

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如何使用squeue命令知道slurm脚本上的位置

我正在集群上运行多个实验。我必须使用来自不同应用程序文件夹的这么多脚本，并且当前正在运行的Slurm脚本很难跟踪。有什么办法知道...

slurm

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sbatch：错误：批处理作业提交失败：运行Snakemake时，套接字在发送/接收操作上超时

我正在使用Slurm的HPC上运行snakemake管道。流水线相当长，由〜22个步骤组成。通常，snakemake会在尝试提交工作时遇到问题。这个...

sockets slurm snakemake sbatch

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将SLURM工作墙时间解析为bash变量

[使用SLURM，我运行命令squeue -u enter_username，并获得带有以下标题的表输出：我要尝试的JOBID分区名称USER ST TIME NODES NODELIST（REASON）。

bash date time slurm

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如何在Slurm中令人尴尬地并行运行某些东西？

我想翻译我的脚本以利用Slurm的内存管理。具体来说，如果我运行以下bash脚本，则会耗尽内存：＃！/ bin / bash for x in 1 2 3;在b c中为y做； ...

slurm

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在Slurm上指定特定的计算机名称

[您好，有人知道我要在哪个Slurm文件中使用哪个工作程序（计算机）吗？感谢您的帮助

bash slurm

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将数据库从Mariadb迁移到mysql企业版

我正在尝试从maridb迁移到mysql企业，我们不确定兼容性如何。将Mariadb DB迁移到mysql会产生任何问题？如果我们建立新集群，我们可以使用mysql企业版作为...

mysql database migration mariadb slurm

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如何将Shell命令中的变量分配给python脚本

我正在尝试使用Slurm中的数组运行批处理过程。我只知道shell命令从数组（文本文件）中提取变量，但是未能将其分配为Python变量。我必须分配一个变量...

python arrays shell slurm os.system

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Slurm-主机节点分配？

[当我通过SBATCH作业提交给我们的HPC时，我相信slurm会根据资源分配节点，在我的情况下，主机总是在节点0上生成，节点0被设置为按字母顺序排列的第一个...

slurm

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Slurm：sbatch：致命：无法处理配置文件

我正在尝试按照本指南（可能是较旧的指南）使用大学的网格计算http://cmp.felk.cvut.cz/cmp/hardware/grid/问题是我收到此错误。口齿不清...

slurm

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如何使用Slurm（并行）在多个节点上运行多个任务？

我想用不同的参数运行文件两次，每个任务在一个节点上，例如节点1上的任务1和节点2上的任务2，用我的代码仅执行第一个任务。我不知道是什么...

bash hpc slurm

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Slurm作业数组：是否可以在不同时间开始的Slurm上创建作业数组？

我有一个长期运行的任务，我想使用slurm上的作业数组来运行。我当前用于提交作业的脚本是：＃！/ bin / bash #SBATCH --output = slurm-％A_％a.out #SBATCH --array = 1-30 ...

slurm job-control

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我怎样才能得到一个SLURM工作总的CPU使用率？

我试图让CPU时间每个作业中使用的总量。我已经发现了几个有前途的sacct领域，但我应该使用哪一个？根据文档（HTTPS：//computing.llnl.gov/linux / ...

slurm

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从检索有用SLURM节点数据？

我只是想知道有没有人的书面命令来处理的输出“scontrol显示节点”到SGE的东西更清晰，e.g qhost它为您提供了以下格式的表：节点，...

slurm

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如何在同一时间提交跨多个分区作业（SLURM）

之后，我今天将作业提交到节点/分区cn430，我发现该节点保持痴迷，以前的工作完成后，我的工作仍然没有得到应有的优先级运行。然后，我发现所有...

slurm

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凡并行？构建bash脚本进行并行在多个节点

我想在多个节点并行工作。每个核心应该运行参数的特定组合，然后将结果保存为一个文件。使用SRUN推出的R-脚本导致所有节点和...

r bash cluster-computing slurm

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如何在脚本工作（从srun开始）完全完成之前保持脚本？

cluster-computing slurm

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