snakemake 相关问题

Snakemake是一个工作流管理系统,具有Python风格的规范语言。

Snakemake 问题:尝试强制在另一个规则之后运行规则时出现通配符问题

我正在尝试创建一个蛇文件,让我可以在我想要的任何数据集上运行工作流程。我会给你一个我正在尝试做的事情的简短版本: 我用来运行蛇文件的命令...

回答 1 投票 0

如何从Python对象派生snakemake通配符?

我正在学习snakemake来开发基因组学管道。由于输入/输出很快就会变得非常多样化,我想花一些额外的时间来了解构建 Snakemake 的基础知识

回答 1 投票 0

运行教程时 Snakefile 出错

当我尝试按照 Pypsa 网站“https://pypsa-eur.readthedocs.io/en/latest/tutorial.html”中的教程进行操作时,当我尝试进行优化试运行时,出现错误。我会说...

回答 1 投票 0

Snakemake 工作流程独立工作,但作为模块导入时失败

我有两条工作管道。第一个管道从配置文件获取输入,然后创建 .csv 输出文件。第二个管道接收前一个管道的 .csv 输出。当我运行这些时

回答 1 投票 0

提交的 Snakemake 规则开始运行并立即失败,没有抛出任何错误,但 Snakemake 继续运行

我为我的项目编写了一个snakemake管道,其中一部分看起来像这样: 样本,= glob_wildcards("/absolute/path/to/samples/{sample}.bam") 统治一切: 输入:

回答 1 投票 0

将 Docker 与 Snakemake 一起使用(受 Snakemake 文档的启发)并不能提供真正的 docker 容器?

为了改善我的snakemake工作流程的分布,我想将其Docker化。我通常部署软件堆栈的方式是通过 conda 环境(在

回答 1 投票 0

Python:未定义的变量:“snakemake”,忽略警告,或者理想情况下自动完成真正的

我正在使用 Snakemake,它相当令人愉快,但如果 VSCode 停止抱怨 Undefined 变量:'snakemake',我会很高兴。问题是 Snakemake 运行作业的方式...

回答 4 投票 0

Snakemake 将整个通配符列表作为输入

我正在尝试通过snakemake运行多个fastq文件。这是我现在拥有的代码的一部分: 导入操作系统 导入全局 docker_run = "docker run -v $(pwd):$(pwd) -w $(pwd)" fastqc_image = ...

回答 1 投票 0

snakemake 是否锁定输出目录

Snakemake 按照文档中的说明锁定输出文件,但是输出目录呢? 我的目录中有多个文件,这些文件可能由多个进程读取和写入

回答 1 投票 0

如何在snakemake中逐个运行示例

我有一个 Snakemake 管道,它在 HPC 环境中运行内存非常密集的脚本。为了不阻塞 HPC,我想为每个示例一一运行此脚本。 现在这就是...

回答 2 投票 0

Snakemake:处理目录中的配对读取

存在一个包含配对读取的目录,配对的名称和数量未知,可能的文件扩展名是.fastq或.fastq.gz。 我需要有关如何最好地在目录中进行配对读取的建议...

回答 1 投票 0

在 Snakemake 中使用 Bowtie2 运行映射

我是一名生物信息学学生,我正在尝试使用snakemake来完成映射步骤。我使用的是Linux环境。这是我第一次使用 Snakemake,我在代码中遇到了问题,但我不是

回答 1 投票 0

在snakemake规则的日志部分指定日志而不是在参数中指定它有什么好处?

我可以轻松地将其作为日志放在参数部分中,而不是使用规则的日志部分。唯一的区别是附加参数。 {params.log} 的。事实上,通过将其放入参数中,我

回答 1 投票 0

通过snakemake进行资源请求——资源与集群提交

我希望能够澄清我对 Snakemake resources 关键字(记录在此处)的一些困惑。如果我在集群上运行作业,此参数是否会从

回答 1 投票 0

有没有办法获取--configfile指定的配置文件名?

我需要获取 Snakefile 中命令行上的 --configfile 指定的配置文件名(及其路径,如果有)。有没有办法在不扫描 sys.argv 的情况下获取它?谢谢。

回答 1 投票 0

使用snakemake中的检查点恢复具有多个通配符的未知输出文件

我想使用snakemake中的检查点来恢复执行前未知的输出文件。我遵循了这里的示例 https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/rules...

回答 1 投票 0

Snakemake处理从文件读取的PE名称

我有 config.txt,其中包含配对末端读取的名称: 前进 后退 样本1_forward.fastq.gz 样本1_反向.fastq.gz 样本2_forward.fastq.gz 样本2_反向.fastq.gz 样本3_forward.fastq.gz

回答 1 投票 0

设置.snakemake目录的位置

有没有办法定义snakemake创建.snakemake文件夹的位置。 我可以使用 --directory 更改整个工作 dic,但这也会更改每个相对路径的存储位置。 我

回答 1 投票 0

在 Docker 中容器化 Snakemake 管道,同时还使用 Docker 进行独立的环境控制

我在使用 Docker 构建我的 Snakemake 工作流程时遇到了一些麻烦。 简而言之,我正在尝试对“Snakemake 位”(例如:snakefile、脚本等)进行 dockerize 并独立对 eac 进行 dockerize...

回答 1 投票 0

如何在 Slurm 集群上运行 Snakemake >= 8?

我需要编写工作流程,并且我一直在寻找工作流程管理系统。我选择 Snakemake 是因为它与 Conda 集成,并且因为我想要一个可以在本地轻松运行的工作流程,或者......

回答 1 投票 0

© www.soinside.com 2019 - 2024. All rights reserved.