snakemake 相关问题

Snakemake是一个工作流管理系统，具有Python风格的规范语言。

如何在一组未确定的样本上运行 Snakemake？

我计划创建一个将在大规模数据集上运行的 Snakemake 脚本。该脚本将：预处理样品，根据预处理的结果过滤样本（注：全部

python workflow snakemake

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Snakemake 处理变量输入数据集

我刚刚开始使用 Snakemake，我无法理解通配符。我的工作流程将有一个具有以下结构的输入数据目录：数据/ ├─ 一些数据集/ │ ├─ 一些子集.csv │...

python snakemake

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Snakemake集群提交：如果日志文件是规则输出，则在作业运行时删除日志文件

我有一个规则 B，它依赖于先前规则 A 创建的日志文件。这些日志文件是由我提交到的集群 (HTCondor) 创建的。这些日志包含

python snakemake htcondor

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如何使用 Snakemake 处理特定的文件对？

我是 Snakemake 的新手，目前正在思考如何使用 Snakemake 管道处理特定的文件对（如果问题很蹩脚，我深表歉意）。我有一套 fastq

snakemake

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Snakemake 通过从前一个规则传递参数值来运行规则矩阵

我可以成功地做这样的事情，数字=[1,2,3] 单词=[“妈妈”，“猫”] 统治一切：输入： Expand("{n}_{w}.txt", n=数字, w=单词) 规则模拟：...

snakemake

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Snakemake（v8.10.7）无法找到 conda（或 micromamba）

我正在尝试在snakemake中构建工作流程，但是一旦我使用conda，snakemake立即报告错误。我写了一个简单的例子来说明这个错误。这是一个蛇文件文件：规则

conda snakemake mamba micromamba

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Snakemake：将代码库与原始数据和结果分离的最佳实践？

我是 Snakemake 的新手，我制作了一个对我的团队非常有帮助的管道。到目前为止，我已经运行了两批数据。为此，我创建了两个具有以下结构的单独目录克隆，...

python bioinformatics snakemake

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我应该如何解决这个问题，snakemake 出现“缺少输出文件”错误？

我正在尝试使用“snakemake”来管理我的工作流程。起初，我在下面写了简短的“Snakefile”，但它没有与“Message”一起运行。我认为这是一个很容易解决的问题，但我不能。什么

snakemake

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Snakemake远程规则重新读取配置文件？

我正在使用snakemake（v7.22.0）在集群上执行多个作业。我有几个不同版本的工作流程，有时会并行执行，其中涉及更改配置文件......

automation cluster-computing snakemake hpc

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通配符问题

我在平台上尝试了多种解决方案，但似乎都不起作用。我似乎无法解决错误 AttributeError: 'Wildcards' object has no attribute 'sample' 这就是我正在尝试的...

snakemake

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运行 PyPSA-EUR 第一个教程时出现 Snakefile 错误

我已经看过这方面的另一篇文章，但我认为缺乏上下文，所以我会尝试在这里更详细地解释，看看是否有人可以提供帮助或经历过相同的问题并管理...

snakemake pypsa

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Snakemake 问题：尝试强制在另一个规则之后运行规则时出现通配符问题

我正在尝试创建一个蛇文件，让我可以在我想要的任何数据集上运行工作流程。我会给你一个我正在尝试做的事情的简短版本：我用来运行蛇文件的命令...

automation output wildcard snakemake

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如何从Python对象派生snakemake通配符？

我正在学习snakemake来开发基因组学管道。由于输入/输出很快就会变得非常多样化，我想花一些额外的时间来了解构建 Snakemake 的基础知识

python bioinformatics snakemake

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运行教程时 Snakefile 出错

当我尝试按照 Pypsa 网站“https://pypsa-eur.readthedocs.io/en/latest/tutorial.html”中的教程进行操作时，当我尝试进行优化试运行时，出现错误。我会说...

snakemake pypsa

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Snakemake 工作流程独立工作，但作为模块导入时失败

我有两条工作管道。第一个管道从配置文件获取输入，然后创建 .csv 输出文件。第二个管道接收前一个管道的 .csv 输出。当我运行这些时

python bioinformatics snakemake

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提交的 Snakemake 规则开始运行并立即失败，没有抛出任何错误，但 Snakemake 继续运行

我为我的项目编写了一个snakemake管道，其中一部分看起来像这样：样本，= glob_wildcards("/absolute/path/to/samples/{sample}.bam") 统治一切：输入：

python bioinformatics snakemake

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将 Docker 与 Snakemake 一起使用（受 Snakemake 文档的启发）并不能提供真正的 docker 容器？

为了改善我的snakemake工作流程的分布，我想将其Docker化。我通常部署软件堆栈的方式是通过 conda 环境（在

docker conda snakemake singularity-container

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Python：未定义的变量：“snakemake”，忽略警告，或者理想情况下自动完成真正的

我正在使用 Snakemake，它相当令人愉快，但如果 VSCode 停止抱怨 Undefined 变量：'snakemake'，我会很高兴。问题是 Snakemake 运行作业的方式...

python snakemake

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Snakemake 将整个通配符列表作为输入

我正在尝试通过snakemake运行多个fastq文件。这是我现在拥有的代码的一部分：导入操作系统导入全局 docker_run = "docker run -v $(pwd):$(pwd) -w $(pwd)" fastqc_image = ...

snakemake

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snakemake 是否锁定输出目录

Snakemake 按照文档中的说明锁定输出文件，但是输出目录呢？我的目录中有多个文件，这些文件可能由多个进程读取和写入

python parallel-processing snakemake

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