Snakemake是一个工作流管理系统，具有Python风格的规范语言。
我正在使用snakemake构建管道，并使用conda和奇异环境来确保可重复性。我遇到了一个错误，我的绘图上的文本被矩形代替了...
使用snakemake运行metabat2，但未获取bin文件
我一直在尝试使用snakemake运行metabat2。我可以运行它，但是metabat2 /中的输出文件丢失了。在使用数据后可以工作的checkM可以正常工作，我只是找不到文件...
我正在尝试使用Snakemake读取.txt文件的大型英语语料库，并在它们上运行python脚本，但是当我运行它时，它似乎完全死机了-我已经将它放置了相当长的一段时间，没有...
我想在蛇文件（而不是通过命令行）中指定奇异的绑定路径（例如，snakemake脚本）。我相信这可以通过snakemake import ...
Snakemake的最新版本（v5.10.10）说，集群配置已被弃用，建议改用配置文件。但是，我没有任何有关如何执行此操作的文档。我如何...
嗨，我一直在尝试将metabat2和checkm放入管道中，以查看样本中存在哪些细菌，但是我一直遇到蛇虫错误。我的snakemake代码是全部规则：输入：[...
我想将两个命令行合并为一个以避免中间文件。 workdir：“ / path / to / workdir /”规则全部：输入：“ my.filtered.vcf.gz”规则工具：输入：...
我有一个简单的功能，可以读取一个文件（一行）并在拆分后获取第一个元素。 def get_wc（wc）：file =打开（wc，“ r”）normalization_value = file.readline（）。split（''）[0] return（...
我想问一下Snakemake社区是否有人在AWS Batch中成功实现Snakemake工作流。 2018年10月的最新出版物的第4页似乎暗示Snakemake不会...
snakemake如何在nas文件系统和群集节点之间传输数据
我们正在开发蛇形管道，我们需要在nas文件系统和群集节点之间传输数据。我们的集群的架构在每个节点中都有一个/ scratch目录。我们需要复制...
我正在尝试构建一个简单的工作流，以将参数列表提供给脚本。举例说明：SAMPLES = ['A'，'B']规则测试：参数：sample = expand（“ {sample}”，sample = SAMPLES）脚本：...
Snakemake工作流程中的MissingOutputException
所以我有以下snakemake规则：SAMPLES = [“ A”，“ B”] READS = [“ R1”，“ R2”]规则fastqc_check：输入：r1 = expand（“ ../../ data / raw / {sample} _ {read} .fastq.gz“，sample = SAMPLES，read = READS）...
我已经在Snakemake中编写了一个管道。这是一条ATAC-seq管道（用于分析来自特定实验的基因组数据的生物信息学管道）。基本上，在合并对齐步骤之前，我使用{...] >>
我正在尝试在我的Snakemake规则之一中使用奇点。在本地运行我的Snakemake管道时，这可以按预期工作。但是，当我尝试使用sbatch将其提交到我的计算集群时，...
我对snakemake管道有基本的“输入可以是单端读取或成对读取的问题”。我想尽可能使用unpack，因为它似乎是为这种情况而设计的（如...
假设我有3条具有相同输入的规则，snakemake跳过其中2条，只运行其中一条规则。因为我需要全部三个规则，是否有一种解决方法可以强制全部三个规则执行？我可以添加...
snakemake删除所有标记为临时的输出文件，但如果输出是如下所示，则对文件不执行任何操作：rule some_rule：input：'some_input.txt'output：...
我正在尝试使用我在管道目录（与Snakefile相同的目录）中定义的一些包装器，而不是包装器回购。我已经查看过此文档，当我使用...
我有很多紧随其后的R脚本，我想使用Snakemake进行连接。但是我遇到了问题。我的一个R脚本显示了两张图像，并询问用户输入有关......>