snakemake 相关问题

Snakemake是一个工作流管理系统，具有Python风格的规范语言。

Snakemake通配符语法错误

我知道这是一个常见错误，我已经检查了其他帖子，但没有解决我的问题。我想使用用于SortMeRNA规则的数据库的名称（rRNAdb = config [“ rRNA_database”]）...

wildcard snakemake rna-seq

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Snakemake-无法从输出文件确定输入文件中的通配符

我对snakemake还是很陌生，而且对python也不太熟练（因此，很抱歉，这可能是一个非常基本的愚蠢问题）：我目前正在建立一条管道，以使用图集来分析一组bamfile。 ...

python python-3.x pipeline snakemake

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与字符串不匹配的通配符约束

我有以下规则，其中我试图将通配符传感器限制为除以fitbit开头的那些字符串以外的任何字符串。我面临的问题是我正在使用的正则表达式似乎与任何...

snakemake

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Snakemake：HISAT2index建立并使用触摸对齐

遵循我的上一个问题：Snakemake：针对许多基因组的许多RNAseq读数的HISAT2比对已更新。我想在snakemake中使用touch运行hisat2对齐。我有几个基因组...

snakemake

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将蛇形规则作为最后一条规则执行

我试图创建一个snakemake文件来运行sortmeRNA管道：SAMPLES = ['test'] READS = [“ R1”，“ R2”]规则全部：输入：expand（“ Clean / 4.Unmerge / {exp}。 non_rRNA_ {read} .fastq“，exp =样本，read = ...

python-3.x snakemake

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Snakemake：针对许多基因组的许多RNAseq读数的HISAT2比对已更新

我有几个基因组文件，后缀为1.ht2l至.8.ht2l bob.1.ht2l ... bob.8.ht2l steve.1.ht2l ... steve.8.ht2l，并有seRNA的RNAseq样本flower_kevin_1。 fastq.gz flower_kevin_2.fastq.gz ...

snakemake

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snakefile的各种迭代都给出相同的错误

我正在尝试将snakemake用于生物信息学管道。为了测试它，我制作了以下snakefile。我有一个包含各种fastq.gz文件的目录（例如K1_R1.fastq.gz，K1_R2.fastq.gz，K2_R1 ....

python python-3.x bioinformatics snakemake

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我如何使用不同的配置文件运行多个管道运行-.snakemake目录上的锁问题

我正在从相同的工作目录中运行snakemake管道，但是具有不同的配置文件，并且输入/输出也位于不同的目录中。问题似乎是，尽管两者都运行...

snakemake

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在蛇文件中调用另一个管道会导致错误的输出错误

[我在我的snakemake管道中使用了一个称为Canu的汇编管道，但是当涉及到调用Canu的规则时，snakemake会在管道提交时退出，并伴随MissingOutputException错误...