snakemake 相关问题

Snakemake是一个工作流管理系统，具有Python风格的规范语言。

如何在本地Kubernetes或OpenShift集群上运行Snakemake工作流程？

我们正在尝试在内部基础架构的Kubernetes上运行Snakemake工作流程。我们正在MapR文件系统上更精确地使用OpenShift OKD。我们遵循官方文档命令：...

kubernetes openshift workflow snakemake

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我用来触发snakemake的命令是：snakemake --snakefile Snakefile --configfile config.json --latency-wait 60 --rerun-incomplete --keep-going --notemp --reason --use-singularity --...

python slurm snakemake sbatch

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Makeingmake的MissingOutputException和延迟等待错误

我正在尝试在snakemake中建立makeblastdb数据库：workdir：“ / path / to / workdir /”（示例，）= glob_wildcards（'/ path / to / workdir / {sample} .fasta'）规则全部：输入：expand （“ {sample} .fasta。{...

snakemake blast

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如何在关键字wildcard_constraints中使用通配符

例如，我有以下通配符。数据集= ['A1'，'A2'，'A3'，'B1'，'B2'，'B3']组= ['A'，'B']我正试图将数据集与我的组禁忌。例如，我要创建A1 / ...

wildcard snakemake

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Snakemake“ X秒后丢失文件”错误

每次尝试运行snakemake脚本时，我都会遇到以下错误：构建DAG作业...使用shell：/ usr / bin / bash提供的内核：16声明将减少更多线程的规则。...

python pipeline snakemake

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默认情况下如何将蛇形蛇编入--use-conda？

我的Snakefiles包含“ conda”指令，而且我总是使用--use-conda标志来调用snakemake。有没有办法默认启用此标志？也就是说，我可以通过...

conda snakemake

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激活snakemake中现有的conda环境

我如何获取snakemake来激活环境列表中已经存在的conda环境？我知道您可以将--use-conda与.yaml环境文件一起使用，但这似乎会生成一个新的...

python conda snakemake

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Snakemake通配符意外更改

我是Snakemake的新手，并且遇到了一个让我感到困扰的错误。我有这样的通配符：rank = ['Kingdom'，'Phylum'，'Class'，'Order'，'Family'，'Genus'，'Species'] ordi = ['DCA'，...

snakemake

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yaml.dump似乎在第一个键下的第二行中添加了两个破折号

我正在使用yaml.dump为snakemake配置生成yaml文件，但我不断收到错误Config文件必须以JSON或YAML的形式提供，且密钥位于顶层，我认为这可能与...有关]]] >

python yaml snakemake

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yaml.dump似乎在第一个键下的第二行中添加了两个破折号

我正在使用yaml.dump为snakemake配置生成yaml文件，但我不断收到错误Config文件必须以JSON或YAML的形式提供，且密钥位于顶层，我认为这可能与...有关]]] >

python yaml snakemake

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snakemake扩展无输入文件

我有一些不同的配置，我需要将它们组合起来才能运行python脚本版本= ['lg'，'sm'] start_time = ['0'，'1'] end_time = ['2' ]我想要的是蛇造的...

python workflow snakemake

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Snakemake报告-代码未显示在报告中

我正在使用Snakemake版本5.1'--report'选项来生成html文件。规则部分应显示每个规则的代码。这也可以链接到结果文件。但是，...

snakemake

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通配符/正则表达式在snakemake中不起作用？

我是snakemake的初学者。我正在尝试了解如何使用变量和正则表达式。我试图按照教程学习，但是...我仍然需要帮助。在下面的示例中，我想要... ...>

regex wildcard snakemake

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如何在Snakemake规则中使用字典值和键

我一度陷入Snakemake问题。假设我有一个像这样的字典：dict_A = {A：“ id1”，“ id2”，“ id3”，B：“ id2”，“ id3”，“ id4”，“ id5”，C：“ id1”，“ id4 “，” id5“}，我想编写如下规则：输入：...

python snakemake

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snakemake运行纳米抛光，并使其等待上一个规则完成

嗨，我可以使用snakemake进行纳米抛光的不同步骤。但是，当我运行它时，它将给出一个错误，即在bwa规则中创建的索引文件尚不可用。出现此错误后，它就...

bioinformatics snakemake

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Snakemake HTML报告中包含参数和源代码

我想在我的html报告中包括shell命令以及snakemake规则的外部脚本的源代码（我发现人们在RULE序列表中都有这些）。示例...

snakemake

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关于并行化开销和I / O绑定规则的问题

想象下面的蛇文件改编自处理并行化（规则的末尾），并且规则MY_RULE受I / O约束（假设我需要加载一个非常重的模型来应用此规则...

snakemake

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如何从config.yaml分配多个路径？

我想使用snakemake来分析我的数据集。当我要与不同的生物一起工作时，我希望snakemake在索引基因组时为每个生物创建一个文件夹。我有...

snakemake

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snakemake：管道失败，缺少MissingOutputException

为了清楚起见，我必须修改帖子。情况是，一开始我在本地计算机上很好地运行了管道，但是在提交给集群时却失败了。发布问题后，我发现...

bioinformatics snakemake

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Snakemake文件在多个目录中

我的{dir}是变量= / nameX / tissueX / trimmed这是我使用的代码：HISAT2_INDEX_PREFIX =“ / index / genome_chromosomes”目录，SAMPLES = glob_wildcards（'/ test / {dir} / {sample} _1。 fastq.gz'）规则...

snakemake

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