snakemake 相关问题

Snakemake是一个工作流管理系统，具有Python风格的规范语言。

Snakemake无效语法

我对snakemake感到疯狂。我尝试了所有类型的方法，使用配置文件等，但是没有任何效果，我无法确切地理解如何逐行检测错误检查。 ...

snakemake

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使用snakemake映射读取

我正在尝试使用snakemake运行hisat2映射。基本上，我使用的是config.yaml文件，如下所示：读取：set1：/path/to/set1/samplelist.tab hisat2：数据库：基因组基因组：基因组....

yaml snakemake

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运行带有Snakemake的纳滤膜

我是不熟悉蛇制作的人。我想使用nanofilt运行一个文件夹中的fastq文件。我想用snakemake运行它，因为我需要它来创建管道。这是我的蛇形脚本：...

bioinformatics snakemake

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将通配符添加到工作流程中-最佳做法

我的蛇形生物信息学工作流程非常复杂，包含200多个规则。它基本上是从一组FASTQ文件开始的，从这些文件中可以推断出变量，如下所示：（WC1，WC2，WC3，WC4）= ...

python snakemake

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slurm上失败的作业的snakemake日志文件不存在

我正在粗鲁的HPC上运行snakemake管道。有时，作业将由于超出墙壁时间或内存而失败。此类失败的作业不会创建日志文件，或者它们的日志文件将作为...

slurm snakemake logfile

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使用subprocess.run运行Snakemake

我正在尝试使用集群配置在python脚本中运行sankemake，其中myoutput / output.txt是我的输出结果之一：cluster =“”“” qsub -A {cluster.account} -l walltime = {cluster.time}- ...

python subprocess snakemake

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Snakemake到--export-cwl的转换需要静态配置/输入

因此，我目前很有趣的是使用Snakemake使用--export-cwl函数将某些snakemake管道转换为CWL，但是我意识到这需要所有输入...

snakemake

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snakemake中的名称输入/输出文件，根据config.yaml中的变量（不是通配符）

我正在尝试编辑和运行snakemake管道。简而言之，snakemake管道将调用默认的基因组比对器（minimap）并生成具有该名称的输出文件。我正在尝试添加变量...

if-statement variables snakemake

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sbatch：错误：批处理作业提交失败：运行Snakemake时，套接字在发送/接收操作上超时

我正在使用Slurm的HPC上运行snakemake管道。流水线相当长，由〜22个步骤组成。通常，snakemake会在尝试提交工作时遇到问题。这个...

sockets slurm snakemake sbatch

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如何在snakemake中仅运行一条规则

我已经在snakemake中创建了一个工作流程，当我只想运行一条规则时，我遇到了一个问题。确实，对于我来说，它运行着以下规则，其中输出是我规则的输入，即使那些规则已经是...

snakemake

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在哪里可以找到用于生成蛇形报告的文件工作流示例.rst？

我正在尝试使用在这里记录的snakemake的报告功能：https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/reporting.html但是，我发现很难找到有意义的...] >

reporting snakemake

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更改snakemake工作流程以预期和适应不同的数据结构

我有一个现有的snakemake RNAseq工作流程，可与以下目录树配合使用。我需要更改工作流，以便它可以容纳另一层目录。目前，我使用的是...

data-structures snakemake directory-tree

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Snakemake表格配置，扩展和合并-如何正确扩展输入文件？

对于以下内容，我将不胜感激。我有一个TSV样本表：样本单位Tumor_or_Normal Fastq1 Fastq2 A 1 T读取/a.t.1.fastq读取/a.t.2 ....

snakemake

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Snakemake：将多个作业聚在一起

我有一个非常简单的snakemake管道，该管道接受一个输入文件，执行三个后续步骤来产生一个输出。每个单独的工作都非常快。现在我想将此管道应用于> 10k个文件...

hpc snakemake

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Snakemake歧义性

我有一个模棱两可的错误，我不知道为什么以及如何解决。定义通配符：全部规则：输入：xls = expand（“ reports / {sample} .xlsx”，sample = config [“ samples”]），...

python bioinformatics snakemake

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即使正确完成，Snakemake检查点也会抛出（退出代码为非零）

我当前正在运行一个snakemake检查点，即使正确完成命令后，该检查点似乎仍在抛出非零退出代码，并且不确定如何解决该问题。 ...

bioinformatics snakemake

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使用snakemake中的expand（）函数多次执行shell命令

我想在snakemake的帮助下对不同的输入文件多次执行R脚本。为此，我尝试使用expand函数。我对蛇术还比较陌生，当我...

snakemake

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Snakemake要求规则使用非零退出代码退出，即使使用“ ||真正的”？

[snakemake管道断言，每当我运行任何规则时，我的代码都会引发非零的退出代码，即使如果我手动运行相同的确切代码，我的代码也会返回错误代码0，并且可以正常工作...

python bash snakemake

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snakemake：通过更改所有命令行来丢失最后一条规则

下面是我的snakemake代码，如果我不注释掉第28,29行代码，这是规则全部->输入->第1、2nd命令行，那么我无法获取最后一条规则varscan_somatic，即例如，空运行输出...

snakemake

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snakemake.remote.EGA：NameError：未定义名称'self'

我想使用snakemake实用程序（5.6.0）使用EGA上存储的文件。首先，我想尝试使用官方文档中编写的代码，所以我尝试了以下操作：将snakemake.remote.EGA导入为EGA ...

python-3.x bioinformatics snakemake

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