snakemake 相关问题

Snakemake是一个工作流管理系统，具有Python风格的规范语言。

是否可以再次在snakemake中定义所有规则？

我使用snakemake并行处理8个文件（fastq）。然后，对每个文件进行解复用，然后对由每个文件生成的解复用文件执行并行处理，并使用...

workflow bioinformatics snakemake

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[使用snakemake远程前缀时指定源文件

来自文档：https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/executable.html当前，此模式要求Snakemake工作流存储在git存储库中。 Snakemake使用git查询...

bioinformatics snakemake

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snakemake：使用奇异时正确引用

我想运行下面的shell命令shell： “” “RSCRIPT -e” rmarkdown ::渲染（ '{} input.markdown'，OUTPUT_DIR = '输出/ {wildcards.version}'，则params =名单（数据路径=”。 ./data/{wildcards ....

snakemake

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是否可以打印snakemake干运行命令，而不是规则？

干运行的工作流语言的一个超级重要的功能。主要是，如果我运行命令你会被执行，这正是一个看到运行make -n当我在看。 ...

snakemake

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不能同时运行所有的程序

我试图设计使用snakemake生物信息学管道，但我不能够同时执行的程序。我已经确定，我所有的规则运行，当我尝试单独运行它们。 ...

bioinformatics snakemake

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如何只在TSV文件选择一个行的值？

编辑：我要补充一点，这个问题基本上是正是我问：如何Snakemake表格配置中使用列表，为生物信息学管道的测序单位介绍...

csv snakemake

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Snakemake规则的一个文件只运行

我在snakemake运行HDBSCAN集群的规则。以前它是定期DBSCAN和工作正常，但我修改后，莫名其妙的问题开始（我也修改Snakemake文件...

snakemake hdbscan

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如何修复'MissingOutputException'？

我想这是一个反复出现的问题，在snakemake v5.1之后看到几个线程，但无法弄清楚出了什么问题。请帮助。规则全部：输入：[OUT_DIR +“/”+ x for x in expand（'{...

snakemake

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Snakemake：从输入中剥离路径

我想在snakemake中编写一个管道，从config.yaml获取输入文件，运行命令，并将输出写入原始文件名+新后缀下的当前目录。 Snakefile ......

snakemake

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Snakemake分组输出

我对其中一条规则的输出要求相当复杂。我在CSV文件（samples.csv）中有样本，其中嵌套信息如下：region，run_id，sample_id A，1,150 A，3,111 A，3,145 A，3，...

snakemake

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如何在不获得所有组合的情况下获得支撑扩展对？

我在macOS High Sierra 10.13.3上工作。我的shell是bash。当我输入时，echo {1,2} {3,4}我得到：13 14 23 24.是否可以选择只获得13 24？我有兴趣创建两个文件，其中两个...

bash unix snakemake

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在一个规则中聚合所有通配符的未确定数量的文件

我有一组文件，将单独处理以生成多个文件。在运行时之前究竟有多少文件是未知的。（如果重要的话，这是DNA解析结果的解复用。）......

snakemake

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snakemake temp（）导致不必要的规则重新运行

我正在使用snakemake v 5.4.0，我遇到了temp（）的问题。在假设情景中：规则A - >规则B1 - >规则C1 | - >规则B2 - >规则C2，其中规则A ......

snakemake

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如何从一个样本中选择所有文件？

我有一个问题，弄清楚如何使输入指令只选择下面规则中的所有{samples}文件。规则MarkDup：input：expand（“Outputs / MergeBamAlignment / {samples} _ {lanes} _ {...

wildcard snakemake

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在Snakemake规则中使用Github URL作为包装器

我知道在Snakefile中定义基于包装器的规则的三种工作方式：rule way1_wrapper_repository：wrapper：“0.0.8 / bio / samtools_sort”rule way2_local_relative_directory：wrapper：...

url wrapper rules snakemake

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从snakefile中的命令行获取实际的--cores [N]， - job [N]，-j [N]值

如何在snakefile中访问命令行传递给snakemake的所有配置值和相应参数？例如通过运行：snakemake -p --use-conda -j 16 --...

snakemake

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一个奇怪的snakemake案例

我有一个类似于Snakemake的目标：在通过染色体分裂后未知的输出/输入文件，但是，正如所指出的，我事先知道我在sample.bam文件中有例如5条染色体。 ...

snakemake

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如何设置目标文件由文件内容决定的snakemake规则？

我想根据条形码信息将sam文件拆分成多个sam文件。查询条形码信息列在另一个文件中。 $ cat barcode.list ATGCATGC TTTTAAAA GGGGCCCC CGCGATGA ...

python bash workflow bioinformatics snakemake

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带有OR的两个通配符之间的wildcard_constraints

我想约束一个基于两个通配符的规则来运行if（id =='FOO ||（id =='BAR'&& ver =='2'））。但是，我不太清楚如何做（或者如果可能的话）。我试过......

snakemake

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由于冗长的顺序检查作业完成，Snakemake处理大型工作流程变慢？ >减速100倍

我正在开发一个相当复杂的snakemake工作流程，它可以产生数十万个工作。一切正常......工作流程执行，DAG被创建（感谢新的检查点...

workflow bioinformatics snakemake

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