Snakemake是一个工作流管理系统，具有Python风格的规范语言。
如何在snakemake配置文件中指定技术复制的输入，其中目标是将成对的末端读数与参考基因组对齐，然后将重复的比对文件合并到...
Snakemake规则从输入变量写入新的文本文件（Snakemake语法）
我有一个功能齐全的Snakemake工作流程，但我想添加一个规则，其中输入变量在新生成的输出文本文件中写为新行。简要总结一下，我......
当先前尚未在SLURM集群上完成时，使用snakemake提交新作业
我在SLURM集群上运行Snakemake，我遇到了这样的问题：集群允许我一次只提交一个（大约20个）作业。运行snakemake.sh之后：＃！/ bin / bash ...
我正在使用snakemake进行一些自动化，并且在调用'onerror'时有一个关于确定哪个规则失败的问题。我试过循环规则来确定哪些输出不存在，......
即使在`snakemake`中完成所有规则后，如何输出shell脚本？
如果我有一个snakemake工作流程并且我已经完成了所有规则，我想输出shell命令行。有没有办法做到这一点？我知道-n -p可以在规则之前输出命令行...
在运行以下Snakefile规则master之前，文件foo.txt是否已经存在：output：touch（'foo.txt'）input：'task.done'rule task：output：...
我希望在一段时间内获得Snakemake管道的CPU和RAM使用率。我在一个slurm托管集群上运行我的管道。我知道Snakemake包含基准功能，但他们只报告图片......
到目前为止，我用snakemake用snakemake生成了单独的情节。这很棒！现在，我想创建一个规则，创建一个跨主题的组合图，没有明确...
有没有办法在扩展函数中使用另一个扩展变量的值？例如，如果我有以下config.yaml患者：patientA： - “sampleA_A” - “sampleA_B” - “...
Snakemake：“输入文件中的通配符无法从输出文件中确定”
我使用Snakemake来执行一些规则，我遇到一个问题：rule filt_SJ_out：input：“pass1 / {sample} SJ.out.tab”output：“pass1 / SJ.db”shell：'''gawk' $ 6 == 1 || （$ 6 == 0 && $ 7＆...
我有一个如下所示的配置文件：params： - a： - sample：sample_A - var1：blood_a - b： - sample：sample_b - var1：blood_b可能不只是a和b，以防万一...
对于关于snakemake的新手问题，我很抱歉：一般来说：以组合方式生成具有两种不同输入类型的工作流程的最优雅方式是什么。假设我有一个数字......
我写了这个小R脚本来生成DNA序列覆盖数据图，其中它将目录中的所有文件作为输入。 coverage.files
Snakemake和Pandas语法：从示例表中获取样本特定参数
首先，这可能是Snakemake和pandas语法的重复。但是，我仍然感到困惑，所以我想再解释一下。在Snakemake中，我已经加载了一个包含多个列的示例表。一个......
我将在一个简单的例子中演示，我有两个名为a.map的文件和一个plink格式的a.ped。我想使用两个命令，第一个转换为bfile格式，第二个转换为原始格式。我......
我是Snakemake的新手，我正在努力开发一些管道。当我使用通配符时，我遇到了一些问题，试图尽可能地自动化我的生物信息学分析。我遇到了......
我在输入和输出中添加了带有通配符的规则get_timezone_periods但是没有使用错误缺少输入文件的规则所有手动输入路径工作“data / raw / test1 / ros / timezone ....
如何将当前提交包含在snakemake工作流程中供以后参考？
我的snakemake工作流程在git存储库中受版本控制。我有可能包含类似git describe的输出--always来跟踪git标签/提交工作流程...
我想使用Snakemake使用SRR ID从SRA数据库下载fastq文件。我读了一个文件来使用python代码获取SRR ID。我想逐个解析变量作为输入。我的代码如下。 ...
Snakemake：是否可以只使用--dryrun显示“作业计数”？
如何使Snakemake仅在干运行中显示作业计数字段？执行实际运行时，这是Snakemake在启动作业之前输出的第一个信息。目前，我得到的方式......