snakemake 相关问题

Snakemake是一个工作流管理系统，具有Python风格的规范语言。

snakemake：使用run指令时如何实现log指令？

Snakemake允许使用log参数为每个规则创建日志，该参数指定日志文件的名称。将结果从shell输出传递到此日志是相对简单的，但我...

snakemake

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总是报告错误：在我的snakemake中，对于RNA-seq工作流程，'str'对象不可调用

我想使用snakemake编写我的RNA-seq管道，但它总是报告相同的错误。它让我很烦恼！以下显示当前文件夹中的整个文件。 | - 01_raw | | - epcr1_1.fastq | | - ......

snakemake rna-seq

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snakemake总是报告“第44行中的MissingOutputException，5秒后丢失文件：

我总是通过snakemake在我的RNAs-seq管道中得到相同的错误报告：/ root / s / r / snakemake / my_rnaseq_data / Snakefile的第44行中的MissingOutputException：5秒后丢失文件：03_align / wt2 ....

pipeline snakemake rna-seq

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Snakemake报告错误：缺少所有rulle的输入文件

我正在使用Snakemake编写我的RNA-seq管道。当我写最后一部分规则fpkm，它从bam文件计算fpkm值时，我得到错误：/ root / s / r /的第3行中的MissingInputException ...

pipeline snakemake rna-seq

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如果我在子文件夹中指定目标，则找不到Snakemake子工作流结果

让我们看两个snakefiles，一个主文件和一个子工作流：./ Snakefile：subworkflow sub：workdir：“。” snakemake：“subworkflow / Snakefile”规则all：input：sub（“subresult”）./ ...

snakemake

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Snakemake：执行R脚本时忽略Rprofile

我在snakemake工作流程中执行R脚本遇到了一些问题。似乎我的个人.Rprofile被加载到R脚本中。这项工作是在一个奇点容器内进行的......

r snakemake

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使用不同参数两次运行相同规则的最佳方法

我正在使用bcftools共识从vcf文件中提取单倍型。给定输入文件：A.sorted.bam B.sorted.bam创建以下输出文件：A.hap1.fna A.hap2.fna B.hap1.fna B.hap2 ....

python bioinformatics snakemake bcftools

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Snakemake和pandas语法

我有一个输入文件如下SampleName运行Read1 Read2一个run1 test / true_data / 4k_R1.fq test / true_data / 4k_R2.fq一个run2 test / samples / A.fastq test / samples / A2.fastq B run1 test / samples / B .fastq测试/ ...

pandas snakemake

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在SnakeMake中使用Conda环境解决SGE集群问题

相关：使用Python脚本，conda和集群的SnakeMake规则我一直在尝试设置我的SnakeMake管道以在SGE集群（qsub）上运行。使用安装的简单命令或工具......

python conda qsub sungridengine snakemake

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当文件丢失时，SnakeMake是否可以强制重新运行规则

当删除管道中早期创建的文件时，SnakeMake似乎不会考虑这个问题，只要以后的文件存在：rule All：input：“testC1.txt”，“testC2.txt”......

delete-file snakemake

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Snakemake只将输出中的第一个路径传递给shell命令

我试图在一个变量中一次性地将所有路径提供给snakemake中的python脚本：rule neo4j：input：script ='python / neo4j.py'，path_to_cl ='results / clusters / ...

python snakemake

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Snakemake规则未被拾取且无法指定输出文件

我有一个文件夹，其中生成规则的输出。用它来运行snakemake我遇到了麻烦。如果我没有在规则all中指定输出，则规则（称为neo4j）不会在...运行

python snakemake

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无法在Snakemake规则中使用conda环境导入python模块

我用python 3.5创建了一个Conda环境，以便运行Snakemake工作流程。我在Snakemake规则中使用单独的Conda环境。我想使用python2 libs运行其中一个，...

python anaconda conda snakemake

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访问规则中的嵌套配置变量

我是Snakemake的新手，并试图弄清楚嵌套配置值是如何工作的。我创建了以下配置文件...＃dummyconfig.json {“fam1”：{“numchr”：1，“...

python configuration snakemake

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如何在群集中运行时保留snakemake shell文件

在群集中运行我的snakemake文件时，我一直收到错误，snakemake -j 20 --cluster“qsub -o out.txt -e err.txt -q debug”-s seadragon / scripts / viral_hisat.snake --config json = “

snakemake

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在snakemake中没有给出通配符错误的值

我正在尝试使用snakemake创建一个简单的管道从Web下载两个文件，然后将它们合并为一个输出。我认为可行的是以下代码：dwn_lnks = {'...

python snakemake

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Snakemake一个通配符，也扩展[重复]

是否可以使用带通配符的snakemake并展开：rule a：input：“input / {first} .txt”，expand（“data / {second} .txt”，second = A_LIST）output：expand（“output” / {...

snakemake

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两个名称不一致的变量作为Snakemake规则的输入

如果命名不一致且它们都在同一个文件夹中，如何为snakemake中的规则配置输入数据？例如，如果我想将每对样本用作每个规则的输入：PT1 ......