snakemake 相关问题

Snakemake是一个工作流管理系统，具有Python风格的规范语言。

如何在snakemake中逐个运行示例

我有一个 Snakemake 管道，它在 HPC 环境中运行内存非常密集的脚本。为了不阻塞 HPC，我想为每个示例一一运行此脚本。现在这就是...

snakemake

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Snakemake：处理目录中的配对读取

存在一个包含配对读取的目录，配对的名称和数量未知，可能的文件扩展名是.fastq或.fastq.gz。我需要有关如何最好地在目录中进行配对读取的建议...

bioinformatics snakemake

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在 Snakemake 中使用 Bowtie2 运行映射

我是一名生物信息学学生，我正在尝试使用snakemake来完成映射步骤。我使用的是Linux环境。这是我第一次使用 Snakemake，我在代码中遇到了问题，但我不是

error-handling mapping snakemake bowtie2

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在snakemake规则的日志部分指定日志而不是在参数中指定它有什么好处？

我可以轻松地将其作为日志放在参数部分中，而不是使用规则的日志部分。唯一的区别是附加参数。 {params.log} 的。事实上，通过将其放入参数中，我

logging snakemake

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通过snakemake进行资源请求——资源与集群提交

我希望能够澄清我对 Snakemake resources 关键字（记录在此处）的一些困惑。如果我在集群上运行作业，此参数是否会从

python resources cluster-computing snakemake

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有没有办法获取--configfile指定的配置文件名？

我需要获取 Snakefile 中命令行上的 --configfile 指定的配置文件名（及其路径，如果有）。有没有办法在不扫描 sys.argv 的情况下获取它？谢谢。

snakemake

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使用snakemake中的检查点恢复具有多个通配符的未知输出文件

我想使用snakemake中的检查点来恢复执行前未知的输出文件。我遵循了这里的示例 https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/rules...

snakemake

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Snakemake处理从文件读取的PE名称

我有 config.txt，其中包含配对末端读取的名称：前进后退样本1_forward.fastq.gz 样本1_反向.fastq.gz 样本2_forward.fastq.gz 样本2_反向.fastq.gz 样本3_forward.fastq.gz

bioinformatics snakemake

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设置.snakemake目录的位置

有没有办法定义snakemake创建.snakemake文件夹的位置。我可以使用 --directory 更改整个工作 dic，但这也会更改每个相对路径的存储位置。我

symlink snakemake

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在 Docker 中容器化 Snakemake 管道，同时还使用 Docker 进行独立的环境控制

我在使用 Docker 构建我的 Snakemake 工作流程时遇到了一些麻烦。简而言之，我正在尝试对“Snakemake 位”（例如：snakefile、脚本等）进行 dockerize 并独立对 eac 进行 dockerize...

docker containers bioinformatics cicd snakemake

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如何在 Slurm 集群上运行 Snakemake >= 8？

我需要编写工作流程，并且我一直在寻找工作流程管理系统。我选择 Snakemake 是因为它与 Conda 集成，并且因为我想要一个可以在本地轻松运行的工作流程，或者......

snakemake

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Snakemake：导出 d3dag - MissingInputException

我想以 D3.js 兼容的 JSON 格式导出工作流程的 DAG： Snakemake.snakemake(snakefile=smfile, 干运行=真，强制全部=真，

snakemake

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三引号 shell 规则中转义句点的语法警告

我收到以下警告：语法警告：无效的转义序列“\.” 当规则中存在以下 shell 块时： ”“” 卷曲 {params.ua} -L {params.url} \ ...

python snakemake rawstring

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对创建用于文件重命名的键：值字典对的不同方式感到困惑

我正在尝试不同的方法来重命名文件，我很困惑为什么其中一些方法不起作用。假设我想使用字典 {"out": "in"} 将文件复制到文件中...

snakemake

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如何在 Snakemake 中处理通配符

假设我有一个像这样的snakemake规则：规则测试：输入：“{mywildcard}” 输出：“{mywildcard}.txt” shell: "某个命令 {输入} > {输出}" 为了...

python bash wildcard snakemake

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将bash代码转换为snakefile时出错

我想使用STAR生成基因组索引。 bash 代码可以在终端中运行，但我想将其转换为蛇文件。这是 bash 代码： STAR --runThreadN 4 --runMode 基因组生成 --

indexing pipeline snakemake generate

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Snakemake：使用多个输入文件处理样本的管道

我是 Snakemake 的新手，我正在尝试在完成教程后组装自己的管道，并且在尝试创建管道来处理具有多个 i 的样本时遇到了一些问题...

snakemake

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如何将多个通配符合并到单个 shell 命令中？

我正在尝试使用snakemake来自动化我们迄今为止手工完成的一些事情。我有一个问题，我想调用一个具有许多可能的输出文件的脚本。一个最小的非工作示例是这样的......

python workflow snakemake

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如何在 Snakemake 规则中嵌入自定义 Python 函数和多个通配符

我是snakemake的新手，我尝试更好地理解它。我浏览了这些文档，但有时我对某些概念感到困惑。假设我有一个 Snakemake 规则，它接受输入 f...

python snakemake

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Snakemake：在一个规则中解压缩文件并在另一规则中处理时出现问题。有什么解决方案或指导吗？

我目前遇到了 Snakemake 的问题，我希望有人可以帮助我解决它。我在互联网上搜索了类似问题的解决方案，但没有找到任何可以解决我的问题的

python zip output snakemake rules

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