snakemake 相关问题

Snakemake是一个工作流管理系统，具有Python风格的规范语言。

安装后无法使用snakemake

我用conta安装了snakemake，我激活了环境，当我运行snakemake --help时：回溯（最近一次调用最后一次）： > 文件 >“/home/miniconda3/envs/snakemake/lib/python3...

snakemake

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Snakemake 重复基准测试实际上是如何工作的？

根据我对 Snakemake 文档的理解，如果我用重复注释规则的基准文件，它应该运行该规则特定的次数，以便了解

snakemake

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Snakemake 在 WSL 上花费 90 秒来测试 Snakefile，工作负载非常简单

上下文我正在探索 Snakemake 将我的数据分析定义为 DAG 并可重复地评估它。我将其安装在 Windows 10 上的 WSL2 上的单独环境中。在开始实际项目之前，我

conda snakemake

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组合 --use-singularity 和 --use-conda 时，snakemake 出错：“/bin/sh: 1: conda: not find”

我有一个使用snakemake的分析管道，其中一个规则需要奇点容器，而其他几个规则需要conda环境。我指定“container:”和“conda:”

python conda snakemake

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如何使用snakemake --cluster-cancel？

我目前有一个snakemake管道，在集群上运行多个作业。我想提前取消我的工作，snakemake 文档说我可以使用 --cluster-cancel 选项。然而...

cluster-computing snakemake

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Snakemake 在其他规则中重用规则的好方法

我想在 Snakefile 中创建一个可以调用其他规则的规则。例如，我想创建一个规则 re 来调用 clean 和 after, all。以下是该文件的 Makefile 版本： .PHONY=一切干净...

python-3.x makefile snakemake

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检查点规则中缺少通配符 - Snakemake

我有一个检查点，导致未知数量的文件，需要在执行后重新评估 DAG。我想通过染色体并行化命令来加速它。因此，在重新评估之后...

workflow snakemake

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PyPSA-eur：由于使用 VS code 的 Ubuntu WSL 中的内存使用率过高，Snakemake 管道被终止

对于我的硕士论文，我想进一步开发波罗的海地区的 PyPSA-Eur 能源系统模型。在进行开发之前，我必须成功运行模型。我是

python memory terminal snakemake pypsa

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如何在第二次尝试蛇规则时将内存加倍

我试图弄清楚如何自动将给定规则的内存加倍。我将内存和CPU分配放在配置文件中：测试：“--mem=20G --cpus-per-task=10” 这是我的测试规则：

snakemake

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为什么 Snakemake 在我的子模块路径中引入空格？

我有一个包含使用 conda 和奇点的模块的工作流程。问题当我尝试使用 Snakemake -c 8 --use-conda --use-singularity (Snakemake 7.32.4) 运行工作流程时，出现以下错误：

ubuntu path snakemake wsl-2 f-string

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snakemake：--rerun-triggers 标志和 bash 变量出现问题

当我尝试提供 --rerun-triggers 标志作为 bash 变量时遇到问题。我的命令是 Snakemake $snakemake_extra -pr --snakefile Snakefile --configfile config.yaml -c 20 -n 和

bash snakemake

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如何指定.snakemake/log的目录？

执行 Snakemake 时，它会在我执行命令的目录中创建日志文件（例如 .snakemake/log/2023-12-13T155741.107386.snakemake.log ）。如果我没有写，它会立即崩溃

snakemake

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运行snakemake，但使用其他地方编写的.snakemake临时文件

假设我有一个 Snakemake 工作流程，其中包含 Snakefile 和各种输入文件。我想完全按原样运行此工作流程，但 .snakemake 临时文件被写入临时文件...

bash snakemake

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Snakemake 规则在 slurm 模式下不产生输出

我最近才开始使用snakemake，但到目前为止它一直进展顺利，并且减轻了我肩上的大量手动工作。但现在我遇到了一个我无法弄清楚的问题。我...

python snakemake

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命名规则和本地规则

版本7.3.8 我通常构建 config.yaml，以便可以使用以下命令自动下载公共数据集（如果不存在）： # 配置.yaml 路径： vcf: '路径/到/vcf_{chrom}.vcf' ... 网址： ...

snakemake

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使用slurm脚本运行其他snakemake slurm作业

我有一个功能性的snakemake配置文件，用于使用SLURM在HPC上运行作业。如果我在本地运行此脚本，作业将并行提交，并且一切都会按预期进行。然而，这个管道...

python slurm snakemake hpc

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Snakemake、slurm 和记忆

我很难理解snakemake如何向slurm提交作业。当我有一个基本的 slurm sbatch 脚本时，我通常会添加一行，例如 #SBATCH --mem=5G 确定 slurm 可能使用 5 GB...

memory resources slurm snakemake

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Snakemake：AttributeError：'通配符'对象没有属性'sample

InputFunctionException：错误： AttributeError：“通配符”对象没有属性“样本” 野生...

python wildcard attributeerror snakemake

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规则 build_veins 中缺少输出异常

我正在尝试运行 Snakemake -jall 来构建 Serpentine 场景。我收到此错误：文件 /serpentine-env/Snakefile 中的规则 build_veins 中的 MissingOutputException，第 33 行：工作 9 成功完成...

omnet++ snakemake veins sumo

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如何防止snakemake在测试套件失败后停止？ [重复]

我正在尝试使用snakemake自动化集成测试（我需要一些文件的输出，所以这似乎是一个很好的工具）。然而，当我需要在 pytest 中运行两个测试套件时，

python pytest snakemake

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