snakemake 相关问题

Snakemake是一个工作流管理系统，具有Python风格的规范语言。

我有一个snakemake参数，例如： def get_papreDE(config, super_group): gtf_config = [] 对于sample.keys()中的sample_name： group_data=样本[样本名称][0] 超级组数据=...

lambda bioinformatics snakemake

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Snakemake 任务在 SLURM 上失败且没有错误 - 如何调试？

我尝试使用snakemake --slurm -j 200通过SLURM运行多个任务。一些SLURM作业失败，但我找不到任何错误消息。 Snakemake 打印以下内容： ... [2023 年 9 月 28 日星期四 10:25:04]...

slurm snakemake

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跳过依赖于失败规则的snakemake规则

这是我的snakemake工作流程的一部分：规则 bagel2bf 偶尔会在某些数据集上失败，但我不希望这使整个 Snakemake 运行失败。我如何调整工作流程，以便...

python snakemake

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snakemake 运行 Snakefile 时出现 MissingOutputException

当我运行snakemake时出现这个错误。 Snakemake.Exceptions.MissingOutputException：作业 160 已完成成功，但缺少一些输出文件。 60 后丢失文件秒。这可能...

linux snakemake

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如何在执行之前在日志中打印集群命令？

我在集群上使用snakemake 7.32.3。我已在配置文件中将集群参数设置为带有通配符的复杂命令。现在 cluster 命令失败，snakemake 输出错误

snakemake

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如何解决snakelike中无法从输出文件确定输入文件中的通配符

我是一名 Snakemake 新用户，尝试使用一些数据开发一个管道，以便能够实现我们的真实数据。我有多个文件夹（每个患者一个文件夹），每个文件夹中都有......

snakemake expand

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Snakemake中的管道：如何在规则之间共享资源？

我的常规管道方式（部分基于Biostars帖子）如下：规则图：输入：“{sample}.fq.gz”，输出：“排序/{样本}.bam” 线程：24 壳： ”“” ...

pipe snakemake

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如何根据字典值重命名样本

我在编写snakemake规则来更改样本名称时遇到了一些麻烦。使用 Porechop 进行多路分解并使用 Filtlong 进行一些基本修剪后，我想更改样本的名称

dictionary workflow bioinformatics snakemake

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snakemake 运行的唯一 ID

运行 Nextflow 管道时，唯一的 ID 与整个运行相关联。例如，它可以通过检查 nextflow 日志来获得。我正在为 Snakemake pipeline 寻找相同的功能...

bioinformatics snakemake

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Snakemake 中缺少输出异常错误

我使用的是snakemake版本7.30.1 我正在尝试使用snakemake --cores 4运行我的snakemake工作流程。Snakemake似乎能够找到输入文件并且似乎开始完成这些步骤...

wildcard missing-data snakemake sequencing

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如何忽略 Snakemake 中更改的代码

我正在使用 Snakemake 7.3.8。我收到消息说：块引用用于生成一个或多个输出文件的代码已更改：要检查哪些输出文件发生了更改，请运行 'snakemake --l...

python snakemake

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无法打开由snakemake管道生成的pickle文件

我有一个由多个步骤组成的数据分析管道。我已经生成了一个snakemake管道（对我来说是新的），每个任务的输出（以及下一个任务的输入）是一个包含...

python pandas snakemake

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断言错误或snakemake：错误：参数--snakefile/-s：使用 Snakemake 管道时需要一个参数

我正在尝试运行 Snakemake 管道，但它要么遇到断言错误，要么由于某种原因 Snakemake 无法找到 Snakefile。我正在通过 Snakefile 运行管道，一个 co...

python python-3.x bash snakemake

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Snakemake temp()

我已将 Snakemake 连接到 S3 帐户，并且我想在处理管道后删除某些 temp() 文件。我有一条规则将某些文件指定为 temp()。下面是一个例子...

python python-3.x shell bioinformatics snakemake

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将版本添加到管道

是否有任何标准或推荐的方法将版本号添加到管道（在我的例子中用snakemake编写）？例如，我有这个管道，刚才我添加了一个带有

python python-3.x version pipeline snakemake

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Snakemake 中的多行规则顺序

我有3条规则，它们的名字有点长。使用规则顺序时，该行超出了我想要的 80 个字符限制。是否可以将规则顺序分解为多行...

python python-3.x snakemake directed-acyclic-graphs

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Snakemake 在一条规则中处理多个文件

在一条规则中处理文件列表的最佳方法是什么？工作流程工作流程的主要目标是选择原始数据并输出所选数据。工作流程的目录结构...

snakemake

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Snakemake 忽略自定义线程数

对于蛇文件中的所有规则，snakemake 会忽略我设置的线程数：规则修剪：输入： r1="读取/{样本}_R1.fastq.gz", r2="读取/{样本}_R2....

python snakemake

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在集群执行中获取计算节点本地的snakemake环境变量

有没有办法在snakemake的shell指令中延迟计算变量？我们的 PBS 计算集群为每个提交的作业创建一个节点本地暂存目录，并设置 $TMPDIR 的值...

snakemake pbs

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Snakemake 规则文件可以在我的个人电脑上运行，但不能在远程 Linux 计算机上运行

运行此命令： Snakemake -s compores_rules.rules --forceall -c 1 在我的个人电脑上工作，我得到了：职位统计：作业数最小线程最大线程 ----------------...

python linux rules snakemake

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