snakemake 相关问题

Snakemake是一个工作流管理系统，具有Python风格的规范语言。

如何使用--slurm在snakemake工作流程中设置足够的资源用于管道输出？

我成功地使用 --profile 和 --slurm 一起在我们的 slurm 集群上运行了相当大的 Snakemake 工作流程，但是如果我将其中任何一个排除在命令之外，我都会收到错误/失败的作业。 ...

pipe resources slurm snakemake

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如何指示 Snakemake 在云执行（K8s/GKE）中从 GCS 存储桶下载“目录”类型输入

我正在尝试制作一个在 GKE.LINK 上运行的教程管道失败的具体规则是规则salmon_quant：输出：目录（“鲑鱼。{样本}”）输入：索引=“

google-cloud-storage snakemake

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在 SLURM 集群上通过 cron 作业调用 snakemake 时提交作业脚本时出错（退出代码 127）

我正在尝试通过 crontab 在 SLURM 集群上运行 snakemake 管道。这是我用来发送到 slurm 的 bash 脚本。 #!/bin/庆典 #SBATCH --job-name=nextstrain snakemake --configfile

cron slurm snakemake sbatch

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为什么 Snakemake 更喜欢使用脚本指令调用脚本而不是从 shell 调用？

标准化工作流程中的 Snakemake 规则使用脚本指令运行 Python 脚本，例如这个模板规则：规则 XXXXX：输入： ..., 输出： ...., 参数： ...

python bioinformatics snakemake

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Snakemake 包装器在没有互联网的情况下无法在 SLURM 集群计算节点上工作

我正在尝试在 SLURM 集群上的管道中使用包装器，其中计算节点无法访问互联网。我首先使用 --conda-create-envs-only 运行了管道，然后更改了

bioinformatics slurm snakemake hpc

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如何在没有互联网的情况下在 SLURM 集群计算节点上使用 Snakemake 包装器？

我正在尝试在 SLURM 集群上的管道中使用包装器，其中计算节点无法访问互联网。我首先使用 --conda-create-envs-only 运行了管道，然后更改了

bioinformatics slurm snakemake hpc

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如何在没有互联网的情况下在 SLURM 集群计算节点上使用 Snakemake 包装器？

我正在尝试在 SLURM 集群上的管道中使用包装器，其中计算节点无法访问互联网。我首先使用 --conda-create-envs-only 运行了管道，然后更改了

bioinformatics slurm snakemake hpc

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一个通配符的值能否让我选择一个特定的通配符以在规则的其他地方使用？

我想我想要一个类似字典结构的东西来关联我的不同通配符列表，但我不确定这是否可行，或者如果可以，如何指定它。在下面的简化示例中，...

snakemake

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Snakemake 和 GROMACS 之间的冲突？

我试图尽可能地简化我的问题，但仍然出现错误。整个想法是我想执行（在更复杂的工作流程中）命令： gmx mdrun -nt 12 -deffnm em...

bash shell slurm snakemake

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如何在不重新运行整个管道的情况下运行 Snakemake 管道的一部分？

我正在尝试测试管道的一部分是否产生正确的输出。我通过向集群提交 bash 脚本来运行 Snakemake，并尝试添加： - 规则 --允许的规则内...

python debugging snakemake

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Snakemake 在规则中使用不同的通配符

我正在尝试创建 snakemake 规则，该规则接收我的 fastq 文件的输入并在输出中为每个 fastq 文件返回一个 .sam 文件。我有一个这样的文件：文件类型 SM LB ID PU P...

python-3.x wildcard snakemake fastq

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如何在 SLURM 上正确设置 Snakemake？

管理员暂时阻止了我，因为我的作业正在登录节点上运行。我不确定我是否正在设置 SLURM 配置文件并正确调用 Snakemake，因为我遇到了一些问题......

slurm snakemake hpc

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在带通配符和不带通配符的管道中的多个位置使用相同的规则

使用 snakemake，我试图将相同的规则应用于 N 个独立文件和一个文件，该文件是所有这些 N 个文件的合并。我创建了一个最小示例，您可以在下面找到它。这样做：我...

python snakemake directed-acyclic-graphs

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如何让多个用户在 snakemake 中运行相同的管道 - 元数据权限问题

我有一个管道，我们希望将其存储在一个共享空间中，以便我们所有的分析师都可以访问和使用它，而无需复制回购/奇点容器。问题是当一个人...

python permissions snakemake directed-acyclic-graphs collaboration

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Paramspace 与 MissingInputException 尽管正确扩展

我的工作流程大概是这样的：将熊猫导入为 pd 从 snakemake.utils 导入参数空间 TEMP_DIR = "温度" 字符 = 22 # 为 QC 值设置参数空间：参数空间 = 参数空间...

snakemake f-string

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Samtools 共享库 libcrypto.so.1.0.0 未找到

我正在尝试使用从 main.yml 文件安装的包运行 snakemake 管道。包的依赖项之一是 samtools，以前，将依赖项列为 samtools 没有...

python package conda snakemake

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在Snakemake中插入运行Rscript的问题

我写了一个包含用于绘图的 Rscript 的 snakemake，例如：规则 R_drawing：输入： “XXX.tsv” 输出： “XXX.pdf” 脚本： “./尾巴.R”

snakemake rscript

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Snakemake：如何在所有规则中包含配置参数

我在 Python 和使用 Snakemake 方面还很陌生，我正在尝试使用配置文件更轻松地修改我的参数并将它们输出到不同的文件中，但我被困在 ru 的定义中......

parameters config wildcard snakemake

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找不到通配符

所以我对通配符有点困惑。我想获得具有扩展功能的输入文件列表。这些文件存在并由其他规则使用这些“通配符”创建 - {output_n ...

snakemake

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模块化：为模块使用 GitHub 存储库中的 config.yaml 文件

我想使用现有的 snakemake 工作流程（technology_data）作为另一个工作流程（我们称之为 w）的模块。目前我手动下载（每当设置新的工作流程时）GitHub

snakemake pypsa

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