snakemake 相关问题

Snakemake是一个工作流管理系统，具有Python风格的规范语言。

我有如下所示的输入文件： 93965_0_0_16000_16000.tif 93965_0_16000_16000_12799.tif 93965_16000_0_14548_16000.tif 93965_16000_16000_14548_12799.tif 93966_0_0_16000_16000.tif

snakemake

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Windows 上的 Anaconda Powershell 问题以及通过 .yaml 文件建立环境：“ResolvePackageNotFound:”

我对任何命令行都非常陌生，目前正在尝试从 git hub 存储库建立一个 snakemake 工作流程。 git-hub 仓库中给出的要求是 miniconda 和 sna...

conda snakemake bioconductor

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Snakemake 展开字典，保留通配符

我有如下字典：数据 = { “group1”：[“a”，“b”，“c”]， “group2”：[“x”，“y”，“z”] } 我...

python snakemake

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为 snakemake 管道按文件名模式过滤目录中的文件

我有一个目录，其中包含具有以下模式的文件：..json。一些 ID 重复，日期不同。我想用每个 ID 的最新日期过滤文件。我怎么能

python snakemake

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使用 for 循环访问 snakemake 中不接受列表的参数的输入

我想使用 gatk MakeVcfSampleNameMap 工具生成一个制表符分隔的文件，将样本名称映射到 Snakemake 工作流程中相应的 VCF 文件。这些 vcfs 在目录 input/

python snakemake

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snakemake中如何使用通配符合并不同通配符的文件？

我正在使用 snakemake 来分析从基因组测序中获得的数百个文件。根据每个样本的测序质量，平台必须进行第二次测序，所以...

python bash workflow wildcard snakemake

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How to rename files with snakemake with a dictionary in config file?

我目前有在配置文件中的字典帮助下基于模式匹配使用 snakemake 重命名某些文件的问题。输入通配符不再匹配输出通配符

python configuration workflow snakemake

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作为 Snakefile 输出的函数或字典理解

我有一个带有高度冗余输出的 Snakemake 规则（此处已简化）：规则冗余：输出： a_x = "prefix_a_x.ext" b_x = "prefix_b_x.ext" a_y =...

python python-3.x python-3.7 snakemake

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如何在 snakemake 的规则中运行 for 循环时转义 MissingOutputException

我有以下蛇文件：导入操作系统 SAMPLES = [i.replace('sample_', '') for i in os.listdir('final_raw')] 统治一切：输入：展开（'分析/结果/未映射/混合/读取1_{样本...

bioinformatics snakemake

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目标规则不能包含通配符。请指定具体的文件或没有通配符错误的规则

我有一个 snakemake 脚本 # 最小的例子配置文件：“../snakemake/config.yaml” 导入操作系统规则生成包括：输入： archaic_inc=config['input']['archaic_include'...

python bioinformatics snakemake

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ModuleNotFoundError 在 Snakemake 中使用 conda env 运行 Jupyter Notebook 时

我最近尝试在我用 Snakemake 制作的 jupyter notebook 中使用 Scanpy python 包。 Scanpy 安装在我在 Snakemake 的 .yaml 中明确说明的 conda 环境中。跑步时...

python jupyter snakemake

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在 Snakemake 中使用模块。在工作流中的使用规则 * 抛出错误后定义规则

我使用的是 Snakemake 的 7.23.1 版本。我在 snakemake 中使用模块化，但出现了奇怪的行为。我想请求你的帮助，以便更深入地了解......

python module attributeerror snakemake modularization

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Snakemake 在使用重试时覆盖规则的日志文件 - 使它追加的惯用方式？

我有一个 Snakemake 工作流程，其中规则似乎随机失败。我正在使用 Snakemake 7.7.0 并使用 retries 指令为规则设置重试。该命令打印到 stdout 和 st...

logging snakemake

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Snakemake：将命令行参数传递给脚本。

我正在使用一些python脚本和snakemake来实现工作流的自动化，这些脚本使用命令行参数，虽然我可以用snakemake.input[0]，snakemake.output[0]等来代替，但是......。这些脚本采用命令行参数，虽然我可以用 snakemake.input[0], snakemake.output[0]等来代替，但是......

snakemake

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即使强制执行规则，工作流的结果总是 "无事可做"。

所以正如标题所说，我不能让我的工作流执行任何东西，除了所有规则...... 当执行all规则的时候，它正确地找到了所有的输入文件，所以configfile没有问题，每个路径都是...

snakemake

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将Snakemake和Dask一起使用有意义吗？

我有一个Snakemake工作流，我一直在用它来训练DL TensorFlow模型。在一个高层次上，有一些运行时间较长的作业（模型训练），可以并行运行。我想运行 ...

python amazon-web-services dask snakemake

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通过Python提交SLURM工作的最佳实践

这算是一个一般的最佳实践问题。我有一个Python脚本，它迭代一些参数，然后用这些参数调用另一个脚本 (它基本上是对一些简单的网格搜索 ...

python shell slurm snakemake joblib

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snakemake.AmbiguousRuleException AmbiguousRuleException

我试图在Snakemake中完成一个简单的流水线，但我不知道如何正确使用通配符，我有一个文件夹，里面有以下文件：datasample1_P1.txt datasample1_P2......。我有一个文件夹data，里面有以下文件：datasample1_P1.txt datasample1_P2...。

python snakemake

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使用snakemake为集群作业移动元数据存储。

我正在使用 snakemake 将作业从 AFS 文件系统提交到 HTCondor 队列。提交开始时很好。作业提交并成功完成。但是过了一定的时间，提交就崩溃了。

snakemake

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如何访问Snakemake.input[0]？

这应该是一个很简单的问题，但我实在想不通。我有一个非常非常简单的Snakefile（如下所示）：规则测试：输入。"homeusernameinput_data" ...

python python-3.x snakemake

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