snakemake 相关问题

Snakemake是一个工作流管理系统，具有Python风格的规范语言。

强制 snakemake 在没有 --use-conda 的情况下运行 python2。

问题：在snakemake(python3)中，我在运行一些用python2编写的软件，Snakemake用python3运行软件，忽略调用python2的文件上的shebang，这是有人 ...

python snakemake

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Snakemake对我来说是超级混乱的。我的文件格式是：indirtypename_1run_1name_1_processed.out indirtypename_1run_2name_1_processed.out indirtypename_2run_1name_2_processed.out......。

snakemake

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从一条规则中输出多种文件类型。输入文件中的通配符不能从输出文件中确定。

我是Snakemake的新手，使用的是Snakemake-minimal 5.4.5。我有一条规则，看起来像这样：规则 make_grm: input: inc_snps: "pathsnps_for_test_chr{chromosome}.txt", ...

snakemake

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在Snakemake中，通配符中的通配符。

我最近开始使用Snakemake。我想实现的是这样的目标。我有一些需要独立修改的样本（规则index_vcf）。然后，样本组是输入 ...

python bioinformatics snakemake

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如何在 snakemake 中使用 lsf.yaml？

我想在LSF上使用Snakemake。我按照这个网址。我的Snakefile包含: rule all: input: "foo.txt", "file.out" rule foo: input: "foo.txt" output: "bar.txt" shell: ...

snakemake lsf

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Snakemake执行作业的条件是什么？

我想知道snakemake决定需要执行某项工作所需的所有必要标准，但是我在他们的文档中找不到它们。我发现的最佳来源是...

snakemake

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在下标中访问snakemake变量

我有一个Snakemake工作流程，其中一个python文件中的函数在另一个python文件中被调用，类似于以下内容：### Snakefile规则测试：输入：“ input.file”输出：...

python snakemake

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snakemake结果的重用部分

我一直在使用GATK管道的snakemake实现的修改版本进行基因分型。管道首先将读取映射到参考，并为每个样本调用变体。随后，...

bioinformatics snakemake

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使用snakemake合并多个vcf文件

我正在尝试使用snakemake通过染色体合并多个vcf文件。我的文件是这样的，如您所见，它具有各种坐标。合并所有chr1A和所有chr1B的最佳方法是什么？ chr1A：...

merge snakemake vcf

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snakemake列表规则在集群和本地中执行

我知道有一种方法可以使用localrules声明需要在本地计算机上执行的规则：localrules：all，foo是否有类似的选项来声明需要在...上执行的规则...

snakemake

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snakemake输出中的lambda函数

我目前有一个需要使用lambda通配符的snakemake工作流程，设置如下：Snakefile：configfile：“ config.yaml” workdir：config [“ work”]规则全部：输入：expand（“ ...] >

snakemake

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使用奇异性在snakemake中运行docker管道，但未指定奇异性exec docker：//

我正在尝试将Docker上现有管道中的脚本绑定到我的snakemake管道中。我使用奇异性设置了docker管道，并且可以正常工作。例如，奇异执行docker docker：// ...

docker snakemake singularity-container

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Snakemake Slurm输出文件重定向到新目录

我正在整理一个snakemake的slurm工作流程，并遇到我的工作目录变得混乱不堪的问题。我希望我的工作流至少指导这些...

slurm snakemake sbatch

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snakemake与群集，如何使命令行更短

我开始阅读有关蛇形的东西。我想将其与群集一起使用。我想将发送/发送的所有/大部分参数放在Snakemake文件中，并使命令行更短。 ...

snakemake lsf

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Snakemake：防止重新运行子工作流

我有一个带有子工作流程的工作流程。子工作流程的DAG需要很长时间才能生成。有没有办法告诉Snakemake子工作流是最新的，并避免对其DAG进行长时间评估？

snakemake

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snakemake：AmbiguousRuleException

我正在尝试在snakemake中完成一个简单的管道，但是我不知道如何正确使用通配符。我有一个包含以下文件的文件夹数据：data / sample1_P1.txt data / sample1_P2 ....

python snakemake

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snakemake非python依赖项

我在现有的conda env中使用了snakemake，其中还安装了其他工具，例如R，julia等。我更喜欢通过pip而不是本地的conda命令安装和升级snakemake，因为我发现了它...]]

anaconda snakemake

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Snakemake：仅扩展通配符的子集

我找不到这个可能很容易解决的问题的解决方案：我有这个蛇文件，它首先生成以下文件：data / sample1_P1.txt数据/sample1_P2.txt数据/sample2_P1.txt数据/ sample2_P2...。] >

python bioinformatics snakemake

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Snakemake：使用通配符

python bioinformatics snakemake

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Snakemake问题：将所有文件与空格分隔符合并在一起，而不是通过它进行迭代]]

我正在尝试运行理想的命令，如下所示：minimap2 -a -x map-ont -t 20 /staging/reference.fasta fastq / sample01.fastq | samtools视图-bS -F 4-| samtools排序-o fastq_minon / ...

snakemake

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