素食主义者是与R一起用于分析生态群落，特别是植被群落的一揽子计划。它具有分析生态多样性和社区多变量分析的工具（NMDS，pCCA，pRDA等）
当我尝试制作 CCA 图时，仅显示 25 个向量中的 4 个。 所以，我首先加载我的数据...... #加载包和数据 图书馆（素食） 物种 <- read.csv("D:/R/Code/TestSpiders.csv",...
我正在尝试加速重复稀疏数据帧以及随后添加生成的矩阵。一些背景信息：我要重复稀疏的数据集非常大（abo...
目标：使用数据框中当前的数据生成两个地点的稀疏曲线图，显示物种多样性如何随着采样样方数量的增加而增加。 问题：很多
我在 NMDS 图的数据周围添加省略号时遇到困难。我希望有两个单独的多边形椭圆颜色填充与站点点协调的颜色。 当我添加 stat_e...
我有一个研究设计，其中我在五个区块（B1-B5）中种植了三种不同的植物（S1 - S3），并进行了两种不同的处理（T1，T2）。我在两个时间点（Y1-...
我正在尝试在 R 中绘制 NMDS 分数的排序图，但我注意到有关 point_color 和 point_shape 与每个点不匹配的问题。例如站点 31 和 35 都是...
我有一个数据框，其中包含两次单独访问期间在某个地点检测到某种鸟类的次数（n=110）： 站点年份 总计.ACFL 总计.AMCR 总计.AMGO 总计.AMKE 总计.AMRE ...
我有一个数据框，其中包含两次单独访问期间在某个地点检测到某种鸟类的次数（n=110）： 站点年份 总计.ACFL 总计.AMCR 总计.AMGO 总计.AMKE 总计.AMRE ...
我正在尝试确定哪些行具有唯一性（仅在该行中观察到的物种，而不是在我的物种矩阵的任何其他行中观察到的物种）。我的数据矩阵设置为单独的列
我正在尝试确定哪些行具有唯一性（仅在该行中观察到的物种，而不是在我的物种矩阵的任何其他行中观察到的物种）。我的数据矩阵设置为独立的列
我目前正在进行一个项目，我需要知道从哪一天开始进行鸟类监测更方便/相关。为了做到这一点，我想用
我在使用 R 中的 vegan 包运行 NMDS 时遇到问题。我正在使用每单位努力捕获的鱼量 (CPUE)/丰度矩阵，我认为我的矩阵设置不正确。 这是合作...
我正在按照下一个脚本运行 RDA 分析（素食包）： env：“env”数据框有 9 个变量：HIX、SR、FI、BIX、perC1、perC2、perC3、perC4、CDOM_S。 这个数据框是
使用 vegan 包更改颜色并添加标签到nestedtemp()图
我使用 R 包 vegan 来检查数据集中的嵌套性： bc_rp <- read.csv("BC_RPc.csv", na.strings = c("","NA"), header=TRUE, check.names = FALSE) bc_rp ...
我希望将主成分百分比添加到我的图表中，但我不确定如何从 rda 对象中计算/提取这些值。 图书馆（素食） 所有.std <- na.omit(decostand(all.data,
我在生态数据上使用 vegan 包和 betaassemble 来计算样本与其质心之间的距离。但是，我不知道如何计算样本之间的距离...
PERMANOVA 分析（特别是 vegan 包中的 adonis2）是否允许嵌套术语？
我正在尝试对样本之间的布雷皮肤差异进行 PERMANOVA 分析，但我需要在一天中的某个时间内嵌套样本日。我读到 adonis2 中的“strata”功能
将 Bray Curtis 差异转换为 SIMPER:vegan
我想使用 SIMPER 和素食包来看看哪些物种每年贡献最多。 #4次根变换 BBcounts_transformed<-siteBB^(1/4) BBcounts_transformed.matrix<...
我的研究设计包含三个相互作用的因素，并且我有 16S 微生物群落数据。我正在尝试建立一个模型，可以在其中测试所有主要效应（A、B、C）、...